JAL-1139 latest version of proguard needed for Java 1.7 builds
[jalview.git] / src / jalview / ws / dbsources / Rfam.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
10  *  
11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
15  * 
16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
17  */
18 package jalview.ws.dbsources;
19
20 import com.stevesoft.pat.Regex;
21
22 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
23
24 /**
25  * Contains methods for fetching sequences from Rfam database
26  * 
27  * @author Lauren Michelle Lui
28  */
29 abstract public class Rfam extends Xfam implements DbSourceProxy
30 {
31
32   public Rfam()
33   {
34     super();
35     // all extensions of this RFAM source base class are DOMAINDB sources
36     addDbSourceProperty(jalview.datamodel.DBRefSource.DOMAINDB);
37     addDbSourceProperty(jalview.datamodel.DBRefSource.ALIGNMENTDB);
38   }
39
40   /*
41    * (non-Javadoc)
42    * 
43    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionSeparator() Left here for
44    * consistency with Pfam class
45    */
46   public String getAccessionSeparator()
47   {
48     // TODO Auto-generated method stub
49     return null;
50   }
51
52   /*
53    * (non-Javadoc)
54    * 
55    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionValidator() * Left here for
56    */
57   public Regex getAccessionValidator()
58   {
59     // TODO Auto-generated method stub
60     return null;
61   }
62
63   /*
64    * (non-Javadoc)
65    * 
66    * Left here for consistency with Pfam class
67    * 
68    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbSource() public String getDbSource() { *
69    * this doesn't work - DbSource is key for the hash of DbSourceProxy instances
70    * - 1:many mapping for DbSource to proxy will be lost. * suggest : RFAM is an
71    * 'alignment' source - means proxy is higher level than a sequence source.
72    * return jalview.datamodel.DBRefSource.RFAM; }
73    */
74
75   /*
76    * (non-Javadoc)
77    * 
78    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbVersion()
79    */
80   @Override
81   public String getDbVersion()
82   {
83     // TODO Auto-generated method stub
84     return null;
85   }
86
87   /**
88    * Returns base URL for selected Rfam alignment type
89    * 
90    * @return RFAM URL stub for this DbSource
91    */
92   @Override
93   protected abstract String getXFAMURL();
94
95   /*
96    * (non-Javadoc)
97    * 
98    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#isValidReference(java.lang.String)
99    */
100   public boolean isValidReference(String accession)
101   {
102     return accession.indexOf("RF") == 0;
103   }
104
105   /*
106    * (non-Javadoc)
107    * 
108    * @see jalview.ws.dbsources.Xfam#getXfamSource()
109    */
110   public String getXfamSource()
111   {
112     return jalview.datamodel.DBRefSource.RFAM;
113   }
114
115 }