src/jalview/ws/jws1/Annotate3D.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
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  10  *
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  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
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  17  */
  18 package jalview.ws.jws1;
  19
  20 import jalview.datamodel.Alignment;
  21 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  22 import jalview.io.FileParse;
  23 import jalview.io.FormatAdapter;
  24 import jalview.io.InputStreamParser;
  25
  26 import java.io.BufferedReader;
  27 import java.io.FileReader;
  28 import java.io.IOException;
  29 import java.io.InputStreamReader;
  30 import java.io.Reader;
  31 import java.net.MalformedURLException;
  32 import java.net.URL;
  33 import java.net.URLEncoder;
  34
  35 public class Annotate3D
  36 {
  37   // protected BufferedReader in;
  38   // protected BufferedWriter out;
  39
  40   public Annotate3D()
  41   {
  42     System.out.println("Annotate3D");
  43     // try {
  44     // Create a URL for the desired page
  45     // String id = "1HR2";
  46     // URL url = new
  47     // URL("http://paradise-ibmc.u-strasbg.fr/webservices/annotate3d?pdbid="+id);
  48     // in = new BufferedReader(new InputStreamReader(url.openStream()));
  49     // String str;
  50     // OutputStream out1 = null;
  51     // out = new BufferedWriter(new OutputStreamWriter(out1, "temp.rnaml"));
  52     // while ((str = in.readLine()) != null) {
  53     // System.out.println(str);
  54     // out.write(str);
  55     // }
  56     // in.close();
  57     // out.close();
  58     // } catch (MalformedURLException e) {
  59     // } catch (IOException e) {
  60     // }
  61   }
  62
  63   public AlignmentI getRNAMLFor(final FileParse source) throws IOException
  64   {
  65     try
  66     {
  67       StringBuffer sb = new StringBuffer();
  68
  69       Reader fpr = source.getReader();
  70       int p = 0;
  71       char[] cbuff = new char[2048];
  72       while ((p = fpr.read(cbuff)) > 0)
  73       {
  74         for (int i = 0; i < p; i++)
  75         {
  76           sb.append(cbuff[i]);
  77         }
  78       }
  79
  80       FileParse fp = new InputStreamParser(
  81               jalview.ext.paradise.Annotate3D.getRNAMLForPDBFileAsString(sb
  82                       .toString()), source.getDataName());
  83       AlignmentI nal = new FormatAdapter().readFromFile(fp, "RNAML");
  84       return nal;
  85     } catch (Throwable x)
  86     {
  87       if (x instanceof IOException)
  88       {
  89         throw ((IOException) x);
  90       }
  91       else
  92       {
  93         throw new IOException(
  94                 "Unexpected exception when handling RNAML translation of PDB data",
  95                 x);
  96       }
  97     }
  98   }
  99
 100   public Annotate3D(String path) throws InterruptedException
 101   {
 102     System.out.println("Annotate3D");
 103     try
 104     {
 105       // //URL url = new
 106       // URL("http://paradise-ibmc.u-strasbg.fr/webservices/annotate3d?data="+inFile);
 107       // System.out.println("Step1");
 108       // FileReader r = new FileReader(inFile);
 109       // BufferedReader in = new BufferedReader(r);
 110       // StringBuffer content = new StringBuffer();
 111       // System.out.println("Step2");
 112       // while(in.readLine()!=null){
 113       // content.append(in.readLine());
 114       // //System.out.println("Step3"+in.readLine());
 115       // }
 116       //
 117       // String data = URLEncoder.encode("data", "UTF-8") + "=" +
 118       // URLEncoder.encode(content.toString(), "UTF-8");
 119       // for (int i=0;i<data.length();i++)
 120       // {
 121       // System.out.print(data.charAt(i));
 122       // }
 123
 124       // String data = "width=50&height=100";
 125
 126       // // Send the request
 127       // FileReader r = new FileReader(path);
 128       // BufferedReader in = new BufferedReader(r);
 129       // StringBuffer content = new StringBuffer();
 130       // System.out.println("Step1");
 131       // while(in.readLine()!=null){
 132       // content.append(in.readLine());
 133       //
 134       // }
 135       // System.out.println("Step2");
 136       // String data = URLEncoder.encode("data", "UTF-8") + "=" +
 137       // URLEncoder.encode(content.toString(), "UTF-8");
