src/jalview/ws/dbsources/GeneDbSource.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)\r
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  * \r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  * \r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.ws.dbsources;\r
  20 \r
  21 import java.io.File;\r
  22 import java.util.Hashtable;\r
  23 import java.util.Iterator;\r
  24 import java.util.StringTokenizer;\r
  25 \r
  26 import com.stevesoft.pat.Regex;\r
  27 \r
  28 import jalview.datamodel.Alignment;\r
  29 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
  30 import jalview.datamodel.DBRefSource;\r
  31 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
  32 import jalview.datamodel.xdb.embl.EmblEntry;\r
  33 import jalview.ws.ebi.EBIFetchClient;\r
  34 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;\r
  35 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxyImpl;\r
  36 \r
  37 /**\r
  38  * @author JimP\r
  39  *\r
  40  */\r
  41 public class GeneDbSource extends EmblXmlSource implements DbSourceProxy\r
  42 {\r
  43 \r
  44   public GeneDbSource() {\r
  45     addDbSourceProperty(DBRefSource.DNASEQDB);\r
  46     addDbSourceProperty(DBRefSource.CODINGSEQDB);\r
  47   }\r
  48   \r
  49   /* (non-Javadoc)\r
  50    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionSeparator()\r
  51    */\r
  52   public String getAccessionSeparator()\r
  53   {\r
  54     // TODO Auto-generated method stub\r
  55     return null;\r
  56   }\r
  57 \r
  58   /* (non-Javadoc)\r
  59    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionValidator()\r
  60    */\r
  61   public Regex getAccessionValidator()\r
  62   {\r
  63     // TODO Auto-generated method stub\r
  64     return null;\r
  65   }\r
  66 \r
  67   /* (non-Javadoc)\r
  68    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbSource()\r
  69    */\r
  70   public String getDbSource()\r
  71   {\r
  72     return DBRefSource.GENEDB;\r
  73   }\r
  74   /* (non-Javadoc)\r
  75    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbVersion()\r
  76    */\r
  77   public String getDbVersion()\r
  78   {\r
  79     // TODO Auto-generated method stub\r
  80     return "0";\r
  81   }\r
  82 \r
  83   /* (non-Javadoc)\r
  84    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getSequenceRecords(java.lang.String[])\r
  85    */\r
  86   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception\r
  87   {\r
  88     // query of form http://www.genedb.org/genedb/ArtemisFormHandler?id=&dest=EMBL\r
  89     // \r
  90     return getEmblSequenceRecords(DBRefSource.GENEDB, queries);\r
  91   }\r
  92   /* (non-Javadoc)\r
  93    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#isValidReference(java.lang.String)\r
  94    */\r
  95   public boolean isValidReference(String accession)\r
  96   {\r
  97     // TODO Auto-generated method stub\r
  98     return false;\r
  99   }\r
 100 \r
 101   /**\r
 102    * return T.Brucei Mannosyl-Transferase TbPIG-M \r
 103    */\r
 104   public String getTestQuery()\r
 105   {\r
 106     return "Tb927.6.3300";\r
 107   }\r
 108 \r
 109   public String getDbName()\r
 110   {\r
 111     return getDbSource();\r
 112   }\r
 113 }\r