src/jalview/ws/dbsources/Pdb.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.ws.dbsources;
  19
  20 import jalview.datamodel.Alignment;
  21 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  22 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  23 import jalview.datamodel.SequenceI;
  24
  25 import java.util.Vector;
  26
  27 import MCview.PDBChain;
  28 import MCview.PDBfile;
  29
  30 import com.stevesoft.pat.Regex;
  31
  32 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  33 import jalview.ws.ebi.EBIFetchClient;
  34 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  35
  36 /**
  37  * @author JimP
  38  *
  39  */
  40 public class Pdb extends EbiFileRetrievedProxy implements DbSourceProxy
  41 {
  42   public Pdb()
  43   {
  44     super();
  45     addDbSourceProperty(DBRefSource.PROTSEQDB);
  46   }
  47
  48   /*
  49    * (non-Javadoc)
  50    *
  51    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionSeparator()
  52    */
  53   public String getAccessionSeparator()
  54   {
  55     // TODO Auto-generated method stub
  56     return null;
  57   }
  58
  59   /*
  60    * (non-Javadoc)
  61    *
  62    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionValidator()
  63    */
  64   public Regex getAccessionValidator()
  65   {
  66     return new Regex("([1-9][0-9A-Za-z]{3}):?([ _A-Za-z0-9]?)");
  67   }
  68
  69   /*
  70    * (non-Javadoc)
  71    *
  72    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbSource()
  73    */
  74   public String getDbSource()
  75   {
  76     return DBRefSource.PDB;
  77   }
  78
  79   /*
  80    * (non-Javadoc)
  81    *
  82    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbVersion()
  83    */
  84   public String getDbVersion()
  85   {
  86     return "0";
  87   }
  88
  89   /*
  90    * (non-Javadoc)
  91    *
  92    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getSequenceRecords(java.lang.String[])
  93    */
  94   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception
  95   {
  96
  97     Vector result = new Vector();
  98     String chain = null;
  99     String id = null;
 100     if (queries.indexOf(":") > -1)
 101     {
 102       chain = queries.substring(queries.indexOf(":") + 1);
 103       id = queries.substring(0, queries.indexOf(":"));
 104     }
 105     else
 106     {
 107       id = queries;
 108     }
 109     if (queries.length() > 4 && chain == null)
 110     {
 111       chain = queries.substring(4, 5);
 112       id = queries.substring(0, 4);
 113     }
 114     if (!isValidReference(id))
 115     {
 116       System.err.println("Ignoring invalid pdb query: '" + id + "'");
 117       stopQuery();
 118       return null;
 119     }
 120     EBIFetchClient ebi = new EBIFetchClient();
 121     file = ebi.fetchDataAsFile("pdb:" + id, "pdb", "raw").getAbsolutePath();
 122     stopQuery();
 123     if (file == null)
 124     {
 125       return null;
 126     }
 127     try
 128     {
 129
 130       PDBfile pdbfile = new PDBfile(file,
 131               jalview.io.AppletFormatAdapter.FILE);
 132       for (int i = 0; i < pdbfile.chains.size(); i++)
 133       {
 134         if (chain == null
 135                 || ((PDBChain) pdbfile.chains.elementAt(i)).id
 136                         .toUpperCase().equals(chain))
 137         {
 138           PDBChain pdbchain = (PDBChain) pdbfile.chains.elementAt(i);
 139           // Get the Chain's Sequence - who's dataset includes any special
 140           // features added from the PDB file
 141           SequenceI sq = pdbchain.sequence;
 142           // Specially formatted name for the PDB chain sequences retrieved from
 143           // the PDB
 144           sq.setName(jalview.datamodel.DBRefSource.PDB + "|" + id + "|"
 145                   + sq.getName());
 146           // Might need to add more metadata to the PDBEntry object
 147           // like below
 148           /*
 149            * PDBEntry entry = new PDBEntry(); // Construct the PDBEntry
 150            * entry.setId(id); if (entry.getProperty() == null)
 151            * entry.setProperty(new Hashtable());
 152            * entry.getProperty().put("chains", pdbchain.id + "=" + sq.getStart()
 153            * + "-" + sq.getEnd()); sq.getDatasetSequence().addPDBId(entry);
 154            */
 155           // Add PDB DB Refs
 156           // We make a DBRefEtntry because we have obtained the PDB file from a
 157           // verifiable source
 158           // JBPNote - PDB DBRefEntry should also carry the chain and mapping
 159           // information
 160           DBRefEntry dbentry = new DBRefEntry(getDbSource(),
 161                   getDbVersion(), id + pdbchain.id);
 162           sq.addDBRef(dbentry);
 163           // and add seuqence to the retrieved set
 164           result.addElement(sq.deriveSequence());
 165         }
 166       }
 167
 168       if (result.size() < 1)
 169       {
 170         throw new Exception("No PDB Records for " + id + " chain "
 171                 + ((chain == null) ? "' '" : chain));
 172       }
 173     } catch (Exception ex) // Problem parsing PDB file
 174     {
 175       stopQuery();
 176       throw (ex);
 177     }
 178
 179     SequenceI[] results = new SequenceI[result.size()];
 180     for (int i = 0, j = result.size(); i < j; i++)
 181     {
 182       results[i] = (SequenceI) result.elementAt(i);
 183       result.setElementAt(null, i);
 184     }
 185     return new Alignment(results);
 186   }
 187
 188   /*
 189    * (non-Javadoc)
 190    *
 191    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#isValidReference(java.lang.String)
 192    */
 193   public boolean isValidReference(String accession)
 194   {
 195     Regex r = getAccessionValidator();
 196     return r.search(accession.trim());
 197   }
 198
 199   /**
 200    * obtain human glyoxalase chain A sequence
 201    */
 202   public String getTestQuery()
 203   {
 204     return "1QIPA";
 205   }
 206
 207   public String getDbName()
 208   {
 209     return "PDB"; // getDbSource();
 210   }
 211
 212 }