src/jalview/ws/jws1/SeqSearchWSThread.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jws1;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.api.FeatureColourI;
  25 import jalview.bin.Cache;
  26 import jalview.datamodel.Alignment;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.gui.AlignFrame;
  30 import jalview.gui.Desktop;
  31 import jalview.gui.WebserviceInfo;
  32 import jalview.io.NewickFile;
  33 import jalview.util.MessageManager;
  34 import jalview.ws.AWsJob;
  35 import jalview.ws.JobStateSummary;
  36 import jalview.ws.WSClientI;
  37
  38 import java.util.HashMap;
  39 import java.util.Hashtable;
  40 import java.util.Map;
  41 import java.util.Vector;
  42
  43 import vamsas.objects.simple.MsaResult;
  44 import vamsas.objects.simple.SeqSearchResult;
  45
  46 class SeqSearchWSThread extends JWS1Thread implements WSClientI
  47 {
  48   String dbs = null;
  49
  50   boolean profile = false;
  51
  52   class SeqSearchWSJob extends WSJob
  53   {
  54     // hold special input for this
  55     vamsas.objects.simple.SequenceSet seqs = new vamsas.objects.simple.SequenceSet();
  56
  57     /**
  58      * MsaWSJob
  59      *
  60      * @param jobNum
  61      *          int
  62      * @param jobId
  63      *          String
  64      */
  65     public SeqSearchWSJob(int jobNum, SequenceI[] inSeqs)
  66     {
  67       this.jobnum = jobNum;
  68       if (!prepareInput(inSeqs, 2))
  69       {
  70         submitted = true;
  71         subjobComplete = true;
  72         result = new MsaResult();
  73         result.setFinished(true);
  74         result.setStatus(MessageManager.getString("label.job_never_ran"));
  75       }
  76
  77     }
  78
  79     Hashtable SeqNames = new Hashtable();
  80
  81     Vector emptySeqs = new Vector();
  82
  83     /**
  84      * prepare input sequences for service
  85      *
  86      * @param seqs
  87      *          jalview sequences to be prepared
  88      * @param minlen
  89      *          minimum number of residues required for this MsaWS service
  90      * @return true if seqs contains sequences to be submitted to service.
  91      */
  92     private boolean prepareInput(SequenceI[] seqs, int minlen)
  93     {
  94       int nseqs = 0;
  95       if (minlen < 0)
  96       {
  97         throw new Error(
  98                 MessageManager
  99                         .getString("error.implementation_error_minlen_must_be_greater_zero"));
 100       }
 101       for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
 102       {
 103         if (seqs[i].getEnd() - seqs[i].getStart() > minlen - 1)
 104         {
 105           nseqs++;
 106         }
 107       }
 108       boolean valid = nseqs >= 1; // need at least one sequence for valid input
 109       // TODO: generalise
 110       vamsas.objects.simple.Sequence[] seqarray = (valid) ? new vamsas.objects.simple.Sequence[nseqs]
 111               : null;
 112       boolean submitGaps = (nseqs == 1) ? false : true; // profile is submitted
 113       // with gaps
 114       for (int i = 0, n = 0; i < seqs.length; i++)
 115       {
 116
 117         String newname = jalview.analysis.SeqsetUtils.unique_name(i); // same
 118         // for
 119         // any
 120         // subjob
 121         SeqNames.put(newname,
 122                 jalview.analysis.SeqsetUtils.SeqCharacterHash(seqs[i]));
 123         if (valid && seqs[i].getEnd() - seqs[i].getStart() > minlen - 1)
 124         {
 125           seqarray[n] = new vamsas.objects.simple.Sequence();
 126           seqarray[n].setId(newname);
 127           seqarray[n++].setSeq((submitGaps) ? seqs[i].getSequenceAsString()
 128                   : AlignSeq.extractGaps(jalview.util.Comparison.GapChars,
 129                           seqs[i].getSequenceAsString()));
 130         }
 131         else
 132         {
 133           String empty = null;
 134           if (seqs[i].getEnd() >= seqs[i].getStart())
 135           {
 136             empty = (submitGaps) ? seqs[i].getSequenceAsString() : AlignSeq
 137                     .extractGaps(jalview.util.Comparison.GapChars,
 138                             seqs[i].getSequenceAsString());
 139           }
 140           emptySeqs.add(new String[] { newname, empty });
 141         }
 142       }
 143       if (submitGaps)
 144       {
 145         // almost certainly have to remove gapped columns here
 146       }
 147       this.seqs = new vamsas.objects.simple.SequenceSet();
 148       this.seqs.setSeqs(seqarray);
 149       return valid;
 150     }
 151
 152     /**
 153      *
 154      * @return true if getAlignment will return a valid alignment result.
