src/jalview/ws/dbsources/PfamFull.java

   1 /**\r
   2  * \r
   3  */\r
   4 package jalview.ws.dbsources;\r
   5 \r
   6 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;\r
   7 \r
   8 /**\r
   9  * flyweight class specifying retrieval of Full family alignments from PFAM\r
  10  *\r
  11  */\r
  12 public class PfamFull extends Pfam implements DbSourceProxy\r
  13 {\r
  14   public PfamFull()\r
  15   {\r
  16     super();\r
  17   }\r
  18 \r
  19   /* (non-Javadoc)\r
  20    * @see jalview.ws.dbsources.Pfam#getPFAMURL()\r
  21    */\r
  22   protected String getPFAMURL()\r
  23   {\r
  24     return "http://pfam.sanger.ac.uk/family/alignment/download/format?alnType=full&format=stockholm&order=t&case=l&gaps=default&entry=";\r
  25   }\r
  26 \r
  27   /* (non-Javadoc)\r
  28    * @see jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy#getDbName()\r
  29    */\r
  30   public String getDbName()\r
  31   {\r
  32     return "PFAM (Full)";\r
  33   }\r
  34   public String getDbSource()\r
  35   {\r
  36     return getDbName(); // so we have unique DbSource string.\r
  37   }\r
  38   public String getTestQuery()\r
  39   {\r
  40     return "PF00535"; // TODO: Pick a better full alignment to retrieve.\r
  41   }\r
  42 \r
  43 }\r