src/jalview/ws/jws2/AAConsClient.java

   1 package jalview.ws.jws2;
   2
   3 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
   4 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   5 import jalview.gui.AlignFrame;
   6 import jalview.gui.AlignmentPanel;
   7 import jalview.ws.jws2.dm.AAConsSettings;
   8 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
   9 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  10
  11 import java.util.ArrayList;
  12 import java.util.List;
  13 import java.util.Map;
  14 import java.util.Set;
  15 import java.util.TreeSet;
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  17 import compbio.data.sequence.Score;
  18 import compbio.metadata.Argument;
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  20 public class AAConsClient extends JabawsAlignCalcWorker
  21 {
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  23   public AAConsClient(Jws2Instance service, AlignFrame alignFrame,
  24           WsParamSetI preset, List<Argument> paramset)
  25   {
  26     super(service, alignFrame, preset, paramset);
  27     submitGaps = true;
  28     alignedSeqs = true;
  29     nucleotidesAllowed = false;
  30     proteinAllowed = true;
  31     gapMap=new boolean[0];
  32     initViewportParams();
  33   }
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  35   protected void initViewportParams()
  36   {
  37     ((jalview.gui.AlignViewport) alignViewport).setCalcIdSettingsFor(getCalcId(), new AAConsSettings(true, service, this.preset, (arguments!=null) ?  JabaParamStore.getJwsArgsfromJaba(arguments) : null), true);
  38   }
  39   @Override
  40   public void updateParameters(WsParamSetI newpreset, java.util.List<Argument> newarguments) {
  41     super.updateParameters(newpreset, newarguments);
  42     initViewportParams();
  43   };
  44   public String getServiceActionText()
  45   {
  46     return "calculating Amino acid consensus using AACons service";
  47   }
  48
  49   /**
  50    * update the consensus annotation from the sequence profile data using
  51    * current visualization settings.
  52    */
  53
  54   public void updateResultAnnotation(boolean immediate)
  55   {
  56     if (immediate || !calcMan.isWorking(this) && scoremanager != null)
  57     {
  58       Map<String, TreeSet<Score>> scoremap = scoremanager.asMap();
  59       int alWidth = alignViewport.getAlignment().getWidth();
  60       ArrayList<AlignmentAnnotation> ourAnnot = new ArrayList<AlignmentAnnotation>();
  61       for (String score : scoremap.keySet())
  62       {
  63         Set<Score> scores = scoremap.get(score);
  64         for (Score scr : scores)
  65         {
  66           if (scr.getRanges() != null && scr.getRanges().size() > 0)
  67           {
  68             /**
  69              * annotation in range annotation = findOrCreate(scr.getMethod(),
  70              * true, null, null); Annotation[] elm = new Annotation[alWidth];
  71              * Iterator<Float> vals = scr.getScores().iterator(); for (Range rng
  72              * : scr.getRanges()) { float val = vals.next().floatValue(); for
  73              * (int i = rng.from; i <= rng.to; i++) { elm[i] = new
  74              * Annotation("", "", ' ', val); } } annotation.annotations = elm;
  75              * annotation.validateRangeAndDisplay();
  76              */
  77           }
  78           else
  79           {
  80             createAnnotationRowsForScores(ourAnnot, getCalcId(), alWidth,
  81                     scr);
  82           }
  83         }
  84       }
  85
  86       if (ourAnnot.size() > 0)
  87       {
  88         updateOurAnnots(ourAnnot);
  89       }
  90     }
  91   }
  92
  93   public String getCalcId()
  94   {
  95     return SequenceAnnotationWSClient.AAConsCalcId;
  96   }
  97
  98   public static void removeAAConsAnnotation(AlignmentPanel alignPanel)
  99   {
 100     for (AlignmentAnnotation aa: alignPanel.getAlignment().findAnnotation(SequenceAnnotationWSClient.AAConsCalcId))
 101     {
 102       alignPanel.getAlignment().deleteAnnotation(aa);
 103     }
 104     // List<AlignmentAnnotation>
 105     // ourannots=alignPanel.getAlignment().findAnnotation(Screen3D.)
 106     // TODO Auto-generated method stub
 107
 108   }
 109 }