src/jalview/ws/ebi/hmmerClient.java

   1 package jalview.ws.ebi;
   2
   3 import java.io.File;
   4 import java.util.regex.Matcher;
   5
   6 import org.apache.axis.transport.http.HTTPConstants;
   7 import org.apache.http.Header;
   8 import org.apache.http.HttpResponse;
   9 import org.apache.http.client.methods.HttpGet;
  10 import org.apache.http.client.methods.HttpPost;
  11 import org.apache.http.entity.StringEntity;
  12 import org.apache.http.impl.client.DefaultHttpClient;
  13 import org.apache.http.util.EntityUtils;
  14 import org.json.JSONArray;
  15 import org.json.JSONObject;
  16
  17 import compbio.util.FileUtil;
  18
  19 public class hmmerClient
  20 {
  21   /**
  22    * URLs for ebi api
  23    */
  24   static String baseUrl = "http://www.ebi.ac.uk/Tools/hmmer",
  25           jackH = "/search/jackhmmer", phmmer = "/search/phmmer",
  26           hmmscan = "/search/hmmscan", hmmsearch = "/search/hmmsearch";
  27
  28   static String edseq = ">2abl_A mol:protein length:163  ABL TYROSINE KINASE\nMGPSENDPNLFVALYDFVASGDNTLSITKGEKLRVLGYNHNGEWCEAQTKNGQGWVPSNYITPVNSLEKHS\nWYHGPVSRNAAEYLLSSGINGSFLVRESESSPGQRSISLRYEGRVYHYRINTASDGKLYVSSESRFNTLAE\nLVHHHSTVADGLITTLHYPAP";
  29
  30   public static void main(String[] args)
  31   {
  32     String instr = edseq;
  33     if (args.length > 0)
  34     {
  35       try
  36       {
  37         instr = FileUtil.readFileToString(new File(args[0]));
  38       } catch (Exception f)
  39       {
  40         f.printStackTrace();
  41         return;
  42       }
  43     }
  44     String res = new hmmerClient().submitJackhmmerSearch(instr,
  45             "jackhmmer", "pdb", 5);
  46     if (res == null)
  47     {
  48       throw new Error("Failed.");
  49     }
  50     System.out.println("Result\n" + res);
  51     return;
  52   }
  53   /**
  54    *
  55    * @param input
  56    *          - fasta or other formatted sequence or alignment
  57    * @param algo
  58    *          - jackhmmer
  59    * @param db
  60    *          - pdb, uniprot, etc.
  61    * @param niter
  62    *          number of iterations
  63    * @return job id
  64    */
  65   String submitJackhmmerSearch(String input, String algo, String db,
  66           int niter)
  67   {
  68     JSONObject inparam = new JSONObject();
  69     HttpPost jackhp = new HttpPost(baseUrl + jackH);
  70     String lastiter = null;
  71     try
  72     {
  73       inparam.put("algo", algo);
  74       inparam.put("seq", input);
  75       inparam.put("seqdb", db);
  76       inparam.put("iterations", niter);
  77       // #Now POST the request and generate the search job.
  78       // dumb json post service
  79       jackhp.setHeader("content-type", "application/json");
  80       jackhp.setEntity(new StringEntity(inparam.toString()));
  81     } catch (Exception f)
  82     {
  83       f.printStackTrace();
  84       return null;
  85     }
  86     HttpResponse r = null;
  87     try
  88     {
  89       DefaultHttpClient httpCl = new DefaultHttpClient();
  90
  91       r = httpCl.execute(jackhp);
  92
  93     } catch (Exception x)
  94     {
  95       System.err.println("Submit failed.");
  96       x.printStackTrace();
  97     }
  98     if (r.getStatusLine().getStatusCode() != 201)
  99     {
 100       throw new Error(r.toString());
 101     }
 102     // get uid for job
 103     String jobid = null, redir = null;
 104     try
 105     {
 106       JSONObject res = new JSONObject(EntityUtils.toString(r.getEntity()));
 107       jobid = res.getString("job_id");
 108
 109       Header[] loc;
 110       if ((loc = r.getHeaders(HTTPConstants.HEADER_LOCATION)) != null
 111               && loc.length > 0)
 112       {
 113         if (loc.length > 1)
 114         {
 115           System.err
 116                   .println("Ignoring additional "
 117                           + (loc.length - 1)
 118                           + " location(s) provided in response header ( next one is '"
 119                           + loc[1].getValue() + "' )");
 120         }
 121         redir = loc[0].getValue();
 122       }
