src/jalview/ws/dbsources/das/datamodel/JalviewSource.java

   1 package jalview.ws.dbsources.das.datamodel;
   2
   3 import java.text.ParseException;
   4 import java.util.ArrayList;
   5 import java.util.Date;
   6 import java.util.Hashtable;
   7 import java.util.List;
   8 import java.util.Map;
   9
  10 import org.biodas.jdas.client.threads.MultipleConnectionPropertyProviderI;
  11 import org.biodas.jdas.dassources.Capabilities;
  12 import org.biodas.jdas.dassources.utils.DasTimeFormat;
  13 import org.biodas.jdas.dassources.utils.RegistrySourceAdapter;
  14 import org.biodas.jdas.schema.sources.CAPABILITY;
  15 import org.biodas.jdas.schema.sources.COORDINATES;
  16 import org.biodas.jdas.schema.sources.MAINTAINER;
  17 import org.biodas.jdas.schema.sources.PROP;
  18 import org.biodas.jdas.schema.sources.SOURCE;
  19 import org.biodas.jdas.schema.sources.VERSION;
  20
  21 import jalview.ws.dbsources.das.api.jalviewSourceI;
  22 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  23
  24 public class JalviewSource implements jalviewSourceI
  25 {
  26   SOURCE source;
  27
  28   MultipleConnectionPropertyProviderI connprov;
  29
  30   public JalviewSource(SOURCE local2,
  31           MultipleConnectionPropertyProviderI connprov, boolean local)
  32   {
  33     this.connprov = connprov;
  34     this.local = local;
  35     source = local2;
  36   }
  37
  38   @Override
  39   public String getTitle()
  40   {
  41     return source.getTitle();
  42   }
  43
  44   @Override
  45   public VERSION getVersion()
  46   {
  47
  48     return getVersionFor(source);
  49   }
  50
  51   @Override
  52   public String getDocHref()
  53   {
  54     return source.getDocHref();
  55   }
  56
  57   @Override
  58   public String getDescription()
  59   {
  60     return source.getDescription();
  61   }
  62
  63   @Override
  64   public String getUri()
  65   {
  66     return source.getUri();
  67   }
  68
  69   @Override
  70   public MAINTAINER getMAINTAINER()
  71   {
  72     return source.getMAINTAINER();
  73   }
  74
  75   @Override
  76   public String getEmail()
  77   {
  78     return (local) ? null : source.getMAINTAINER().getEmail();
  79   }
  80
  81   boolean local = false;
  82
  83   @Override
  84   public boolean isLocal()
  85   {
  86     return local;
  87   }
  88
  89   @Override
  90   public boolean isSequenceSource()
  91   {
  92     String seqcap = "das1:" + Capabilities.SEQUENCE.getName();
  93     for (String cp : getCapabilityList(getVersionFor(source)))
  94     {
  95       if (cp.equals(seqcap))
  96       {
  97         return true;
  98
  99       }
 100     }
 101     return false;
 102   }
 103
 104   @Override
 105   public boolean isFeatureSource()
 106   {
 107     String seqcap = "das1:" + Capabilities.FEATURES.getName();
 108     for (String cp : getCapabilityList(getVersionFor(source)))
 109     {
 110       if (cp.equals(seqcap))
 111       {
 112         return true;
 113
 114       }
 115     }
 116     return false;
 117   }
 118
 119   private VERSION getVersionFor(SOURCE ds)
 120   {
 121     VERSION latest = null;
 122     for (VERSION v : ds.getVERSION())
 123     {
 124       if (latest == null
 125               || isLaterThan(latest.getCreated(), v.getCreated()))
 126       {
 127         // TODO: das 1.6 - should just get the first version - ignore other
 128         // versions since not specified how to construct URL from version's URI
 129         // + source URI
 130         latest = v;
 131       }
 132     }
 133     return latest;
 134   }
 135
 136   /**
 137    * compare date strings. null or unparseable dates are assumed to be oldest
 138    *
 139    * @param ref
 140    * @param newer
 141    * @return true iff ref comes before newer
 142    */
 143   private boolean isLaterThan(String ref, String newer)
 144   {
 145     Date refdate = null, newdate = null;
 146     if (ref != null && ref.trim().length() > 0)
 147     {
 148       try
 149       {
 150         refdate = DasTimeFormat.fromDASString(ref.trim());
 151
 152       } catch (ParseException x)
 153       {
 154       }
 155     }
 156     if (newer != null && newer.trim().length() > 0)
 157     {
 158       try
 159       {
 160         newdate = DasTimeFormat.fromDASString(newer);
 161       } catch (ParseException e)
 162       {
 163       }
 164     }
 165     if (refdate != null)
 166     {
 167       if (newdate != null)
 168       {
 169         return refdate.before(newdate);
 170       }
 171       return false;
 172     }
 173     if (newdate != null)
 174     {
 175       return true;
 176     }
 177     // assume first instance of source is newest in list. - TODO: check if
 178     // natural ordering of source versions is newest first or oldest first
 179     return false;
 180   }
 181
 182   public String[] getLabelsFor(VERSION v)
 183   {
 184     ArrayList<String> labels = new ArrayList<String>();
 185     for (PROP p : v.getPROP())
 186     {
 187       if (p.getName().equalsIgnoreCase("LABEL"))
 188       {
 189         labels.add(p.getValue());
 190       }
 191     }
 192     return labels.toArray(new String[0]);
 193   }
 194
 195   private CAPABILITY getCapability(Capabilities capability)
 196   {
 197     for (CAPABILITY p : getVersion().getCAPABILITY())
 198     {
 199       if (p.getType().equalsIgnoreCase(capability.getName())
 200               || p.getType().equalsIgnoreCase(
 201                       "das1:" + capability.getName()))
 202       {
 203         return p;
 204       }
 205     }
 206     return null;
 207   }
 208
 209   public String[] getCapabilityList(VERSION v)
 210   {
 211
 212     ArrayList<String> labels = new ArrayList<String>();
 213     for (CAPABILITY p : v.getCAPABILITY())
 214     {
 215       // TODO: work out what to do with namespace prefix
 216       // does SEQUENCE == das1:SEQUENCE and das2:SEQUENCE ?
