src/jalview/ws/dbsources/EmblXmlSource.java

   1 package jalview.ws.dbsources;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.Alignment;\r
   4 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
   5 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
   6 import jalview.datamodel.xdb.embl.EmblEntry;\r
   7 import jalview.ws.ebi.EBIFetchClient;\r
   8 \r
   9 import java.io.File;\r
  10 import java.util.Iterator;\r
  11 import java.util.Vector;\r
  12 \r
  13 public abstract class EmblXmlSource extends EbiFileRetrievedProxy\r
  14 {\r
  15 \r
  16   /**\r
  17    * Last properly parsed embl file.\r
  18    */\r
  19   public jalview.datamodel.xdb.embl.EmblFile efile = null;\r
  20 \r
  21   public EmblXmlSource()\r
  22   {\r
  23     super();\r
  24   }\r
  25   /**\r
  26    * retrieve and parse an emblxml file\r
  27    * @param emprefx either EMBL or EMBLCDS strings are allowed - anything else will not retrieve emblxml\r
  28    * @param query\r
  29    * @return\r
  30    * @throws Exception\r
  31    */\r
  32   public AlignmentI getEmblSequenceRecords(String emprefx, String query) throws Exception\r
  33   {\r
  34     startQuery();\r
  35     EBIFetchClient dbFetch = new EBIFetchClient();\r
  36     File reply; \r
  37     try {\r
  38       reply = dbFetch.fetchDataAsFile(\r
  39             emprefx.toLowerCase() + ":" + query.trim(),\r
  40           "emblxml",null);\r
  41     }\r
  42     catch (Exception e)\r
  43     {\r
  44       stopQuery();\r
  45       throw new Exception("EBI EMBL XML retrieval failed on "+emprefx.toLowerCase()+":"+query.trim(),e);\r
  46     }\r
  47     return getEmblSequenceRecords(emprefx, query, reply);\r
  48   }\r
  49   /**\r
  50    * parse an emblxml file stored locally\r
  51    * @param emprefx either EMBL or EMBLCDS strings are allowed - anything else will not retrieve emblxml\r
  52    * @param query\r
  53    * @param file the EMBL XML file containing the results of a query\r
  54    * @return\r
  55    * @throws Exception\r
  56    */\r
  57   public AlignmentI getEmblSequenceRecords(String emprefx, String query, File reply) throws Exception\r
  58   {\r
  59     SequenceI seqs[] = null;\r
  60     StringBuffer result = new StringBuffer();\r
  61     if (reply != null && reply.exists())\r
  62       {\r
  63         efile=null;\r
  64         file = reply.getAbsolutePath();\r
  65         if (reply.length()>25)\r
  66         {\r
  67             efile = jalview.datamodel.xdb.embl.EmblFile.getEmblFile(reply);\r
  68         } else {\r
  69           result.append("# No EMBL record retrieved for "+emprefx.toLowerCase()+":"+query.trim());\r
  70         }\r
  71       }\r
  72       if (efile!=null) {\r
  73         for (Iterator i=efile.getEntries().iterator(); i.hasNext(); ) {\r
  74           EmblEntry entry = (EmblEntry) i.next();\r
  75           SequenceI[] seqparts = entry.getSequences(false, true, emprefx); // TODO: use !fetchNa,!fetchPeptide here instead - see todo in emblEntry\r
  76           if (seqparts!=null) {\r
  77             SequenceI[] newseqs = null;\r
  78             int si=0;\r
  79             if (seqs==null) {\r
  80               newseqs = new SequenceI[seqparts.length];\r
  81             } else {\r
  82               newseqs  = new SequenceI[seqs.length+seqparts.length];\r
  83   \r
  84               for (;si<seqs.length; si++) {\r
  85                 newseqs[si] = seqs[si];\r
  86                 seqs[si] = null;\r
  87               }\r
  88             }\r
  89             for (int j=0;j<seqparts.length; si++, j++) {\r
  90               newseqs[si] = seqparts[j].deriveSequence(); // place DBReferences on dataset and refer\r
  91             }\r
  92             seqs=newseqs;\r
  93   \r
  94           }\r
  95         }\r
  96       } else {\r
  97         result=null;\r
  98       }\r
  99     AlignmentI al =null;\r
 100     if (seqs!=null && seqs.length>0)\r
 101     {\r
 102       al = new Alignment(seqs);\r
 103       result.append("# Successfully parsed the "+emprefx+" queries into an Alignment");\r
 104       results = result;\r
 105     }\r
 106     stopQuery();\r
 107     return al;\r
 108   }\r
 109 \r
 110 }