src/jalview/ws/dbsources/das/datamodel/JalviewSource.java

   1 package jalview.ws.dbsources.das.datamodel;
   2
   3 import java.text.ParseException;
   4 import java.util.ArrayList;
   5 import java.util.Date;
   6 import java.util.Hashtable;
   7 import java.util.List;
   8 import java.util.Map;
   9
  10 import org.biodas.jdas.client.threads.MultipleConnectionPropertyProviderI;
  11 import org.biodas.jdas.dassources.Capabilities;
  12 import org.biodas.jdas.dassources.utils.DasTimeFormat;
  13 import org.biodas.jdas.dassources.utils.RegistrySourceAdapter;
  14 import org.biodas.jdas.schema.sources.CAPABILITY;
  15 import org.biodas.jdas.schema.sources.COORDINATES;
  16 import org.biodas.jdas.schema.sources.MAINTAINER;
  17 import org.biodas.jdas.schema.sources.PROP;
  18 import org.biodas.jdas.schema.sources.SOURCE;
  19 import org.biodas.jdas.schema.sources.VERSION;
  20
  21 import jalview.ws.dbsources.das.api.jalviewSourceI;
  22 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  23
  24 public class JalviewSource implements jalviewSourceI
  25 {
  26   SOURCE source;
  27   MultipleConnectionPropertyProviderI connprov;
  28   public JalviewSource(SOURCE local2, MultipleConnectionPropertyProviderI connprov, boolean local)
  29   {
  30     this.connprov=connprov;
  31     this.local = local;
  32     source = local2;
  33   }
  34
  35   @Override
  36   public String getTitle()
  37   {
  38     return source.getTitle();
  39   }
  40
  41   @Override
  42   public VERSION getVersion()
  43   {
  44
  45     return getVersionFor(source);
  46   }
  47
  48   @Override
  49   public String getDocHref()
  50   {
  51     return source.getDocHref();
  52   }
  53
  54   @Override
  55   public String getDescription()
  56   {
  57     return source.getDescription();
  58   }
  59
  60   @Override
  61   public String getUri()
  62   {
  63     return source.getUri();
  64   }
  65
  66   @Override
  67   public MAINTAINER getMAINTAINER()
  68   {
  69     return source.getMAINTAINER();
  70   }
  71
  72   @Override
  73   public String getEmail()
  74   {
  75     return (local) ? null : source.getMAINTAINER().getEmail();
  76   }
  77
  78   boolean local = false;
  79
  80   @Override
  81   public boolean isLocal()
  82   {
  83     return local;
  84   }
  85
  86   @Override
  87   public boolean isSequenceSource()
  88   {
  89     String seqcap = "das1:" + Capabilities.SEQUENCE.getName();
  90     for (String cp : getCapabilityList(getVersionFor(source)))
  91     {
  92       if (cp.equals(seqcap))
  93       {
  94         return true;
  95
  96       }
  97     }
  98     return false;
  99   }
 100
 101   @Override
 102   public boolean isFeatureSource()
 103   {
 104     String seqcap = "das1:" + Capabilities.FEATURES.getName();
 105     for (String cp : getCapabilityList(getVersionFor(source)))
 106     {
 107       if (cp.equals(seqcap))
 108       {
 109         return true;
 110
 111       }
 112     }
 113     return false;
 114   }
 115
 116   private VERSION getVersionFor(SOURCE ds)
 117   {
 118     VERSION latest = null;
 119     for (VERSION v : ds.getVERSION())
 120     {
 121       if (latest == null
 122               || isLaterThan(latest.getCreated(), v.getCreated()))
 123       {
 124         // TODO: das 1.6 - should just get the first version - ignore other
 125         // versions since not specified how to construct URL from version's URI
 126         // + source URI
 127         latest = v;
 128       }
 129     }
 130     return latest;
 131   }
 132
 133   /**
 134    * compare date strings. null or unparseable dates are assumed to be oldest
 135    *
 136    * @param ref
 137    * @param newer
 138    * @return true iff ref comes before newer
 139    */
 140   private boolean isLaterThan(String ref, String newer)
 141   {
 142     Date refdate = null, newdate = null;
 143     if (ref != null && ref.trim().length() > 0)
 144     {
 145       try
 146       {
 147         refdate = DasTimeFormat.fromDASString(ref.trim());
 148
 149       } catch (ParseException x)
 150       {
 151       }
 152     }
 153     if (newer != null && newer.trim().length() > 0)
 154     {
 155       try
 156       {
 157         newdate = DasTimeFormat.fromDASString(newer);
 158       } catch (ParseException e)
 159       {
 160       }
 161     }
 162     if (refdate != null)
 163     {
 164       if (newdate != null)
 165       {
 166         return refdate.before(newdate);
 167       }
 168       return false;
 169     }
 170     if (newdate != null)
 171     {
 172       return true;
 173     }
 174     // assume first instance of source is newest in list. - TODO: check if
 175     // natural ordering of source versions is newest first or oldest first
 176     return false;
 177   }
 178
 179   public String[] getLabelsFor(VERSION v)
 180   {
 181     ArrayList<String> labels = new ArrayList<String>();
 182     for (PROP p : v.getPROP())
 183     {
 184       if (p.getName().equalsIgnoreCase("LABEL"))
 185       {
 186         labels.add(p.getValue());
 187       }
 188     }
 189     return labels.toArray(new String[0]);
 190   }
 191
 192   private CAPABILITY getCapability(Capabilities capability)
 193   {
 194     for (CAPABILITY p : getVersion().getCAPABILITY())
 195     {
 196       if (p.getType().equalsIgnoreCase(capability.getName())
 197               || p.getType().equalsIgnoreCase(
 198                       "das1:" + capability.getName()))
 199       {
 200         return p;
 201       }
 202     }
 203     return null;
 204   }
 205
 206   public String[] getCapabilityList(VERSION v)
 207   {
 208
 209     ArrayList<String> labels = new ArrayList<String>();
 210     for (CAPABILITY p : v.getCAPABILITY())
 211     {
 212       // TODO: work out what to do with namespace prefix
 213       // does SEQUENCE == das1:SEQUENCE and das2:SEQUENCE ?
