JAL-1139 latest version of proguard needed for Java 1.7 builds
[jalview.git] / src / jalview / ws / dbsources / Xfam.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
10  *  
11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
15  * 
16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
17  */
18 package jalview.ws.dbsources;
19
20 import jalview.datamodel.AlignmentI;
21 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
22 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxyImpl;
23
24 /**
25  * Acts as a superclass for the Rfam and Pfam classes
26  * 
27  * @author Lauren Michelle Lui
28  * 
29  */
30 public abstract class Xfam extends DbSourceProxyImpl
31 {
32
33   public Xfam()
34   {
35     super();
36   }
37
38   protected abstract String getXFAMURL();
39
40   public abstract String getDbVersion();
41
42   abstract String getXfamSource();
43
44   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception
45   {
46     // TODO: this is not a perfect implementation. We need to be able to add
47     // individual references to each sequence in each family alignment that's
48     // retrieved.
49     startQuery();
50     // TODO: trap HTTP 404 exceptions and return null
51     AlignmentI rcds = new jalview.io.FormatAdapter().readFile(getXFAMURL()
52             + queries.trim().toUpperCase(), jalview.io.FormatAdapter.URL,
53             "STH");
54     for (int s = 0, sNum = rcds.getHeight(); s < sNum; s++)
55     {
56       rcds.getSequenceAt(s).addDBRef(new DBRefEntry(getXfamSource(),
57       // getDbSource(),
58               getDbVersion(), queries.trim().toUpperCase()));
59       if (!getDbSource().equals(getXfamSource()))
60       { // add the specific ref too
61         rcds.getSequenceAt(s).addDBRef(
62                 new DBRefEntry(getDbSource(), getDbVersion(), queries
63                         .trim().toUpperCase()));
64       }
65     }
66     stopQuery();
67     return rcds;
68   }
69
70 }