src/jalview/ws/jws1/Discoverer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jws1;
  22
  23 import jalview.util.MessageManager;
  24
  25 import java.util.Hashtable;
  26 import java.util.StringTokenizer;
  27 import java.util.Vector;
  28
  29 import javax.swing.JOptionPane;
  30
  31 import ext.vamsas.IRegistry;
  32 import ext.vamsas.IRegistryServiceLocator;
  33 import ext.vamsas.RegistryServiceSoapBindingStub;
  34 import ext.vamsas.ServiceHandle;
  35 import ext.vamsas.ServiceHandles;
  36
  37 public class Discoverer implements Runnable
  38 {
  39   ext.vamsas.IRegistry registry; // the root registry service.
  40
  41   private java.beans.PropertyChangeSupport changeSupport = new java.beans.PropertyChangeSupport(
  42           this);
  43
  44   /**
  45    * change listeners are notified of "services" property changes
  46    *
  47    * @param listener
  48    *          to be added that consumes new services Hashtable object.
  49    */
  50   public void addPropertyChangeListener(
  51           java.beans.PropertyChangeListener listener)
  52   {
  53     changeSupport.addPropertyChangeListener(listener);
  54   }
  55
  56   /**
  57    *
  58    *
  59    * @param listener
  60    *          to be removed
  61    */
  62   public void removePropertyChangeListener(
  63           java.beans.PropertyChangeListener listener)
  64   {
  65     changeSupport.removePropertyChangeListener(listener);
  66   }
  67
  68   /**
  69    * Property change listener firing routine
  70    *
  71    * @param prop
  72    *          services
  73    * @param oldvalue
  74    *          old services hash
  75    * @param newvalue
  76    *          new services hash
  77    */
  78   public void firePropertyChange(String prop, Object oldvalue,
  79           Object newvalue)
  80   {
  81     changeSupport.firePropertyChange(prop, oldvalue, newvalue);
  82   }
  83
  84   /**
  85    * Initializes the server field with a valid service implementation.
  86    *
  87    * @return true if service was located.
  88    */
  89   private IRegistry locateWebService(java.net.URL WsURL)
  90   {
  91     IRegistryServiceLocator loc = new IRegistryServiceLocator(); // Default
  92     IRegistry server = null;
  93     try
  94     {
  95       server = loc.getRegistryService(WsURL);
  96       ((RegistryServiceSoapBindingStub) server).setTimeout(60000); // One
  97       // minute
  98       // timeout
  99     } catch (Exception ex)
 100     {
 101       jalview.bin.Cache.log
 102               .error("Serious!  Service location failed\nfor URL :" + WsURL
 103                       + "\n", ex);
 104
 105       return null;
 106     }
 107
 108     loc.getEngine().setOption("axis", "1");
 109
 110     return server;
 111   }
 112
 113   static private java.net.URL RootServiceURL = null;
 114
 115   static public Vector ServiceURLList = null;
 116
 117   static private boolean reallyDiscoverServices = true;
 118
 119   public static java.util.Hashtable services = null; // vectors of services
 120
 121   // stored by
 122   // abstractServiceType
 123   // string
 124
 125   public static java.util.Vector serviceList = null; // flat list of services
 126
 127   static private Vector getDiscoveryURLS()
 128   {
 129     Vector urls = new Vector();
 130     String RootServiceURLs = jalview.bin.Cache
 131             .getDefault("DISCOVERY_URLS",
 132                     "http://www.compbio.dundee.ac.uk/JalviewWS/services/ServiceRegistry");
 133
 134     try
 135     {
 136       StringTokenizer st = new StringTokenizer(RootServiceURLs, ",");
 137       while (st.hasMoreElements())
 138       {
 139         String url = null;
 140         try
 141         {
 142           java.net.URL u = new java.net.URL(url = st.nextToken());
 143           if (!urls.contains(u))
 144           {
 145             urls.add(u);
 146           }
 147           else
 148           {
 149             jalview.bin.Cache.log
 150                     .info("Ignoring duplicate url in DISCOVERY_URLS list");
 151           }
 152         } catch (Exception ex)
 153         {
 154           jalview.bin.Cache.log
 155                   .warn("Problem whilst trying to make a URL from '"
 156                           + ((url != null) ? url : "<null>") + "'");
 157           jalview.bin.Cache.log
 158                   .warn("This was probably due to a malformed comma separated list"
 159                           + " in the DISCOVERY_URLS entry of $(HOME)/.jalview_properties)");
 160           jalview.bin.Cache.log.debug("Exception was ", ex);
 161         }
 162       }
 163     } catch (Exception ex)
 164     {
 165       jalview.bin.Cache.log
 166               .warn("Error parsing comma separated list of urls in DISCOVERY_URLS.",
 167                       ex);
 168     }
 169     if (urls.size() > 0)
 170     {
 171       return urls;
 172     }
 173     return null;
 174   }
 175
 176   /**
 177    * fetch new services or reset to hardwired defaults depending on preferences.
