remove contaminant imports
[jalview.git] / src / jalview / ws / dbsources / EmblSource.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)\r
3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  * \r
5  * This file is part of Jalview.\r
6  * \r
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
10  * \r
11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
15  * \r
16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
17  */\r
18 package jalview.ws.dbsources;\r
19 \r
20 import java.io.File;\r
21 import java.util.Hashtable;\r
22 import java.util.Iterator;\r
23 import java.util.StringTokenizer;\r
24 \r
25 import com.stevesoft.pat.Regex;\r
26 \r
27 import jalview.datamodel.Alignment;\r
28 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
29 import jalview.datamodel.DBRefSource;\r
30 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
31 import jalview.datamodel.xdb.embl.EmblEntry;\r
32 import jalview.ws.ebi.EBIFetchClient;\r
33 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;\r
34 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxyImpl;\r
35 \r
36 /**\r
37  * @author JimP\r
38  * \r
39  */\r
40 public class EmblSource extends EmblXmlSource implements DbSourceProxy\r
41 {\r
42 \r
43   public EmblSource()\r
44   {\r
45     addDbSourceProperty(DBRefSource.DNASEQDB);\r
46     addDbSourceProperty(DBRefSource.CODINGSEQDB);\r
47   }\r
48 \r
49   /*\r
50    * (non-Javadoc)\r
51    * \r
52    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionSeparator()\r
53    */\r
54   public String getAccessionSeparator()\r
55   {\r
56     // TODO Auto-generated method stub\r
57     return null;\r
58   }\r
59 \r
60   /*\r
61    * (non-Javadoc)\r
62    * \r
63    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionValidator()\r
64    */\r
65   public Regex getAccessionValidator()\r
66   {\r
67     return new com.stevesoft.pat.Regex("^[A-Z]+[0-9]+");\r
68   }\r
69 \r
70   /*\r
71    * (non-Javadoc)\r
72    * \r
73    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbSource()\r
74    */\r
75   public String getDbSource()\r
76   {\r
77     return DBRefSource.EMBL;\r
78   }\r
79 \r
80   /*\r
81    * (non-Javadoc)\r
82    * \r
83    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbVersion()\r
84    */\r
85   public String getDbVersion()\r
86   {\r
87     // TODO Auto-generated method stub\r
88     return "0";\r
89   }\r
90 \r
91   /*\r
92    * (non-Javadoc)\r
93    * \r
94    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getSequenceRecords(java.lang.String[])\r
95    */\r
96   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception\r
97   {\r
98     return getEmblSequenceRecords(DBRefSource.EMBL, queries);\r
99   }\r
100 \r
101   /*\r
102    * (non-Javadoc)\r
103    * \r
104    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#isValidReference(java.lang.String)\r
105    */\r
106   public boolean isValidReference(String accession)\r
107   {\r
108     // most embl refs look like ..\r
109 \r
110     return (accession == null || accession.length() < 2) ? false\r
111             : getAccessionValidator().search(accession);\r
112 \r
113   }\r
114 \r
115   /**\r
116    * return LHD_CHICK coding gene\r
117    */\r
118   public String getTestQuery()\r
119   {\r
120     return "X53828";\r
121   }\r
122 \r
123   public String getDbName()\r
124   {\r
125     return "EMBL"; // getDbSource();\r
126   }\r
127 }\r