src/jalview/ws/ebi/HmmerJSONProcessor.java

   1 package jalview.ws.ebi;
   2
   3 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
   4 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   5 import jalview.datamodel.SequenceI;
   6 import jalview.io.FileParse;
   7
   8 import java.io.IOException;
   9
  10 import org.json.simple.JSONArray;
  11 import org.json.simple.JSONObject;
  12 import org.json.simple.parser.JSONParser;
  13
  14 public class HmmerJSONProcessor
  15 {
  16   AlignmentI resultAl;
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  18   public HmmerJSONProcessor(AlignmentI searchResult)
  19   {
  20     resultAl = searchResult;
  21   }
  22
  23   public void parseFrom(FileParse jsonsource) throws IOException,
  24           OutOfMemoryError
  25   {
  26     JSONParser hmmerResultParser = new JSONParser();
  27     Object jsonResults = null;
  28     try
  29     {
  30       jsonResults = hmmerResultParser.parse(jsonsource.getReader());
  31     } catch (Exception p)
  32     {
  33       throw new IOException("While parsing from " + jsonsource.getInFile(),
  34               p);
  35     }
  36     if (jsonResults == null)
  37     {
  38       throw new IOException("No data at" + jsonsource.getInFile());
  39     }
  40     if (!(jsonResults instanceof JSONObject))
  41     {
  42       throw new IOException("Unexpected JSON model at "
  43               + jsonsource.getInFile());
  44     }
  45     try
  46     {
  47       JSONObject hmmsearchr = (JSONObject) ((JSONObject) jsonResults)
  48               .get("results");
  49       // now process the hits
  50       addStatistics((JSONObject) hmmsearchr.get("stats"));
  51       JSONArray jsonArray = (JSONArray) hmmsearchr.get("hits");
  52       long p = 1;
  53       for (Object hit : jsonArray)
  54       {
  55         JSONObject hmmhit = (JSONObject) hit;
  56         addHit(hmmhit, p++);
  57       }
  58     } catch (ClassCastException q)
  59     {
  60       throw new IOException("Unexpected JSON model content at "
  61               + jsonsource.getInFile(), q);
  62     }
  63   }
  64
  65   /**
  66    *
  67    * @param object
  68    *          - actually a JSONObject key value set of search statistics.
  69    */
  70   public void addStatistics(JSONObject stats)
  71   {
  72     for (Object stat : stats.keySet())
  73     {
  74       String key = (String) stat;
  75       Object val = stats.get(key);
  76       resultAl.setProperty(key, "" + val);
  77     }
  78   }
  79
  80   // encodings for JSON keys
  81   /**
  82    * score becomes sequence associated AlignmentAnnotation
  83    */
  84   private String[] score = { "aliId", "ali_IdCount", "bitscore", "ievalue",
  85       "aliSim", "aliSimCount", "aliL", "aliSim", "ievalue", "cevalue" };
  86
  87   /**
  88    * attrib becomes numeric or binary attribute for sequence with respect to
  89    * this hmmsearch run
  90    */
  91   private String[] attrib = { "bias", "oasc", "is_included", "is_reported" };
  92
  93   /**
  94    * name of the hmmsearch query
  95    */
  96   private String[] label = { "alihmmname" // (query label?)},
  97   };
  98
  99   /**
 100    * integer attributes for each
 101    */
 102   private String[] ipos = { "alihmmfrom", "alihmmto" }, pos_l = {
 103       "alimline", "alimodel", "alirfline" };
 104
 105   /**
 106    * positional quantitative annotation encoded as strings.
 107    */
 108   private String[] pos_nscore = { "alippline" };
 109
 110   //
 111   // mapping of keys to types of property on sequence
 112   //
 113   public void addHit(JSONObject hmmrhit, long p)
 114   {
 115     String sname = (String) hmmrhit.get("name");
 116     SequenceI[] hits = resultAl.findSequenceMatch(sname);
 117     if (hits == null)
 118     {
 119       System.err.println("No seq for " + sname);
 120     }
 121     double pvalue = (Double) hmmrhit.get("pvalue");
 122
 123     double evalue = Double.valueOf("" + hmmrhit.get("evalue"));
 124     for (Object domainhit : ((JSONArray) hmmrhit.get("domains")))
 125     {
 126       JSONObject dhit=(JSONObject) domainhit;
 127       // dhit.get(key)
 128
 129       // alihmmfrom,alihmmto alimodel
 130       // alisqfrom,alisqto,aliaseq
 131       // alippline
 132       //
 133       for (SequenceI hitseq : hits)
 134       {
 135         // match alisqfrom,alisqto,seq
 136         // overlay ppline as seqannotation
 137         // ievalue
 138         // cevalue
 139         //
 140
 141         AlignmentAnnotation pval = new AlignmentAnnotation("p-value",
 142                 "hmmer3 pvalue", pvalue);
 143         AlignmentAnnotation eval = new AlignmentAnnotation("e-value",
 144                 "hmmer3 evalue", evalue);
 145         hitseq.addAlignmentAnnotation(pval);
 146         hitseq.addAlignmentAnnotation(eval);
 147
 148
 149       }
 150     }
 151   }
 152 }