src/jalview/ws/dbsources/das/DasSequenceSourceListener.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)\r
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  * \r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  * \r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.ws.dbsources.das;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
  22 import jalview.datamodel.Alignment;\r
  23 import jalview.datamodel.DBRefEntry;\r
  24 import jalview.datamodel.Sequence;\r
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
  26 import jalview.ws.dbsources.DasSequenceSource;\r
  27 \r
  28 import org.biojava.dasobert.eventmodel.SequenceEvent;\r
  29 import org.biojava.dasobert.eventmodel.SequenceListener;\r
  30 \r
  31 /**\r
  32  * Listen for sequence fetch events from a dasobert SequenceThread started with a \r
  33  * query string and collect sequences returned from the DAS sequence source. \r
  34  * @author JimP\r
  35  *\r
  36  */\r
  37 public class DasSequenceSourceListener implements SequenceListener\r
  38 {\r
  39   \r
  40   String ourAccession = null;\r
  41   DasSequenceSource oursource=null;\r
  42   /**\r
  43    * \r
  44    * @param source the DAS Sequence DbProxy object containing database details for this source\r
  45    * @param query the query string sent to the das source that we should be listening for.\r
  46    */\r
  47   public DasSequenceSourceListener(DasSequenceSource source, String query)\r
  48   {\r
  49     oursource=source;\r
  50     ourAccession=query;\r
  51   }\r
  52 \r
  53   public void clearSelection()\r
  54   {\r
  55     // TODO Auto-generated method stub\r
  56 \r
  57   }\r
  58   java.util.Vector seqs = null;\r
  59   public void newSequence(SequenceEvent e)\r
  60   {\r
  61     if (!e.getAccessionCode().equals(ourAccession))\r
  62     {\r
  63       System.err.println("Warning - received sequence event for strange accession code ("\r
  64               +e.getAccessionCode()+") - we expected "+ourAccession);\r
  65       \r
  66       return;\r
  67     }\r
  68     if (seqs==null)\r
  69     {\r
  70       if (e.getSequence().length()==0)\r
  71       {\r
  72         System.err.println("Empty sequence returned for accession code ("\r
  73                 +e.getAccessionCode()+") from "+oursource.getDbName());\r
  74         called=true;\r
  75         noSequences=true;\r
  76         return;\r
  77       }\r
  78       seqs = new java.util.Vector();\r
  79     }\r
  80     Sequence sq = new Sequence(e.getAccessionCode(), e.getSequence());\r
  81     sq.addDBRef(new DBRefEntry(oursource.getDbSource(), oursource.getDbVersion()+":"+e.getVersion(), e.getAccessionCode()));\r
  82     seqs.addElement(sq);\r
  83     called=true;\r
  84   }\r
  85 \r
  86   public void selectedSeqPosition(int position)\r
  87   {\r
  88     // TODO Auto-generated method stub\r
  89 \r
  90   }\r
  91 \r
  92   public void selectedSeqRange(int start, int end)\r
  93   {\r
  94     // TODO Auto-generated method stub\r
  95 \r
  96   }\r
  97 \r
  98   public void selectionLocked(boolean flag)\r
  99   {\r
 100     // TODO Auto-generated method stub\r
 101 \r
 102   }\r
 103 \r
 104   public void newObjectRequested(String accessionCode)\r
 105   {\r
 106     // TODO Auto-generated method stub\r
 107 \r
 108   }\r
 109   boolean noSequences=false;\r
 110   public void noObjectFound(String accessionCode)\r
 111   {\r
 112     if (accessionCode.equals(ourAccession))\r
 113     {\r
 114       noSequences=true;\r
 115       called = true;\r
 116     }\r
 117   }\r
 118   public boolean hasNoSequences() {\r
 119     return noSequences;\r
 120   }\r
 121   boolean called=false;\r
 122   public boolean isNotCalled()\r
 123   {\r
 124     return !called;\r
 125   }\r
 126 \r
 127   public AlignmentI getSequences()\r
 128   {\r
 129     if (noSequences || seqs!=null && seqs.size()==0)\r
 130       return null;\r
 131     SequenceI[] sqs = new SequenceI[seqs.size()];\r
 132     for (int i=0,iSize=seqs.size(); i<iSize;i++)\r
 133     {\r
 134       sqs[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
 135     }\r
 136     Alignment al = new Alignment(sqs);\r
 137     if (oursource.getSource().hasCapability("features"))\r
 138     {\r
 139       java.util.Vector src = new java.util.Vector();\r
 140       src.addElement(oursource.getSource());\r
 141       new jalview.ws.DasSequenceFeatureFetcher(sqs, \r
 142               null,\r
 143               src, false, false);\r
 144     }\r
 145     \r
 146     return al;\r
 147   }\r
 148 \r
 149 }\r