 155      */
 156     @Override
 157     public boolean hasResults()
 158     {
 159       if (subjobComplete
 160               && result != null
 161               && result.isFinished()
 162               && ((SeqSearchResult) result).getAlignment() != null
 163               && ((SeqSearchResult) result).getAlignment().getSeqs() != null)
 164       {
 165         return true;
 166       }
 167       return false;
 168     }
 169
 170     /**
 171      * return sequence search results for display
 172      *
 173      * @return null or { Alignment(+features and annotation), NewickFile)}
 174      */
 175     public Object[] getAlignment(Alignment dataset,
 176             Map<String, FeatureColourI> featureColours)
 177     {
 178
 179       if (result != null && result.isFinished())
 180       {
 181         SequenceI[] alseqs = null;
 182         // char alseq_gapchar = '-';
 183         // int alseq_l = 0;
 184         if (((SeqSearchResult) result).getAlignment() != null)
 185         {
 186           alseqs = getVamsasAlignment(((SeqSearchResult) result)
 187                   .getAlignment());
 188           // alseq_gapchar = ( (SeqSearchResult)
 189           // result).getAlignment().getGapchar().charAt(0);
 190           // alseq_l = alseqs.length;
 191         }
 192         /**
 193          * what has to be done. 1 - annotate returned alignment with annotation
 194          * file and sequence features file, and associate any tree-nodes. 2.
 195          * connect alignment back to any associated dataset: 2.a. deuniquify
 196          * recovers sequence information - but additionally, relocations must be
 197          * made from the returned aligned sequence back to the dataset.
 198          */
 199         // construct annotated alignment as it would be done by the jalview
 200         // applet
 201         jalview.datamodel.Alignment al = new Alignment(alseqs);
 202         // al.setDataset(dataset);
 203         // make dataset
 204         String inFile = null;
 205         try
 206         {
 207           inFile = ((SeqSearchResult) result).getAnnotation();
 208           if (inFile != null && inFile.length() > 0)
 209           {
 210             new jalview.io.AnnotationFile().readAnnotationFile(al, inFile,
 211                     jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE);
 212           }
 213         } catch (Exception e)
 214         {
 215           System.err
 216                   .println("Failed to parse the annotation file associated with the alignment.");
 217           System.err.println(">>>EOF" + inFile + "\n<<<EOF\n");
 218           e.printStackTrace(System.err);
 219         }
 220
 221         try
 222         {
 223           inFile = ((SeqSearchResult) result).getFeatures();
 224           if (inFile != null && inFile.length() > 0)
 225           {
 226             jalview.io.FeaturesFile ff = new jalview.io.FeaturesFile(
 227                     inFile, jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE);
 228             ff.parse(al, featureColours, false);
 229           }
 230         } catch (Exception e)
 231         {
 232           System.err
 233                   .println("Failed to parse the Features file associated with the alignment.");
 234           System.err.println(">>>EOF" + inFile + "\n<<<EOF\n");
 235           e.printStackTrace(System.err);
 236         }
 237         jalview.io.NewickFile nf = null;
 238         try
 239         {
 240           inFile = ((SeqSearchResult) result).getNewickTree();
 241           if (inFile != null && inFile.length() > 0)
 242           {
 243             nf = new jalview.io.NewickFile(inFile,
 244                     jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE);
 245             if (!nf.isValid())
 246             {
 247               nf.close();
 248               nf = null;
 249             }
 250           }
 251         } catch (Exception e)
 252         {
 253           System.err
 254                   .println("Failed to parse the treeFile associated with the alignment.");
 255           System.err.println(">>>EOF" + inFile + "\n<<<EOF\n");
 256           e.printStackTrace(System.err);
 257         }
 258
 259         /*
 260          * TODO: housekeeping w.r.t. recovery of dataset and annotation
 261          * references for input sequences, and then dataset sequence creation
 262          * for new sequences retrieved from service // finally, attempt to
 263          * de-uniquify to recover input sequence identity, and try to map back
 264          * onto dataset Note: this
 265          * jalview.analysis.SeqsetUtils.deuniquify(SeqNames, alseqs, true); will
 266          * NOT WORK - the returned alignment may contain multiple versions of
 267          * the input sequence, each being a subsequence of the original.
 268          * deuniquify also removes existing annotation and features added in the
 269          * previous step... al.setDataset(dataset); // add in new sequences
 270          * retrieved from sequence search which are not already in dataset. //
 271          * trigger a 'fetchDBids' to annotate sequences with database ids...
