src/jalview/ws/dbsources/EmblCdsSouce.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)\r
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  * \r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  * \r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.ws.dbsources;\r
  20 \r
  21 import java.util.Hashtable;\r
  22 \r
  23 import com.stevesoft.pat.Regex;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
  26 import jalview.datamodel.DBRefSource;\r
  27 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;\r
  28 \r
  29 public class EmblCdsSouce extends EmblXmlSource implements DbSourceProxy\r
  30 {\r
  31 \r
  32   public EmblCdsSouce() {\r
  33     super();\r
  34     addDbSourceProperty(DBRefSource.CODINGSEQDB); \r
  35   }\r
  36   \r
  37   public String getAccessionSeparator()\r
  38   {\r
  39    return null;\r
  40   }\r
  41 \r
  42   public Regex getAccessionValidator()\r
  43   {\r
  44     // TODO Auto-generated method stub\r
  45     return null;\r
  46   }\r
  47 \r
  48   public String getDbSource()\r
  49   {\r
  50     return DBRefSource.EMBLCDS;\r
  51   }\r
  52 \r
  53   public String getDbVersion()\r
  54   {\r
  55     return "0"; // TODO : this is dynamically set for a returned record - not tied to proxy\r
  56   }\r
  57 \r
  58   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception\r
  59   { \r
  60     if (queries.indexOf(".")>-1)\r
  61     {\r
  62       queries = queries.substring(0, queries.indexOf("."));\r
  63     }\r
  64     return getEmblSequenceRecords(DBRefSource.EMBLCDS, queries);\r
  65   }\r
  66 \r
  67   public boolean isValidReference(String accession)\r
  68   {\r
  69     // TODO Auto-generated method stub\r
  70     return true;\r
  71   }\r
  72   /**\r
  73    * cDNA for LDHA_CHICK swissprot sequence\r
  74    */\r
  75   public String getTestQuery()\r
  76   {\r
  77     return "CAA37824";\r
  78   }\r
  79   public String getDbName()\r
  80   {\r
  81     return "EMBL (CDS)";\r
  82   }\r
  83 \r
  84 }\r