src/jalview/ws/ebi/HmmerJSONProcessor.java

   1 package jalview.ws.ebi;
   2
   3 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
   4 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   5 import jalview.datamodel.SequenceI;
   6 import jalview.io.FileParse;
   7
   8 import java.io.IOException;
   9
  10 import org.json.simple.JSONArray;
  11 import org.json.simple.JSONObject;
  12 import org.json.simple.parser.JSONParser;
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  14 public class HmmerJSONProcessor
  15 {
  16   AlignmentI resultAl;
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  18   public HmmerJSONProcessor(AlignmentI searchResult)
  19   {
  20     resultAl = searchResult;
  21   }
  22
  23   public void parseFrom(FileParse jsonsource) throws IOException,
  24           OutOfMemoryError
  25   {
  26     JSONParser hmmerResultParser = new JSONParser();
  27     Object jsonResults = null;
  28     try
  29     {
  30       jsonResults = hmmerResultParser.parse(jsonsource.getReader());
  31     } catch (Exception p)
  32     {
  33       throw new IOException("While parsing from " + jsonsource.getInFile(),
  34               p);
  35     }
  36     if (jsonResults == null)
  37     {
  38       throw new IOException("No data at" + jsonsource.getInFile());
  39     }
  40     if (!(jsonResults instanceof JSONObject))
  41     {
  42       throw new IOException("Unexpected JSON model at "
  43               + jsonsource.getInFile());
  44     }
  45     try
  46     {
  47       JSONObject hmmsearchr = (JSONObject) ((JSONObject) jsonResults)
  48               .get("results");
  49       // now process the hits
  50       addStatistics((JSONObject) hmmsearchr.get("stats"));
  51       JSONArray jsonArray = (JSONArray) hmmsearchr.get("hits");
  52       long p = 1;
  53       for (Object hit : jsonArray)
  54       {
  55         JSONObject hmmhit = (JSONObject) hit;
  56         addHit(hmmhit, p++);
  57       }
  58     } catch (ClassCastException q)
  59     {
  60       throw new IOException("Unexpected JSON model content at "
  61               + jsonsource.getInFile(), q);
  62     }
  63   }
  64
  65   /**
  66    *
  67    * @param object
  68    *          - actually a JSONObject key value set of search statistics.
  69    */
  70   public void addStatistics(JSONObject stats)
  71   {
  72     for (Object stat : stats.keySet())
  73     {
  74       String key = (String) stat;
  75       Object val = stats.get(key);
  76       resultAl.setProperty(key, "" + val);
  77     }
  78   }
  79
  80   //
  81   // mapping of keys to types of property on sequence
  82   //
  83   public void addHit(JSONObject hmmrhit, long p)
  84   {
  85     String sname = (String) hmmrhit.get("name");
  86     SequenceI[] hits = resultAl.findSequenceMatch(sname);
  87     if (hits == null)
  88     {
  89       System.err.println("No seq for " + sname);
  90     }
  91     double pvalue = (Double) hmmrhit.get("pvalue");
  92
  93     double evalue = Double.valueOf("" + hmmrhit.get("evalue"));
  94     for (Object domainhit : ((JSONArray) hmmrhit.get("domains")))
  95     {
  96       JSONObject dhit=(JSONObject) domainhit;
  97       // dhit.get(key)
  98
  99       // alihmmfrom,alihmmto alimodel
 100       // alisqfrom,alisqto,aliaseq
 101       // alippline
 102       //
 103       for (SequenceI hitseq : hits)
 104       {
 105         // match alisqfrom,alisqto,seq
 106         // overlay ppline as seqannotation
 107         // ievalue
 108         // cevalue
 109         //
 110
 111         AlignmentAnnotation pval = new AlignmentAnnotation("p-value",
 112                 "hmmer3 pvalue", pvalue);
 113         AlignmentAnnotation eval = new AlignmentAnnotation("e-value",
 114                 "hmmer3 evalue", evalue);
 115         hitseq.addAlignmentAnnotation(pval);
 116         hitseq.addAlignmentAnnotation(eval);
 117
 118
 119       }
 120     }
 121   }
 122 }