src/jalview/ws/dbsources/Uniprot.java

   1 /**\r
   2  * \r
   3  */\r
   4 package jalview.ws.dbsources;\r
   5 \r
   6 import java.io.File;\r
   7 import java.io.FileReader;\r
   8 import java.io.IOException;\r
   9 import java.util.Enumeration;\r
  10 import java.util.Hashtable;\r
  11 import java.util.Vector;\r
  12 \r
  13 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  14 \r
  15 import com.stevesoft.pat.Regex;\r
  16 \r
  17 import jalview.datamodel.Alignment;\r
  18 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
  19 import jalview.datamodel.DBRefEntry;\r
  20 import jalview.datamodel.DBRefSource;\r
  21 import jalview.datamodel.PDBEntry;\r
  22 import jalview.datamodel.SequenceFeature;\r
  23 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
  24 import jalview.datamodel.UniprotEntry;\r
  25 import jalview.datamodel.UniprotFile;\r
  26 import jalview.io.FormatAdapter;\r
  27 import jalview.io.IdentifyFile;\r
  28 import jalview.ws.DBRefFetcher;\r
  29 import jalview.ws.ebi.EBIFetchClient;\r
  30 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;\r
  31 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxyImpl;\r
  32 \r
  33 /**\r
  34  * @author JimP\r
  35  * \r
  36  */\r
  37 public class Uniprot extends DbSourceProxyImpl implements DbSourceProxy\r
  38 {\r
  39   public Uniprot() {\r
  40     super();\r
  41     addDbSourceProperty(DBRefSource.SEQDB, DBRefSource.SEQDB);\r
  42     addDbSourceProperty(DBRefSource.PROTSEQDB);\r
  43 //    addDbSourceProperty(DBRefSource.MULTIACC, new Integer(50));\r
  44   }\r
  45 \r
  46   /*\r
  47    * (non-Javadoc)\r
  48    * \r
  49    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionSeparator()\r
  50    */\r
  51   public String getAccessionSeparator()\r
  52   {\r
  53     return null; // ";";\r
  54   }\r
  55 \r
  56   /*\r
  57    * (non-Javadoc)\r
  58    * \r
  59    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionValidator()\r
  60    */\r
  61   public Regex getAccessionValidator()\r
  62   {\r
  63     return null;\r
  64   }\r
  65 \r
  66   /*\r
  67    * (non-Javadoc)\r
  68    * \r
  69    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbSource()\r
  70    */\r
  71   public String getDbSource()\r
  72   {\r
  73     return DBRefSource.UNIPROT;\r
  74   }\r
  75 \r
  76   /*\r
  77    * (non-Javadoc)\r
  78    * \r
  79    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbVersion()\r
  80    */\r
  81   public String getDbVersion()\r
  82   {\r
  83     return "0"; // we really don't know what version we're on.\r
  84   }\r
  85 \r
  86   private EBIFetchClient ebi = null;\r
  87 \r
  88   public Vector getUniprotEntries(File file)\r
  89   {\r
  90     UniprotFile uni = new UniprotFile();\r
  91     try\r
  92     {\r
  93       // 1. Load the mapping information from the file\r
  94       org.exolab.castor.mapping.Mapping map = new org.exolab.castor.mapping.Mapping(uni.getClass().getClassLoader());\r
  95       java.net.URL url = getClass().getResource("/uniprot_mapping.xml");\r
  96       map.loadMapping(url);\r
  97 \r
  98       // 2. Unmarshal the data\r
  99       Unmarshaller unmar = new Unmarshaller(uni);\r
 100       unmar.setIgnoreExtraElements(true);\r
 101       unmar.setMapping(map);\r
 102 \r
 103       uni = (UniprotFile) unmar.unmarshal(new FileReader(file));\r
 104     }\r
 105     catch (Exception e)\r
 106     {\r
 107       System.out.println("Error getUniprotEntries() " + e);\r
 108     }\r
 109 \r
 110     return uni.getUniprotEntries();\r
 111   }\r
 112 \r
 113   /*\r
 114    * (non-Javadoc)\r
 115    * \r
 116    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getSequenceRecords(java.lang.String[])\r
 117    */\r
 118   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception\r
 119   {\r
 120     startQuery();\r
 121     try\r
 122     {\r
 123       Alignment al=null;\r
 124       ebi = new EBIFetchClient();\r
 125       StringBuffer result=new StringBuffer();\r
 126       // uniprotxml parameter required since december 2007\r
 127       File file = ebi.fetchDataAsFile("uniprot:" + queries, "uniprotxml", null);\r
 128       Vector entries = getUniprotEntries(file);\r
 129 \r
 130       if (entries != null)\r
 131       {\r
 132         // First, make the new sequences\r