 272          */
 273
 274         return new Object[] { al, nf };
 275       }
 276       return null;
 277     }
 278
 279     /**
 280      * mark subjob as cancelled and set result object appropriatly
 281      */
 282     void cancel()
 283     {
 284       cancelled = true;
 285       subjobComplete = true;
 286       result = null;
 287     }
 288
 289     /**
 290      *
 291      * @return boolean true if job can be submitted.
 292      */
 293     @Override
 294     public boolean hasValidInput()
 295     {
 296       if (seqs.getSeqs() != null)
 297       {
 298         return true;
 299       }
 300       return false;
 301     }
 302   }
 303
 304   String alTitle; // name which will be used to form new alignment window.
 305
 306   Alignment dataset; // dataset to which the new alignment will be
 307
 308   // associated.
 309
 310   ext.vamsas.SeqSearchI server = null;
 311
 312   private String dbArg;
 313
 314   /**
 315    * set basic options for this (group) of Msa jobs
 316    *
 317    * @param subgaps
 318    *          boolean
 319    * @param presorder
 320    *          boolean
 321    */
 322   SeqSearchWSThread(ext.vamsas.SeqSearchI server, String wsUrl,
 323           WebserviceInfo wsinfo, jalview.gui.AlignFrame alFrame,
 324           AlignmentView alview, String wsname, String db)
 325   {
 326     super(alFrame, wsinfo, alview, wsname, wsUrl);
 327     this.server = server;
 328     this.dbArg = db;
 329   }
 330
 331   /**
 332    * create one or more Msa jobs to align visible seuqences in _msa
 333    *
 334    * @param title
 335    *          String
 336    * @param _msa
 337    *          AlignmentView
 338    * @param subgaps
 339    *          boolean
 340    * @param presorder
 341    *          boolean
 342    * @param seqset
 343    *          Alignment
 344    */
 345   SeqSearchWSThread(ext.vamsas.SeqSearchI server, String wsUrl,
 346           WebserviceInfo wsinfo, jalview.gui.AlignFrame alFrame,
 347           String wsname, String title, AlignmentView _msa, String db,
 348           Alignment seqset)
 349   {
 350     this(server, wsUrl, wsinfo, alFrame, _msa, wsname, db);
 351     OutputHeader = wsInfo.getProgressText();
 352     alTitle = title;
 353     dataset = seqset;
 354
 355     SequenceI[][] conmsa = _msa.getVisibleContigs('-');
 356     if (conmsa != null)
 357     {
 358       int njobs = conmsa.length;
 359       jobs = new SeqSearchWSJob[njobs];
 360       for (int j = 0; j < njobs; j++)
 361       {
 362         if (j != 0)
 363         {
 364           jobs[j] = new SeqSearchWSJob(wsinfo.addJobPane(), conmsa[j]);
 365         }
 366         else
 367         {
 368           jobs[j] = new SeqSearchWSJob(0, conmsa[j]);
 369         }
 370         if (njobs > 0)
 371         {
 372           wsinfo.setProgressName("region " + jobs[j].getJobnum(),
 373                   jobs[j].getJobnum());
 374         }
 375         wsinfo.setProgressText(jobs[j].getJobnum(), OutputHeader);
 376       }
 377     }
 378   }
 379
 380   @Override
 381   public boolean isCancellable()
 382   {
 383     return true;
 384   }
 385
 386   @Override
 387   public void cancelJob()
 388   {
 389     if (!jobComplete && jobs != null)
 390     {
 391       boolean cancelled = true;
 392       for (int job = 0; job < jobs.length; job++)
 393       {
 394         if (jobs[job].isSubmitted() && !jobs[job].isSubjobComplete())
 395         {
 396           String cancelledMessage = "";
 397           try
 398           {
 399             vamsas.objects.simple.WsJobId cancelledJob = server
 400                     .cancel(jobs[job].getJobId());
 401             if (cancelledJob.getStatus() == 2)
 402             {
 403               // CANCELLED_JOB
 404               cancelledMessage = "Job cancelled.";
 405               ((SeqSearchWSJob) jobs[job]).cancel();
 406               wsInfo.setStatus(jobs[job].getJobnum(),
 407                       WebserviceInfo.STATE_CANCELLED_OK);
 408             }
 409             else if (cancelledJob.getStatus() == 3)
 410             {
 411               // VALID UNSTOPPABLE JOB
 412               cancelledMessage += "Server cannot cancel this job. just close the window.\n";
 413               cancelled = false;
 414               // wsInfo.setStatus(jobs[job].jobnum,
 415               // WebserviceInfo.STATE_RUNNING);
 416             }
 417
 418             if (cancelledJob.getJobId() != null)
 419             {
 420               cancelledMessage += ("[" + cancelledJob.getJobId() + "]");
 421             }
 422
 423             cancelledMessage += "\n";
 424           } catch (Exception exc)
 425           {
 426             cancelledMessage += ("\nProblems cancelling the job : Exception received...\n"
 427                     + exc + "\n");
 428             Cache.log.warn(
 429                     "Exception whilst cancelling " + jobs[job].getJobId(),
 430                     exc);
 431           }
 432           wsInfo.setProgressText(jobs[job].getJobnum(), OutputHeader
 433                   + cancelledMessage + "\n");
 434         }
 435       }
 436       if (cancelled)
 437       {
 438         wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_CANCELLED_OK);
 439         jobComplete = true;
 440       }
 441       this.interrupt(); // kick thread to update job states.