 178    */
 179   static public void doDiscovery()
 180   {
 181     jalview.bin.Cache.log
 182             .debug("(Re)-Initialising the discovery URL list.");
 183     try
 184     {
 185       reallyDiscoverServices = jalview.bin.Cache.getDefault(
 186               "DISCOVERY_START", false);
 187       if (reallyDiscoverServices)
 188       {
 189         ServiceURLList = getDiscoveryURLS();
 190       }
 191       else
 192       {
 193         jalview.bin.Cache.log.debug("Setting default services");
 194         services = new Hashtable();
 195         // Muscle, Clustal and JPred.
 196         ServiceHandle[] defServices = {
 197             new ServiceHandle(
 198                     "MsaWS",
 199                     "Edgar, Robert C. (2004), MUSCLE: multiple sequence alignment "
 200                             + "with high accuracy and high throughput, Nucleic Acids Research 32(5), 1792-97.",
 201                     "http://www.compbio.dundee.ac.uk/JalviewWS/services/MuscleWS",
 202                     MessageManager
 203                             .getString("label.muscle_multiple_protein_sequence_alignment")),
 204             new ServiceHandle(
 205                     "MsaWS",
 206                     "Katoh, K., K. Kuma, K., Toh, H.,  and Miyata, T. (2005) "
 207                             + "\"MAFFT version 5: improvement in accuracy of multiple sequence alignment.\""
 208                             + " Nucleic Acids Research, 33 511-518",
 209                     "http://www.compbio.dundee.ac.uk/JalviewWS/services/MafftWS",
 210                     MessageManager
 211                             .getString("label.mafft_multiple_sequence_alignment")),
 212             new ServiceHandle(
 213                     "MsaWS",
 214                     "Thompson, J.D., Higgins, D.G. and Gibson, T.J. (1994) CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple"
 215                             + " sequence alignment through sequence weighting, position specific gap penalties and weight matrix choice."
 216                             + " Nucleic Acids Research, 22 4673-4680",
 217                     "http://www.compbio.dundee.ac.uk/JalviewWS/services/ClustalWS",
 218                     MessageManager
 219                             .getString("label.clustalw_multiple_sequence_alignment")),
 220             new ServiceHandle(
 221                     "SecStrPred",
 222                     "Drozdetskiy A, Cole C, Procter J & Barton GJ. (2015)\nJPred4: a protein secondary structure prediction server"
 223                             + "\nNucleic Acids Research, Web Server issue (first published 15th April 2015)"
 224                             + "\ndoi://10.1093/nar/gkv332",
 225                     "http://www.compbio.dundee.ac.uk/JalviewWS/services/jpred",
 226                     "JNet Secondary Structure Prediction") };
 227         services = new Hashtable();
 228         serviceList = new Vector();
 229         buildServiceLists(defServices, serviceList, services);
 230       }
 231
 232     } catch (Exception e)
 233     {
 234       System.err
 235               .println("jalview.rootRegistry is not a proper url!\nWas set to "
 236                       + RootServiceURL + "\n" + e);
 237     }
 238
 239   }
 240
 241   // TODO: JBPNote : make this discover more services based on list of
 242   // discovery service urls, break cyclic references to the same url and
 243   // duplicate service entries (same endpoint *and* same interface)
 244   private ServiceHandle[] getServices(java.net.URL location)
 245   {
 246     ServiceHandles shs = null;
 247     try
 248     {
 249       jalview.bin.Cache.log.debug("Discovering services using " + location);
 250       shs = locateWebService(location).getServices();
 251     } catch (org.apache.axis.AxisFault f)
 252     {
 253       // JBPNote - should do this a better way!
