src/jalview/ws/dbsources/EmblXmlSource.java

   1 package jalview.ws.dbsources;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.Alignment;\r
   4 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
   5 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
   6 import jalview.datamodel.xdb.embl.EmblEntry;\r
   7 import jalview.ws.EBIFetchClient;\r
   8 \r
   9 import java.io.File;\r
  10 import java.util.Iterator;\r
  11 import java.util.Vector;\r
  12 \r
  13 public abstract class EmblXmlSource extends EbiFileRetrievedProxy\r
  14 {\r
  15 \r
  16   /**\r
  17    * Last properly parsed embl file.\r
  18    */\r
  19   public jalview.datamodel.xdb.embl.EmblFile efile = null;\r
  20 \r
  21   public EmblXmlSource()\r
  22   {\r
  23     super();\r
  24   }\r
  25   /**\r
  26    * set this to false to *not* add protein products to alignment dataset.\r
  27    */\r
  28   public boolean getProteinProducts=false;\r
  29   /**\r
  30    * retrieve and parse an emblxml file\r
  31    * @param emprefx either EMBL or EMBLCDS strings are allowed - anything else will not retrieve emblxml\r
  32    * @param query\r
  33    * @return\r
  34    * @throws Exception\r
  35    */\r
  36   public AlignmentI getEmblSequenceRecords(String emprefx, String query) throws Exception\r
  37   {\r
  38     startQuery();\r
  39     SequenceI seqs[] = null;\r
  40     Vector alseq = new Vector(); // the sequences that will actually be presented in the alignment\r
  41     StringBuffer result = new StringBuffer();\r
  42     EBIFetchClient dbFetch = new EBIFetchClient();\r
  43     File reply; \r
  44     try {\r
  45       reply = dbFetch.fetchDataAsFile(\r
  46             emprefx.toLowerCase() + ":" + query.trim(),\r
  47           "emblxml",null);\r
  48     }\r
  49     catch (Exception e)\r
  50     {\r
  51       stopQuery();\r
  52       throw new Exception("EBI EMBL XML retrieval failed on "+emprefx.toLowerCase()+":"+query.trim(),e);\r
  53     }\r
  54     if (reply != null && reply.exists())\r
  55       {\r
  56         file = reply.getAbsolutePath();\r
  57         efile = jalview.datamodel.xdb.embl.EmblFile.getEmblFile(reply);\r
  58       }\r
  59       if (efile!=null) {\r
  60         for (Iterator i=efile.getEntries().iterator(); i.hasNext(); ) {\r
  61           EmblEntry entry = (EmblEntry) i.next();\r
  62           SequenceI[] seqparts = entry.getSequences(false,!getProteinProducts, emprefx);\r
  63           if (seqparts!=null) {\r
  64             SequenceI[] newseqs = null;\r
  65             int si=0;\r
  66             if (seqs==null) {\r
  67               newseqs = new SequenceI[seqparts.length];\r
  68             } else {\r
  69               newseqs  = new SequenceI[seqs.length+seqparts.length];\r
  70   \r
  71               for (;si<seqs.length; si++) {\r
  72                 newseqs[si] = seqs[si];\r
  73                 seqs[si] = null;\r
  74               }\r
  75             }\r
  76             for (int j=0;j<seqparts.length; si++, j++) {\r
  77               newseqs[si] = seqparts[j].deriveSequence(); // place DBReferences on dataset and refer\r
  78             }\r
  79             seqs=newseqs;\r
  80   \r
  81           }\r
  82         }\r
  83       } else {\r
  84         result=null;\r
  85       }\r
  86     AlignmentI al =null;\r
  87     if (seqs!=null && seqs.length>0)\r
  88     {\r
  89       al = new Alignment(seqs);\r
  90       result.append("# Successfully parsed the "+emprefx+" queries into an Alignment");\r
  91       results = result;\r
  92     }\r
  93     stopQuery();\r
  94     return al;\r
  95   }\r
  96 \r
  97 }