src/jalview/ws/dbsources/RfamSeed.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.dbsources;
  22
  23 /**
  24  * Flyweight class specifying retrieval of Seed family alignments from RFAM
  25  *
  26  * @author Lauren Michelle Lui
  27  *
  28  */
  29 public class RfamSeed extends Rfam
  30 {
  31   public RfamSeed()
  32   {
  33     super();
  34   }
  35
  36   /*
  37    * (non-Javadoc)
  38    *
  39    * @see jalview.ws.dbsources.Rfam#getRFAMURL()
  40    */
  41   @Override
  42   protected String getXFAMURL()
  43   {
  44     return "http://rfam.xfam.org/family/";
  45     // Janelia Farms url
  46     // "http://rfam.janelia.org/cgi-bin/getalignment?type=seed&fmt=stockholm&acc=";
  47   }
  48
  49   @Override
  50   public String getXFAMURLSUFFIX()
  51   {
  52     return "/alignment";
  53   }
  54
  55   /*
  56    * (non-Javadoc)
  57    *
  58    * @see jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy#getDbName()
  59    */
  60   @Override
  61   public String getDbName()
  62   {
  63     return "RFAM (Seed)";
  64   }
  65
  66   @Override
  67   public String getDbSource()
  68   {
  69     return getDbName(); // so we have unique DbSource string.
  70   }
  71
  72   @Override
  73   public String getTestQuery()
  74   {
  75     return "RF00014";
  76   } // http://rfam.janelia.org/cgi-bin/getdesc?acc=RF00014
  77
  78   @Override
  79   public String getDbVersion()
  80   {
  81     return null;
  82   }
  83
  84   @Override
  85   public int getTier()
  86   {
  87     return 0;
  88   }
  89 }