 214       // for moment, just show all capabilities...
 215       if (p.getType().startsWith("das1:"))
 216       {
 217         labels.add(p.getType());
 218       }
 219     }
 220     return labels.toArray(new String[0]);
 221   }
 222
 223   @Override
 224   public List<DbSourceProxy> getSequenceSourceProxies()
 225   {
 226     if (!isSequenceSource())
 227     {
 228       return null;
 229     }
 230     ArrayList<DbSourceProxy> seqsources = new ArrayList<DbSourceProxy>();
 231     if (!local)
 232     {
 233       VERSION v = getVersion();
 234       Map<String, COORDINATES> latestc = new Hashtable<String, COORDINATES>();
 235       for (COORDINATES cs : v.getCOORDINATES())
 236       {
 237         COORDINATES ltst = latestc.get(cs.getUri());
 238         if (ltst == null
 239                 || ltst.getVersion() == null
 240                 || (ltst.getVersion() != null && cs.getVersion() != null && isLaterThan(
 241                         ltst.getVersion(), cs.getVersion())))
 242         {
 243           latestc.put(cs.getUri(), cs);
 244         }
 245       }
 246       for (COORDINATES cs : latestc.values())
 247       {
 248         DasSequenceSource ds;
 249         /*
 250          * if (css == null || css.length == 0) { // TODO: query das source
 251          * directly to identify coordinate system... or // have to make up a
 252          * coordinate system css = new DasCoordinateSystem[] { new
 253          * DasCoordinateSystem() }; css[0].setName(d1s.getNickname());
 254          * css[0].setUniqueId(d1s.getNickname()); } for (int c = 0; c <
 255          * css.length; c++) {
 256          */
 257         try
 258         {
 259           seqsources.add(ds = new DasSequenceSource(getTitle() + " ("
 260                   + cs.getAuthority() + " " + cs.getSource()
 261                   + (cs.getVersion() != null ? " " + cs.getVersion() : "")
 262                   + ")", cs.getAuthority(), source, v, cs, connprov));
 263           if (seqsources.size() > 1)
 264           {
 265             System.err.println("Added another sequence DB source for "
 266                     + getTitle() + " (" + ds.getDbName() + ")");
 267           }
 268         } catch (Exception e)
 269         {
 270           System.err.println("Ignoring sequence coord system " + cs + " ("
 271                   + cs.getContent() + ") for source " + getTitle()
 272                   + "- threw exception when constructing fetcher.\n");
 273           e.printStackTrace();
 274         }
 275       }
 276     }
 277     else
 278     {
 279       try
 280       {
 281         seqsources.add(new DasSequenceSource(getTitle(), getTitle(),
 282                 source, getVersion(), null, connprov));
 283       } catch (Exception e)
 284       {
 285         // TODO Auto-generated catch block
 286         e.printStackTrace();
 287       }
 288
 289     }
 290     if (seqsources.size() > 1)
 291     {
 292       // sort by name
 293       DbSourceProxy[] tsort = seqsources.toArray(new DasSequenceSource[0]);
 294       String[] nm = new String[tsort.length];
 295       for (int i = 0; i < nm.length; i++)
 296       {
 297         nm[i] = tsort[i].getDbName().toLowerCase();
 298       }
 299       jalview.util.QuickSort.sort(nm, tsort);
 300       seqsources.clear();
 301       for (DbSourceProxy ssrc : tsort)
 302       {
 303         seqsources.add(ssrc);
 304       }
 305     }
 306     return seqsources;
 307   }
 308
 309   @Override
 310   public String getSourceURL()
 311   {
 312     try
 313     {
 314       // kind of dumb, since org.biodas.jdas.dassources.utils.VersionAdapter.getSourceUriFromQueryUri() does this,
 315       // but this way, we can access non DAS 1.6 compliant sources (which have to have a URL like <sourcename>/das/ and cause a validation exception)
 316
 317       for (CAPABILITY cap : getVersion().getCAPABILITY())
 318       {
 319         String capname = cap.getType().substring(
 320                 cap.getType().indexOf(":") + 1);
 321         int p=cap.getQueryUri().lastIndexOf(capname);
 322         if (p<-1) {
 323           throw new Exception("Invalid das source: "+source.getUri());
 324         }
 325         if (cap.getQueryUri().charAt(p)=='/')
 326         {
 327           p--;
 328         }
 329         return cap.getQueryUri().substring(0,p);
 330       }
 331     } catch (Exception x)
 332     {
 333       System.err.println("Serious: Couldn't get the URL for source "
 334               + source.getTitle());
 335       x.printStackTrace();
 336     }
 337     return null;
 338   }
 339
 340   @Override
 341   public boolean isNewerThan(jalviewSourceI other)
 342   {
 343     return isLaterThan(getVersion().getCreated(), other.getVersion()
 344             .getCreated());
 345   }
 346 }