src/jalview/ws/dbsources/Intermine.java

   1 package jalview.ws.dbsources;
   2
   3 import jalview.datamodel.Alignment;
   4 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   5 import jalview.datamodel.DBRefSource;
   6 import jalview.datamodel.Sequence;
   7 import jalview.io.FormatAdapter;
   8 import jalview.io.IdentifyFile;
   9 import jalview.ws.intermine.IntermineFetchClient;
  10 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxyImpl;
  11
  12 import java.util.Iterator;
  13
  14 import org.json.simple.JSONArray;
  15 import org.json.simple.JSONObject;
  16
  17 import com.stevesoft.pat.Regex;
  18
  19 public class Intermine extends DbSourceProxyImpl // implements DbSourceProxy
  20 {
  21
  22   @Override
  23   public String getDbSource()
  24   {
  25     return DBRefSource.INTERMINE;
  26   }
  27
  28   @Override
  29   public String getDbName()
  30   {
  31     return "Intermine";
  32   }
  33
  34   @Override
  35   public String getDbVersion()
  36   {
  37     return "0";
  38   }
  39
  40   @Override
  41   public String getAccessionSeparator()
  42   {
  43     return null;
  44   }
  45
  46   @Override
  47   public Regex getAccessionValidator()
  48   {
  49     return null;
  50   }
  51
  52
  53   @Override
  54   public String getTestQuery()
  55   {
  56     // TODO Auto-generated method stub
  57     return "http://www.flymine.org/query/service/jbrowse/7227/features/2L?start=100000&end=100200&reference=true";
  58   }
  59
  60   @Override
  61   public boolean isValidReference(String accession)
  62   {
  63     return false;
  64   }
  65
  66   @SuppressWarnings("unchecked")
  67   @Override
  68   public AlignmentI getSequenceRecords(String query) throws Exception
  69   {
  70     startQuery();
  71     String jsonString = IntermineFetchClient.fetchData(query);
  72     Sequence[] retrievedSeq = null;
  73     String sequence = "";
  74     String name = "";
  75     System.out.println("Found json: " + jsonString);
  76     org.json.simple.parser.JSONParser jsonParser = new org.json.simple.parser.JSONParser();
  77     try
  78     {
  79       JSONObject jobj = (JSONObject) jsonParser.parse(jsonString);
  80       JSONArray responses = (JSONArray) jobj.get("features");
  81       int count = 0;
  82       for (Iterator<JSONObject> rvals = responses.iterator(); rvals
  83               .hasNext();)
  84       {
  85         retrievedSeq = new Sequence[responses.size()];
  86
  87         JSONObject feature = rvals.next();
  88         // name = feature.get("name").toString();
  89         name = "name";
  90         sequence = feature.get("seq").toString();
  91         int start = Integer.valueOf(feature.get("start").toString());
  92         int end = Integer.valueOf(feature.get("end").toString());
  93
  94         retrievedSeq[count++] = new Sequence(name, sequence, start, end);
  95
  96         System.out.println("Sequence : " + sequence);
  97
  98       }
  99     } catch (Exception e)
 100     {
 101       e.printStackTrace();
 102     }
 103     stopQuery();
 104     return parseResult(retrievedSeq);
 105   }
 106
 107   @Override
 108   protected Alignment parseResult(String result) throws Exception
 109   {
 110     Alignment sequences = null;
 111     String format = new IdentifyFile().Identify(result, "Paste");
 112     if (FormatAdapter.isValidFormat(format))
 113     {
 114       sequences = new FormatAdapter().readFile(result, "Paste",
 115               format);
 116     }
 117     return sequences;
 118   }
 119
 120
 121   private Alignment parseResult(Sequence[] seqs)
 122   {
 123     Alignment sequences = new Alignment(seqs);
 124     return sequences;
 125   }
 126
 127
 128   @Override
 129   public int getTier()
 130   {
 131     return 0;
 132   }
 133
 134 }