src/jalview/ws/dbsources/RfamSeed.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b2)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
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   6  *
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  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.dbsources;
  22
  23 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  24
  25 /**
  26  * Flyweight class specifying retrieval of Seed family alignments from RFAM
  27  *
  28  * @author Lauren Michelle Lui
  29  *
  30  */
  31 public class RfamSeed extends Rfam implements DbSourceProxy
  32 {
  33   public RfamSeed()
  34   {
  35     super();
  36   }
  37
  38   /*
  39    * (non-Javadoc)
  40    *
  41    * @see jalview.ws.dbsources.Rfam#getRFAMURL()
  42    */
  43   @Override
  44   protected String getXFAMURL()
  45   {
  46     return "http://rfam.xfam.org/family/";
  47     // Janelia Farms url
  48     // "http://rfam.janelia.org/cgi-bin/getalignment?type=seed&fmt=stockholm&acc=";
  49   }
  50
  51   @Override
  52   public String getXFAMURLSUFFIX()
  53   {
  54     return "/alignment";
  55   }
  56   /*
  57    * (non-Javadoc)
  58    *
  59    * @see jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy#getDbName()
  60    */
  61   @Override
  62   public String getDbName()
  63   {
  64     return "RFAM (Seed)";
  65   }
  66
  67   @Override
  68   public String getDbSource()
  69   {
  70     return getDbName(); // so we have unique DbSource string.
  71   }
  72
  73   @Override
  74   public String getTestQuery()
  75   {
  76     return "RF00014";
  77   } // http://rfam.janelia.org/cgi-bin/getdesc?acc=RF00014
  78
  79   @Override
  80   public String getDbVersion()
  81   {
  82     return null;
  83   }
  84
  85   @Override
  86   public int getTier()
  87   {
  88     return 0;
  89   }
  90 }