 254       if (f.getFaultReason().indexOf("(407)") > -1)
 255       {
 256         if (jalview.gui.Desktop.desktop != null)
 257         {
 258           JOptionPane.showMessageDialog(jalview.gui.Desktop.desktop,
 259                   MessageManager.getString("label.set_proxy_settings"),
 260                   MessageManager
 261                           .getString("label.proxy_authorization_failed"),
 262                   JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 263         }
 264       }
 265       else
 266       {
 267         jalview.bin.Cache.log.warn("No Discovery service at " + location);
 268         jalview.bin.Cache.log.debug("Axis Fault", f);
 269       }
 270     } catch (Exception e)
 271     {
 272       jalview.bin.Cache.log.warn("No Discovery service at " + location);
 273       jalview.bin.Cache.log.debug("Discovery Service General Exception", e);
 274     }
 275     if ((shs != null) && shs.getServices().length > 0)
 276     {
 277       return shs.getServices();
 278     }
 279     return null;
 280   }
 281
 282   /**
 283    * Adds a list of services to the service catalog and categorised catalog
 284    * returns true if ServiceURLList was modified with a new DiscoveryService URL
 285    *
 286    * @param sh
 287    *          ServiceHandle[]
 288    * @param cat
 289    *          Vector
 290    * @param sscat
 291    *          Hashtable
 292    * @return boolean
 293    */
 294   static private boolean buildServiceLists(ServiceHandle[] sh, Vector cat,
 295           Hashtable sscat)
 296   {
 297     boolean seenNewDiscovery = false;
 298     for (int i = 0, j = sh.length; i < j; i++)
 299     {
 300       if (!cat.contains(sh[i]))
 301       {
 302         jalview.bin.Cache.log.debug("A " + sh[i].getAbstractName()
 303                 + " service called " + sh[i].getName() + " exists at "
 304                 + sh[i].getEndpointURL() + "\n");
 305         if (!sscat.containsKey(sh[i].getAbstractName()))
 306         {
 307           sscat.put(sh[i].getAbstractName(), cat = new Vector());
 308         }
 309         else
 310         {
 311           cat = (Vector) sscat.get(sh[i].getAbstractName());
 312         }
 313         cat.add(sh[i]);
 314         if (sh[i].getAbstractName().equals("Registry"))
 315         {
 316           for (int s = 0, sUrls = ServiceURLList.size(); s < sUrls; s++)
 317           {
 318             java.net.URL disc_serv = null;
 319             try
 320             {
 321               disc_serv = new java.net.URL(sh[i].getEndpointURL());
 322               if (!ServiceURLList.contains(disc_serv))
 323               {
 324                 jalview.bin.Cache.log
 325                         .debug("Adding new discovery service at "
 326                                 + disc_serv);
 327                 ServiceURLList.add(disc_serv);
 328                 seenNewDiscovery = true;
 329               }
 330             } catch (Exception e)
 331             {
 332               jalview.bin.Cache.log.debug(
 333                       "Ignoring bad discovery service URL "
 334                               + sh[i].getEndpointURL(), e);
 335             }
 336           }
 337         }
 338       }
 339     }
 340     return seenNewDiscovery;
 341   }
 342
 343   public void discoverServices()
 344   {
 345     Hashtable sscat = new Hashtable();
 346     Vector cat = new Vector();
 347     ServiceHandle sh[] = null;
 348     int s_url = 0;
 349     if (ServiceURLList == null)
 350     {
 351       jalview.bin.Cache.log
 352               .debug("No service endpoints to use for service discovery.");
