src/jalview/ws/dbsources/Pdb.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.dbsources;
  22
  23 import jalview.datamodel.Alignment;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  25 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  26 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  27 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29
  30 import java.util.ArrayList;
  31 import java.util.List;
  32 import java.util.Vector;
  33
  34 import MCview.PDBChain;
  35 import MCview.PDBfile;
  36
  37 import com.stevesoft.pat.Regex;
  38
  39 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  40 import jalview.io.FormatAdapter;
  41 import jalview.util.MessageManager;
  42 import jalview.ws.ebi.EBIFetchClient;
  43 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  44
  45 /**
  46  * @author JimP
  47  *
  48  */
  49 public class Pdb extends EbiFileRetrievedProxy implements DbSourceProxy
  50 {
  51   public Pdb()
  52   {
  53     super();
  54     addDbSourceProperty(DBRefSource.PROTSEQDB);
  55   }
  56
  57   /*
  58    * (non-Javadoc)
  59    *
  60    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionSeparator()
  61    */
  62   public String getAccessionSeparator()
  63   {
  64     // TODO Auto-generated method stub
  65     return null;
  66   }
  67
  68   /*
  69    * (non-Javadoc)
  70    *
  71    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionValidator()
  72    */
  73   public Regex getAccessionValidator()
  74   {
  75     return new Regex("([1-9][0-9A-Za-z]{3}):?([ _A-Za-z0-9]?)");
  76   }
  77
  78   /*
  79    * (non-Javadoc)
  80    *
  81    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbSource()
  82    */
  83   public String getDbSource()
  84   {
  85     return DBRefSource.PDB;
  86   }
  87
  88   /*
  89    * (non-Javadoc)
  90    *
  91    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbVersion()
  92    */
  93   public String getDbVersion()
  94   {
  95     return "0";
  96   }
  97
  98   /*
  99    * (non-Javadoc)
 100    *
 101    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getSequenceRecords(java.lang.String[])
 102    */
 103   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception
 104   {
 105     AlignmentI pdbfile = null;
 106     Vector result = new Vector();
 107     String chain = null;
 108     String id = null;
 109     if (queries.indexOf(":") > -1)
 110     {
 111       chain = queries.substring(queries.indexOf(":") + 1);
 112       id = queries.substring(0, queries.indexOf(":"));
 113     }
 114     else
 115     {
 116       id = queries;
 117     }
 118     if (queries.length() > 4 && chain == null)
 119     {
 120       chain = queries.substring(4, 5);
 121       id = queries.substring(0, 4);
 122     }
 123     if (!isValidReference(id))
 124     {
 125       System.err.println("Ignoring invalid pdb query: '" + id + "'");
 126       stopQuery();
 127       return null;
 128     }
 129     EBIFetchClient ebi = new EBIFetchClient();
 130     file = ebi.fetchDataAsFile("pdb:" + id, "pdb", "raw").getAbsolutePath();
 131     stopQuery();
 132     if (file == null)
 133     {
 134       return null;
 135     }
 136     try
 137     {
 138
 139       pdbfile = new FormatAdapter().readFile(file,
 140               jalview.io.AppletFormatAdapter.FILE, "PDB");
 141       if (pdbfile != null)
 142       {
 143         List<SequenceI> toremove = new ArrayList<SequenceI>();
 144         for (SequenceI pdbcs : pdbfile.getSequences())
 145         {
 146           String chid = null;
 147           // Mapping map=null;
 148           for (PDBEntry pid : (Vector<PDBEntry>) pdbcs.getPDBId())
 149           {
 150             if (pid.getFile() == file)
 151             {
 152               chid = (String) pid.getProperty().get("CHAIN");
 153
 154             }
 155             ;
 156
 157           }
 158           if (chain == null
 159                   || (chid != null && (chid.equals(chain)
 160                           || chid.trim().equals(chain.trim()) || (chain
 161                           .trim().length() == 0 && chid.equals("_")))))
 162           {
 163             pdbcs.setName(jalview.datamodel.DBRefSource.PDB + "|" + id
 164                     + "|" + pdbcs.getName());
 165             // Might need to add more metadata to the PDBEntry object
 166             // like below
 167             /*
 168              * PDBEntry entry = new PDBEntry(); // Construct the PDBEntry
 169              * entry.setId(id); if (entry.getProperty() == null)
 170              * entry.setProperty(new Hashtable());
 171              * entry.getProperty().put("chains", pdbchain.id + "=" +
 172              * sq.getStart() + "-" + sq.getEnd());
 173              * sq.getDatasetSequence().addPDBId(entry);
 174              */
 175             // Add PDB DB Refs
 176             // We make a DBRefEtntry because we have obtained the PDB file from
 177             // a
 178             // verifiable source
 179             // JBPNote - PDB DBRefEntry should also carry the chain and mapping
 180             // information
 181             DBRefEntry dbentry = new DBRefEntry(getDbSource(),
 182                     getDbVersion(), (chid == null ? id : id + chid));
 183             // dbentry.setMap()
 184             pdbcs.addDBRef(dbentry);
 185           }
 186           else
 187           {
 188             // mark this sequence to be removed from the alignment
 189             // - since it's not from the right chain
 190             toremove.add(pdbcs);
 191           }
 192         }
 193         // now remove marked sequences
 194         for (SequenceI pdbcs : toremove)
 195         {
 196           pdbfile.deleteSequence(pdbcs);
 197           if (pdbcs.getAnnotation()!=null)
 198           {
 199             for (AlignmentAnnotation aa: pdbcs.getAnnotation())
 200             {
 201               pdbfile.deleteAnnotation(aa);
 202             }
 203           }
 204         }
 205       }
 206
 207       if (pdbfile == null || pdbfile.getHeight() < 1)
 208       {
 209         throw new Exception(MessageManager.formatMessage("exception.no_pdb_records_for_chain", new String[]{id, ((chain == null) ? "' '" : chain)}));
 210       }
 211
 212     } catch (Exception ex) // Problem parsing PDB file
 213     {
 214       stopQuery();
 215       throw (ex);
 216     }
 217     return pdbfile;
 218   }
 219
 220   /*
 221    * (non-Javadoc)
 222    *
 223    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#isValidReference(java.lang.String)
 224    */
 225   public boolean isValidReference(String accession)
 226   {
 227     Regex r = getAccessionValidator();
 228     return r.search(accession.trim());
 229   }
 230
 231   /**
 232    * obtain human glyoxalase chain A sequence
 233    */
 234   public String getTestQuery()
 235   {
 236     return "1QIPA";
 237   }
 238
 239   public String getDbName()
 240   {
 241     return "PDB"; // getDbSource();
 242   }
 243
 244   @Override
 245   public int getTier()
 246   {
 247     return 0;
 248   }
 249 }