 442     }
 443     else
 444     {
 445       if (!jobComplete)
 446       {
 447         wsInfo.setProgressText(OutputHeader
 448                 + "Server cannot cancel this job because it has not been submitted properly. just close the window.\n");
 449       }
 450     }
 451   }
 452
 453   @Override
 454   public void pollJob(AWsJob job) throws Exception
 455   {
 456     ((SeqSearchWSJob) job).result = server.getResult(((SeqSearchWSJob) job)
 457             .getJobId());
 458   }
 459
 460   @Override
 461   public void StartJob(AWsJob job)
 462   {
 463     if (!(job instanceof SeqSearchWSJob))
 464     {
 465       throw new Error(MessageManager.formatMessage(
 466               "error.implementation_error_msawbjob_called",
 467               new String[] { job.getClass().toString() }));
 468     }
 469     SeqSearchWSJob j = (SeqSearchWSJob) job;
 470     if (j.isSubmitted())
 471     {
 472       if (Cache.log.isDebugEnabled())
 473       {
 474         Cache.log.debug("Tried to submit an already submitted job "
 475                 + j.getJobId());
 476       }
 477       return;
 478     }
 479     if (j.seqs.getSeqs() == null)
 480     {
 481       // special case - selection consisted entirely of empty sequences...
 482       j.setSubmitted(true);
 483       j.result = new MsaResult();
 484       j.result.setFinished(true);
 485       j.result.setStatus(MessageManager
 486               .getString("label.empty_alignment_job"));
 487       ((MsaResult) j.result).setMsa(null);
 488     }
 489     try
 490     {
 491       vamsas.objects.simple.WsJobId jobsubmit = server.search(
 492               j.seqs.getSeqs()[0], dbArg);
 493
 494       if ((jobsubmit != null) && (jobsubmit.getStatus() == 1))
 495       {
 496         j.setJobId(jobsubmit.getJobId());
 497         j.setSubmitted(true);
 498         j.setSubjobComplete(false);
 499         // System.out.println(WsURL + " Job Id '" + jobId + "'");
 500       }
 501       else
 502       {
 503         if (jobsubmit == null)
 504         {
 505           throw new Exception(MessageManager.formatMessage(
 506                   "exception.web_service_returned_null_try_later",
 507                   new String[] { WsUrl }));
 508         }
 509
 510         throw new Exception(jobsubmit.getJobId());
 511       }
 512     } catch (Exception e)
 513     {
 514       // TODO: JBPNote catch timeout or other fault types explicitly
 515       // For unexpected errors
 516       System.err
 517               .println(WebServiceName
 518                       + "Client: Failed to submit the sequences for alignment (probably a server side problem)\n"
 519                       + "When contacting Server:" + WsUrl + "\n"
 520                       + e.toString() + "\n");
 521       j.setAllowedServerExceptions(0);
 522       wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);
 523       wsInfo.setStatus(j.getJobnum(),
 524               WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);
 525       wsInfo.appendProgressText(j.getJobnum(), MessageManager
 526               .getString("info.failed_to_submit_sequences_for_alignment"));
 527
 528       // e.printStackTrace(); // TODO: JBPNote DEBUG
 529     }
 530   }
 531
 532   private jalview.datamodel.Sequence[] getVamsasAlignment(
 533           vamsas.objects.simple.Alignment valign)
 534   {
 535     vamsas.objects.simple.Sequence[] seqs = valign.getSeqs().getSeqs();
 536     jalview.datamodel.Sequence[] msa = new jalview.datamodel.Sequence[seqs.length];
 537
 538     for (int i = 0, j = seqs.length; i < j; i++)
 539     {
 540       msa[i] = new jalview.datamodel.Sequence(seqs[i].getId(),
 541               seqs[i].getSeq());
 542     }
 543
 544     return msa;
 545   }
 546
 547   @Override
 548   public void parseResult()
 549   {
 550     int results = 0; // number of result sets received
 551     JobStateSummary finalState = new JobStateSummary();
 552     try
 553     {
 554       for (int j = 0; j < jobs.length; j++)
 555       {
 556         finalState.updateJobPanelState(wsInfo, OutputHeader, jobs[j]);
 557         if (jobs[j].isSubmitted() && jobs[j].isSubjobComplete()
 558                 && jobs[j].hasResults())
 559         {
 560           results++;
 561           vamsas.objects.simple.Alignment valign = ((SeqSearchResult) ((SeqSearchWSJob) jobs[j]).result)
 562                   .getAlignment();
 563           if (valign != null)
 564           {
 565             wsInfo.appendProgressText(jobs[j].getJobnum(), MessageManager
