src/jalview/ws/dbsources/PfamSeed.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.dbsources;
  22
  23
  24 /**
  25  * flyweight class specifying retrieval of Seed alignments from PFAM
  26  *
  27  * @author JimP
  28  *
  29  */
  30 public class PfamSeed extends Pfam
  31 {
  32   public PfamSeed()
  33   {
  34     super();
  35   }
  36
  37   /*
  38    * (non-Javadoc)
  39    *
  40    * @see jalview.ws.dbsources.Pfam#getPFAMURL()
  41    */
  42   @Override
  43   protected String getXFAMURL()
  44   {
  45     return "http://pfam.xfam.org/family/alignment/download/format?alnType=seed&format=stockholm&order=t&case=l&gaps=default&entry=";
  46   }
  47
  48   /*
  49    * (non-Javadoc)
  50    *
  51    * @see jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy#getDbName()
  52    */
  53   @Override
  54   public String getDbName()
  55   {
  56     return "PFAM (Seed)";
  57   }
  58
  59   @Override
  60   public String getDbSource()
  61   {
  62     return jalview.datamodel.DBRefSource.PFAM; // archetype source
  63   }
  64
  65   @Override
  66   public String getTestQuery()
  67   {
  68     return "PF03760";
  69   }
  70
  71   @Override
  72   public int getTier()
  73   {
  74     return 0;
  75   }
  76 }