 217       // for moment, just show all capabilities...
 218       if (p.getType().startsWith("das1:"))
 219       {
 220         labels.add(p.getType());
 221       }
 222     }
 223     return labels.toArray(new String[0]);
 224   }
 225
 226   @Override
 227   public List<DbSourceProxy> getSequenceSourceProxies()
 228   {
 229     if (!isSequenceSource())
 230     {
 231       return null;
 232     }
 233     ArrayList<DbSourceProxy> seqsources = new ArrayList<DbSourceProxy>();
 234     if (!local)
 235     {
 236       VERSION v = getVersion();
 237       Map<String, COORDINATES> latestc = new Hashtable<String, COORDINATES>();
 238       for (COORDINATES cs : v.getCOORDINATES())
 239       {
 240         COORDINATES ltst = latestc.get(cs.getUri());
 241         if (ltst == null
 242                 || ltst.getVersion() == null
 243                 || (ltst.getVersion() != null && cs.getVersion() != null && isLaterThan(
 244                         ltst.getVersion(), cs.getVersion())))
 245         {
 246           latestc.put(cs.getUri(), cs);
 247         }
 248       }
 249       for (COORDINATES cs : latestc.values())
 250       {
 251         DasSequenceSource ds;
 252         /*
 253          * if (css == null || css.length == 0) { // TODO: query das source
 254          * directly to identify coordinate system... or // have to make up a
 255          * coordinate system css = new DasCoordinateSystem[] { new
 256          * DasCoordinateSystem() }; css[0].setName(d1s.getNickname());
 257          * css[0].setUniqueId(d1s.getNickname()); } for (int c = 0; c <
 258          * css.length; c++) {
 259          */
 260         try
 261         {
 262           seqsources.add(ds = new DasSequenceSource(getTitle() + " ("
 263                   + cs.getAuthority() + " " + cs.getSource()
 264                   + (cs.getVersion() != null ? " " + cs.getVersion() : "")
 265                   + ")", cs.getAuthority(), source, v, cs, connprov));
 266           if (seqsources.size() > 1)
 267           {
 268             System.err.println("Added another sequence DB source for "
 269                     + getTitle() + " (" + ds.getDbName() + ")");
 270           }
 271         } catch (Exception e)
 272         {
 273           System.err.println("Ignoring sequence coord system " + cs + " ("
 274                   + cs.getContent() + ") for source " + getTitle()
 275                   + "- threw exception when constructing fetcher.\n");
 276           e.printStackTrace();
 277         }
 278       }
 279     }
 280     else
 281     {
 282       try
 283       {
 284         seqsources.add(new DasSequenceSource(getTitle(), getTitle(),
 285                 source, getVersion(), null, connprov));
 286       } catch (Exception e)
 287       {
 288         // TODO Auto-generated catch block
 289         e.printStackTrace();
 290       }
 291
 292     }
 293     if (seqsources.size() > 1)
 294     {
 295       // sort by name
 296       DbSourceProxy[] tsort = seqsources.toArray(new DasSequenceSource[0]);
 297       String[] nm = new String[tsort.length];
 298       for (int i = 0; i < nm.length; i++)
 299       {
 300         nm[i] = tsort[i].getDbName().toLowerCase();
 301       }
 302       jalview.util.QuickSort.sort(nm, tsort);
 303       seqsources.clear();
 304       for (DbSourceProxy ssrc : tsort)
 305       {
 306         seqsources.add(ssrc);
 307       }
 308     }
 309     return seqsources;
 310   }
 311
 312   @Override
 313   public String getSourceURL()
 314   {
 315     try
 316     {
 317       // kind of dumb, since
 318       // org.biodas.jdas.dassources.utils.VersionAdapter.getSourceUriFromQueryUri()
 319       // does this,
 320       // but this way, we can access non DAS 1.6 compliant sources (which have
 321       // to have a URL like <sourcename>/das/ and cause a validation exception)
 322
 323       for (CAPABILITY cap : getVersion().getCAPABILITY())
 324       {
 325         String capname = cap.getType().substring(
 326                 cap.getType().indexOf(":") + 1);
 327         int p = cap.getQueryUri().lastIndexOf(capname);
 328         if (p < -1)
 329         {
 330           throw new Exception("Invalid das source: " + source.getUri());
 331         }
 332         if (cap.getQueryUri().charAt(p) == '/')
 333         {
 334           p--;
 335         }
 336         return cap.getQueryUri().substring(0, p);
 337       }
 338     } catch (Exception x)
 339     {
 340       System.err.println("Serious: Couldn't get the URL for source "
 341               + source.getTitle());
 342       x.printStackTrace();
 343     }
 344     return null;
 345   }
 346
 347   @Override
 348   public boolean isNewerThan(jalviewSourceI other)
 349   {
 350     return isLaterThan(getVersion().getCreated(), other.getVersion()
 351             .getCreated());
 352   }
 353 }