src/jalview/ws/dbsources/RfamFull.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.dbsources;
  22
  23
  24 /**
  25  * Flyweight class specifying retrieval of Full family alignments from RFAM
  26  *
  27  * @author Lauren Michelle Lui
  28  *
  29  */
  30 public class RfamFull extends Rfam
  31 {
  32   public RfamFull()
  33   {
  34     super();
  35   }
  36
  37   /*
  38    * (non-Javadoc)
  39    *
  40    * @see jalview.ws.dbsources.Rfam#getXFAMURL()
  41    */
  42   @Override
  43   protected String getXFAMURL()
  44   {
  45     return "http://rfam.xfam.org/family/alignment/download/format?alnType=full&nseLabels=0&format=stockholm&acc=";
  46
  47   }
  48
  49   /*
  50    * (non-Javadoc)
  51    *
  52    * @see jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy#getDbName()
  53    */
  54   @Override
  55   public String getDbName()
  56   {
  57     return "RFAM (Full)";
  58   }
  59
  60   @Override
  61   public String getDbSource()
  62   {
  63     return getDbName(); // so we have unique DbSource string.
  64   }
  65
  66   @Override
  67   public String getTestQuery()
  68   {
  69     // Can be retrieved from http://rfam.janelia.org/cgi-bin/getdesc?acc=RF00014
  70     // or
  71     // http://rfam.sanger.ac.uk/family/alignment/download/format?alnType=full&nseLabels=0&format=stockholm&acc=RF00014
  72     return "RF00014";
  73   }
  74
  75   @Override
  76   public String getDbVersion()
  77   {
  78     return null;
  79   }
  80
  81   @Override
  82   public int getTier()
  83   {
  84     return 0;
  85   }
  86 }