 133         Enumeration en = entries.elements();\r
 134         while (en.hasMoreElements())\r
 135         {\r
 136           UniprotEntry entry = (UniprotEntry) en.nextElement();\r
 137 \r
 138           StringBuffer name = new StringBuffer(">UniProt/Swiss-Prot");\r
 139           Enumeration en2 = entry.getAccession().elements();\r
 140           while (en2.hasMoreElements())\r
 141           {\r
 142             name.append("|");\r
 143             name.append(en2.nextElement());\r
 144           }\r
 145           en2 = entry.getName().elements();\r
 146           while (en2.hasMoreElements())\r
 147           {\r
 148             name.append("|");\r
 149             name.append(en2.nextElement());\r
 150           }\r
 151 \r
 152           if (entry.getProtein()!=null && entry.getProtein().getName()!=null)\r
 153           {\r
 154               for (int nm=0,nmSize=entry.getProtein().getName().size(); nm<nmSize;nm++)\r
 155               {\r
 156                 name.append(" " + entry.getProtein().getName().elementAt(nm));\r
 157               }\r
 158           }\r
 159 \r
 160           result.append(name + "\n"\r
 161                   + entry.getUniprotSequence().getContent() + "\n");\r
 162 \r
 163         }\r
 164 \r
 165         // Then read in the features and apply them to the dataset\r
 166         al = parseResult(result.toString());\r
 167         if (al!=null)\r
 168         {\r
 169           // Decorate the alignment with database entries.\r
 170           addUniprotXrefs(al, entries);\r
 171         } else {\r
 172           results = result;\r
 173         }\r
 174       }\r
 175       stopQuery();\r
 176       return al;\r
 177     } catch (Exception e)\r
 178     {\r
 179       stopQuery();\r
 180       throw(e);\r
 181     }\r
 182   }\r
 183 \r
 184   /**\r
 185    * add an ordered set of UniprotEntry objects to an ordered set of seuqences.\r
 186    * \r
 187    * @param al -\r
 188    *          a sequence of n sequences\r
 189    * @param entries\r
 190    *          a seuqence of n uniprot entries to be analysed.\r
 191    */\r
 192   public void addUniprotXrefs(Alignment al, Vector entries)\r
 193   {\r
 194     for (int i = 0; i < entries.size(); i++)\r
 195     {\r
 196       UniprotEntry entry = (UniprotEntry) entries.elementAt(i);\r
 197       Enumeration e = entry.getDbReference().elements();\r
 198       Vector onlyPdbEntries = new Vector();\r
 199       while (e.hasMoreElements())\r
 200       {\r
 201         PDBEntry pdb = (PDBEntry) e.nextElement();\r
 202         if (!pdb.getType().equals("PDB"))\r
 203         {\r
 204           continue;\r
 205         }\r
 206 \r
 207         onlyPdbEntries.addElement(pdb);\r
 208       }\r
 209       SequenceI sq = al.getSequenceAt(i);\r
 210       while (sq.getDatasetSequence()!=null)\r
 211       {\r
 212         sq = sq.getDatasetSequence();\r
 213       }\r
 214 \r
 215       Enumeration en2 = entry.getAccession().elements();\r
 216       while (en2.hasMoreElements())\r
 217       {\r
 218         // we always add as uniprot if we retrieved from uniprot or uniprot name\r
 219         sq.addDBRef(\r
 220                 new DBRefEntry(DBRefSource.UNIPROT, getDbVersion(), en2.nextElement()\r
 221                         .toString()));\r
 222       }\r
 223       sq.setPDBId(onlyPdbEntries);\r
 224       if (entry.getFeature() != null)\r
 225       {\r
 226         e = entry.getFeature().elements();\r
 227         while (e.hasMoreElements())\r
 228         {\r
 229           SequenceFeature sf = (SequenceFeature) e.nextElement();\r
 230           sf.setFeatureGroup("Uniprot");\r
 231           sq.addSequenceFeature(sf);\r
 232         }\r
 233       }\r
 234     }\r
 235   }\r
 236 \r
 237   /*\r
 238    * (non-Javadoc)\r
 239    * \r
 240    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#isValidReference(java.lang.String)\r
 241    */\r
 242   public boolean isValidReference(String accession)\r
 243   {\r
 244     return true;\r
 245   }\r
 246   /**\r
 247    * return LDHA_CHICK uniprot entry\r
 248    */\r
 249   public String getTestQuery()\r
 250   {\r
 251     return "P00340";\r
 252   }\r
 253   public String getDbName()\r
 254   {\r
 255     return getDbSource();\r
 256   }\r
 257 }\r