src/jalview/ws/dbsources/Pfam.java

   1 /**\r
   2  * \r
   3  */\r
   4 package jalview.ws.dbsources;\r
   5 \r
   6 import java.util.Hashtable;\r
   7 \r
   8 import com.stevesoft.pat.Regex;\r
   9 \r
  10 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
  11 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;\r
  12 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxyImpl;\r
  13 /**\r
  14  * TODO: later PFAM is a complex datasource - it currently returns a seed alignment, but could optionally return a full alignment.\r
  15  * TODO: later PFAM is a complex datasource - it could return a tree in addition to an alignment\r
  16  * TODO: HP: Incorporate jalview.gui.SequenceFetcher retrieval code here.\r
  17  * @author JimP\r
  18  *\r
  19  */\r
  20 public class Pfam extends DbSourceProxyImpl implements DbSourceProxy\r
  21 {\r
  22 \r
  23   /* (non-Javadoc)\r
  24    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionSeparator()\r
  25    */\r
  26   public String getAccessionSeparator()\r
  27   {\r
  28     // TODO Auto-generated method stub\r
  29     return null;\r
  30   }\r
  31 \r
  32   /* (non-Javadoc)\r
  33    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionValidator()\r
  34    */\r
  35   public Regex getAccessionValidator()\r
  36   {\r
  37     // TODO Auto-generated method stub\r
  38     return null;\r
  39   }\r
  40 \r
  41   /* (non-Javadoc)\r
  42    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbSource()\r
  43    */\r
  44   public String getDbSource()\r
  45   {\r
  46     // TODO Auto-generated method stub\r
  47     return null;\r
  48   }\r
  49 \r
  50   /* (non-Javadoc)\r
  51    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbSourceProperties()\r
  52    */\r
  53   public Hashtable getDbSourceProperties()\r
  54   {\r
  55     // TODO Auto-generated method stub\r
  56     return null;\r
  57   }\r
  58 \r
  59   /* (non-Javadoc)\r
  60    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbVersion()\r
  61    */\r
  62   public String getDbVersion()\r
  63   {\r
  64     // TODO Auto-generated method stub\r
  65     return null;\r
  66   }\r
  67 \r
  68   /* (non-Javadoc)\r
  69    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getRawRecords()\r
  70    */\r
  71   public StringBuffer getRawRecords()\r
  72   {\r
  73     // TODO Auto-generated method stub\r
  74     return null;\r
  75   }\r
  76 \r
  77   /* (non-Javadoc)\r
  78    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getSequenceRecords(java.lang.String[])\r
  79    */\r
  80   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception\r
  81   {\r
  82     throw new Exception("PFAM Retrieval not yet implemented - see jalview.gui.SequenceFetcher for current implementation");\r
  83   }\r
  84 \r
  85   /* (non-Javadoc)\r
  86    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#isValidReference(java.lang.String)\r
  87    */\r
  88   public boolean isValidReference(String accession)\r
  89   {\r
  90     // TODO Auto-generated method stub\r
  91     return false;\r
  92   }\r
  93 \r
  94   /* (non-Javadoc)\r
  95    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#queryInProgress()\r
  96    */\r
  97   public boolean queryInProgress()\r
  98   {\r
  99     // TODO Auto-generated method stub\r
 100     return false;\r
 101   }\r
 102 \r
 103   public String getTestQuery()\r
 104   {\r
 105     return "PF00535";\r
 106   }\r
 107 \r
 108 }\r