 566                     .getString("info.alignment_object_method_notes"));
 567             String[] lines = valign.getMethod();
 568             for (int line = 0; line < lines.length; line++)
 569             {
 570               wsInfo.appendProgressText(jobs[j].getJobnum(), lines[line]
 571                       + "\n");
 572             }
 573             // JBPNote The returned files from a webservice could be
 574             // hidden behind icons in the monitor window that,
 575             // when clicked, pop up their corresponding data
 576           }
 577         }
 578       }
 579     } catch (Exception ex)
 580     {
 581
 582       Cache.log.error("Unexpected exception when processing results for "
 583               + alTitle, ex);
 584       wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);
 585     }
 586     if (results > 0)
 587     {
 588       wsInfo.showResultsNewFrame
 589               .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 590               {
 591                 @Override
 592                 public void actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent evt)
 593                 {
 594                   displayResults(true);
 595                 }
 596               });
 597       wsInfo.mergeResults
 598               .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 599               {
 600                 @Override
 601                 public void actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent evt)
 602                 {
 603                   displayResults(false);
 604                 }
 605               });
 606       wsInfo.setResultsReady();
 607     }
 608     else
 609     {
 610       wsInfo.setFinishedNoResults();
 611     }
 612   }
 613
 614   void displayResults(boolean newFrame)
 615   {
 616     if (!newFrame)
 617     {
 618       System.err.println("MERGE WITH OLD FRAME NOT IMPLEMENTED");
 619       return;
 620     }
 621     // each subjob is an independent alignment for the moment
 622     // Alignment al[] = new Alignment[jobs.length];
 623     // NewickFile nf[] = new NewickFile[jobs.length];
 624     for (int j = 0; j < jobs.length; j++)
 625     {
 626       Map<String, FeatureColourI> featureColours = new HashMap<String, FeatureColourI>();
 627       Alignment al = null;
 628       NewickFile nf = null;
 629       if (jobs[j].hasResults())
 630       {
 631         Object[] res = ((SeqSearchWSJob) jobs[j]).getAlignment(dataset,
 632                 featureColours);
 633         if (res == null)
 634         {
 635           continue;
 636         }
 637         ;
 638         al = (Alignment) res[0];
 639         nf = (NewickFile) res[1];
 640       }
 641       else
 642       {
 643         al = null;
 644         nf = null;
 645         continue;
 646       }
 647       /*
 648        * We can't map new alignment back with insertions from input's hidden
 649        * regions until dataset mapping is sorted out... but basically it goes
 650        * like this: 1. Merge each domain hit back onto the visible segments in
 651        * the same way as a Jnet prediction is mapped back
 652        *
 653        * Object[] newview = input.getUpdatedView(results, orders, getGapChar());
 654        * // trash references to original result data for (int j = 0; j <
 655        * jobs.length; j++) { results[j] = null; orders[j] = null; } SequenceI[]
 656        * alignment = (SequenceI[]) newview[0]; ColumnSelection columnselection =
 657        * (ColumnSelection) newview[1]; Alignment al = new Alignment(alignment);
 658        *
 659        * if (dataset != null) { al.setDataset(dataset); }
 660        *
 661        * propagateDatasetMappings(al); }
 662        */
 663
 664       AlignFrame af = new AlignFrame(al,// columnselection,
 665               AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 666       if (nf != null)
 667       {
 668         af.ShowNewickTree(nf, MessageManager.formatMessage(
 669                 "label.tree_from", new String[] { this.alTitle }));
 670       }
 671       // initialise with same renderer settings as in parent alignframe.
 672       af.getFeatureRenderer().transferSettings(this.featureSettings);
 673       Desktop.addInternalFrame(af, alTitle, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 674               AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 675     }
 676   }
 677
 678   @Override
 679   public boolean canMergeResults()
 680   {
 681     return false;
 682   }
 683 }