 138       // System.out.println("Step2");
 139       // URL url = new
 140       // URL("http://paradise-ibmc.u-strasbg.fr/webservices/annotate3d?data="+data);
 141       // DataInputStream is = new DataInputStream(url.openStream());
 142       // String str;
 143       // while ((str = is.readLine()) != null) {
 144       // System.out.println(str);
 145       // //out.write(str);
 146       // }
 147       FileReader r = new FileReader(path);
 148       BufferedReader in = new BufferedReader(r);
 149       String content = "";
 150       String str;
 151
 152       while ((str = in.readLine()) != null)
 153       {
 154         // System.out.println(str);
 155
 156         content = content + str;
 157       }
 158       System.out.println("pdbfile=" + content.toString());
 159       System.out.println("capacité=" + content.length());
 160       String paramfile = URLEncoder.encode(content.toString(), "UTF-8");
 161       System.out.println("param=" + paramfile);
 162       URL url = new URL(
 163               "http://paradise-ibmc.u-strasbg.fr/webservices/annotate3d?data="
 164                       + content);
 165       BufferedReader is = new BufferedReader(new InputStreamReader(
 166               url.openStream()));
 167       String str4;
 168       while ((str4 = is.readLine()) != null)
 169       {
 170         System.out.println(str4);
 171         // out.write(str);
 172       }
 173       in.close();
 174       is.close();
 175
 176       // HttpURLConnection connection = (HttpURLConnection)url.openConnection();
 177       // connection.setRequestMethod("POST" );
 178       // connection.setRequestProperty("data", path );
 179       // //connection.setRequestProperty("nomDuChamp2", "valeurDuChamp2" );
 180       // BufferedReader input = new BufferedReader(new
 181       // InputStreamReader(connection.getInputStream()));
 182       // //DataInputStream input = new
 183       // DataInputStream(connection.getInputStream());
 184       // String c;
 185       // while((c=input.readLine())!=null){
 186       // System.out.print(c);
 187       // }
 188       // input.close();
 189       // BufferedReader in1 = new BufferedReader(is);
 190
 191       // OutputStream out1 = null;
 192       // System.out.println("Step3");
 193       // BufferedWriter out = new BufferedWriter(new OutputStreamWriter(out1,
 194       // "temp.rnaml"));
 195       //
 196       // in.close();
 197       // out.close();
 198
 199       // return;
 200
 201       // System.out.println(data.length());
 202       // System.out.println("step2");
 203       // URL url = new
 204       // URL("http://paradise-ibmc.u-strasbg.fr/webservices/annotate3d?data="+data);
 205       // System.out.println("step3");
 206       // URLConnection conn = url.openConnection();
 207       // conn.setDoOutput(true);
 208       // OutputStreamWriter writer = new
 209       // OutputStreamWriter(conn.getOutputStream());
 210
 211       // write parameters
 212       // writer.write(data);
 213       // writer.flush();
 214
 215       // Get the response
 216       // StringBuffer answer = new StringBuffer();
 217       // //BufferedReader reader = new BufferedReader(new
 218       // InputStreamReader(conn.getInputStream()));
 219       // //String line;
 220       // while ((line = reader.readLine()) != null) {
 221       // answer.append(line);
 222       // System.out.println(line);
 223       // }
 224       // writer.close();
 225       // reader.close();
 226
 227       // Output the response
 228
 229     } catch (MalformedURLException ex)
 230     {
 231       ex.printStackTrace();
 232     } catch (IOException ex)
 233     {
 234       ex.printStackTrace();
 235     }
 236   }
 237
 238   // in = new BufferedReader(new InputStreamReader(url.openStream()));
 239
 240   // String str;
 241
 242   // out = new FileOutputStream("temp.rnaml");
 243   // out = new BufferedWriter(new FileWriter("temp.rnaml"));
 244
 245   // while ((str = in.readLine()) != null) {
 246   // System.out.println(str);
 247   // out.write(str);
 248   // System.out.println(str);
 249   // in.close();
 250
 251   // out.close();
 252   // } catch (MalformedURLException e) {
 253   // } catch (IOException e) {
 254   // }
 255   //
 256   // }
 257
 258   // public BufferedWriter getReader()
 259   // {
 260   // System.out.println("The buffer");
 261
 262   // return out;
 263
 264   // }
 265
 266 }