 353       return;
 354     }
 355     while (s_url < ServiceURLList.size())
 356     {
 357       if ((sh = getServices((java.net.URL) ServiceURLList.get(s_url))) != null)
 358       {
 359
 360         buildServiceLists(sh, cat, sscat);
 361       }
 362       else
 363       {
 364         jalview.bin.Cache.log
 365                 .warn("No services at "
 366                         + (ServiceURLList.get(s_url))
 367                         + " - check DISCOVERY_URLS property in .jalview_properties");
 368       }
 369       s_url++;
 370     }
 371     // TODO: decide on correct semantics for services list - PropertyChange
 372     // provides a way of passing the new object around
 373     // so no need to access original discovery thread.
 374     // Curent decision is to change properties then notify listeners with old
 375     // and new values.
 376     Hashtable oldServices = services;
 377     // Vector oldServicelist = serviceList;
 378     services = sscat;
 379     serviceList = cat;
 380     changeSupport.firePropertyChange("services", oldServices, services);
 381   }
 382
 383   /**
 384    * creates a new thread to call discoverServices()
 385    */
 386   public void run()
 387   {
 388     final Discoverer discoverer = this;
 389     Thread discoverThread = new Thread()
 390     {
 391       public void run()
 392       {
 393         discoverer.doDiscovery();
 394         discoverer.discoverServices();
 395       }
 396     };
 397     discoverThread.start();
 398   }
 399
 400   /**
 401    * binding service abstract name to handler class
 402    */
 403   private static Hashtable serviceClientBindings;
 404
 405   public static WS1Client getServiceClient(ServiceHandle sh)
 406   {
 407     if (serviceClientBindings == null)
 408     {
 409       // get a list from Config or create below
 410       serviceClientBindings = new Hashtable();
 411       serviceClientBindings.put("MsaWS", new MsaWSClient());
 412       serviceClientBindings.put("SecStrPred", new JPredClient());
 413       serviceClientBindings.put("SeqSearch", new SeqSearchWSClient());
 414     }
 415     WS1Client instance = (WS1Client) serviceClientBindings.get(sh
 416             .getAbstractName());
 417     if (instance == null)
 418     {
 419       System.err
 420               .println("WARNING - POSSIBLE IMPLEMENTATION ERROR - cannot find WSClient implementation for "
 421                       + sh.getAbstractName());
 422     }
 423     else
 424     {
 425       instance.serviceHandle = sh;
 426     }
 427     return instance;
 428   }
 429   /**
 430    * notes on discovery service 1. need to allow multiple discovery source urls.
 431    * 2. user interface to add/control list of urls in preferences notes on
 432    * wsclient discovery 1. need a classpath property with list of additional
 433    * plugin directories 2. optional config to cite specific bindings between
 434    * class name and Abstract service name. 3. precedence for automatic discovery
 435    * by using getAbstractName for WSClient - user added plugins override default
 436    * plugins ? notes on wsclient gui code for gui attachment now moved to
 437    * wsclient implementation. Needs more abstraction but approach seems to work.
 438    * is it possible to 'generalise' the data retrieval calls further ? current
 439    * methods are very specific (gatherForMSA or gatherForSeqOrMsaSecStrPred),
 440    * new methods for conservation (group or alignment), treecalc (aligned
 441    * profile), seqannot (sequences selected from dataset, annotation back to
 442    * dataset).
 443    *
 444    */
 445 }