 123     } catch (Exception x)
 124     {
 125       System.err.println("job id extraction failed.");
 126       x.printStackTrace();
 127     }
 128     int tries = 0;
 129     boolean finished = false;
 130     JSONObject jobstate = null;
 131     do
 132     {
 133       try
 134       {
 135         DefaultHttpClient httpCl = new DefaultHttpClient();
 136
 137         HttpGet jackcheck = new HttpGet(redir);
 138         jackcheck.setHeader("content-type", "application/json");
 139         r = httpCl.execute(jackcheck);
 140         switch (r.getStatusLine().getStatusCode())
 141         {
 142         case 200:
 143           jobstate = new JSONObject(EntityUtils.toString(r.getEntity()));
 144           String st = jobstate.getString("status");
 145           if ("DONE".equals(st))
 146           {
 147             finished = true;
 148           }
 149           if ("ERROR".equals(st))
 150           {
 151             System.err.println("Error");
 152             finished = true;
 153           }
 154           if ("PEND".equals(st) || "RUN".equals("st"))
 155           {
 156             JSONArray iters = jobstate.getJSONArray("result");
 157             lastiter = iters.getJSONObject(iters.length() - 1)
 158                     .getString("uuid");
 159             if (lastiter.length() > 0)
 160             {
 161               java.util.regex.Pattern p = java.util.regex.Pattern
 162                       .compile(".+(\\d+)");
 163               Matcher m = p.matcher(lastiter);
 164               if (m.matches())
 165               {
 166                 System.out.println("On iteration " + m.group(1));
 167               }
 168             }
 169           }
 170           break;
 171
 172         default:
 173           tries++;
 174           Thread.sleep(2000);
 175         }
 176       } catch (Exception q)
 177       {
 178         q.printStackTrace();
 179         return null;
 180       }
 181     } while (!finished && tries < 50);
 182
 183     if (!finished)
 184     {
 185       System.err.println("Giving up with job " + jobid + " at " + redir);
 186       return null;
 187     }
 188     // get results
 189     // http://www.ebi.ac.uk/Tools/hmmer/download/60048B38-7CEC-11E5-A230-CED6D26C98AD.5/score?format=csv
 190     // 1gri_A 1gri_A 217 jackhmmer - 163 4.7e-62 212.4 0.1 1 2 4.4e-46 2.1e-43
 191     // 151.758316040039 0.04 11 151 3 139 1 150 0.94 GROWTH FACTOR BOUND PROTEIN
 192     // 2 1cj1_J 1gri_B
 193     // 1gri_A 1gri_A 217 jackhmmer - 163 4.7e-62 212.4 0.1 2 2 1.6e-17 7.9e-15
 194     // 58.8796501159668 0.01 7 66 157 215 153 216 0.95 GROWTH FACTOR BOUND
 195     // PROTEIN 2 1cj1_J 1gri_B
 196     // 4h1o_A 4h1o_A 560 jackhmmer - 163 2.1e-57 197.3 0.0 1 2 7.5e-28 3.6e-25
 197     // 92.4921493530273 0.00 65 161 20 122 17 124 0.95 Tyrosine-protein
 198     // phosphatase non-receptor typ 4h1o_A
 199     //
 200     // 4h1o_A 4h1o_A 560 jackhmmer - 163 2.1e-57 197.3 0.0 2 2 7.6e-31 3.7e-28
 201     // 102.219146728516 0.03 66 161 127 236 124 238 0.94 Tyrosine-protein
 202     // phosphatase non-receptor typ 4h1o_A
 203     //
 204     // $ua->get( $rootUrl."/results/".$lastIteration->{uuid} . "/score"
 205     return lastiter;
 206     /*
 207      *  * #Job should have finished, but we may have converged, so get the last
 208      * job. my $results = $json->decode( $response->content ); my $lastIteration
 209      * = pop( @{ $results->{result} } ); #Now fetch the results of the last
 210      * iteration my $searchResult = $ua->get( $rootUrl."/results/" .
 211      * $lastIteration->{uuid} . "/score", 'Accept' => 'application/json' );
 212      * unless( $searchResult->status_line eq "200 OK"){ die
 213      * "Failed to get search results\n"; }
 214      *
 215      * #Decode the content of the full set of results $results = $json->decode(
 216      * $searchResult->content ); print
 217      * "Matched ".$results->{'results'}->{'stats'}->{'nincluded'}." sequences
 218      * ($lastIteration->{uuid})!\n"; #Now do something more interesting with the
 219      * results......
 220      */
 221   }
 222 }