src/jalview/ws/jws2/AAConsClient.java

   1 package jalview.ws.jws2;
   2
   3 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
   4 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   5 import jalview.datamodel.Annotation;
   6 import jalview.gui.AlignFrame;
   7 import jalview.gui.AlignmentPanel;
   8 import jalview.ws.jws2.dm.AAConsSettings;
   9 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  10 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  11
  12 import java.util.ArrayList;
  13 import java.util.Iterator;
  14 import java.util.List;
  15 import java.util.Map;
  16 import java.util.TreeSet;
  17
  18 import compbio.data.sequence.Score;
  19 import compbio.metadata.Argument;
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  21 public class AAConsClient extends JabawsAlignCalcWorker
  22 {
  23
  24   public AAConsClient(Jws2Instance service, AlignFrame alignFrame,
  25           WsParamSetI preset, List<Argument> paramset)
  26   {
  27     super(service, alignFrame, preset, paramset);
  28     submitGaps = true;
  29     alignedSeqs = true;
  30     nucleotidesAllowed = false;
  31     proteinAllowed = true;
  32     gapMap=new boolean[0];
  33     initViewportParams();
  34   }
  35
  36   protected void initViewportParams()
  37   {
  38     ((jalview.gui.AlignViewport) alignViewport).setCalcIdSettingsFor(getCalcId(), new AAConsSettings(true, service, this.preset, (arguments!=null) ?  JabaParamStore.getJwsArgsfromJaba(arguments) : null), true);
  39   }
  40   @Override
  41   public void updateParameters(WsParamSetI newpreset, java.util.List<Argument> newarguments) {
  42     super.updateParameters(newpreset, newarguments);
  43     initViewportParams();
  44   };
  45   public String getServiceActionText()
  46   {
  47     return "calculating Amino acid consensus using AACons service";
  48   }
  49
  50   /**
  51    * update the consensus annotation from the sequence profile data using
  52    * current visualization settings.
  53    */
  54
  55   public void updateResultAnnotation(boolean immediate)
  56   {
  57     if (immediate || !calcMan.isWorking(this) && scoremanager != null)
  58     {
  59       AlignmentAnnotation annotation;
  60       Map<String, TreeSet<Score>> scoremap = scoremanager.asMap();
  61       int alWidth = alignViewport.getAlignment().getWidth();
  62       AlignmentI alignment;
  63       int ann = (alignment = alignViewport.getAlignment())
  64               .getAlignmentAnnotation().length;
  65       ArrayList<AlignmentAnnotation> ourAnnot = new ArrayList<AlignmentAnnotation>();
  66       for (String score : scoremap.keySet())
  67       {
  68         TreeSet<Score> scores = scoremap.get(score);
  69         for (Score scr : scores)
  70         {
  71           if (scr.getRanges() != null && scr.getRanges().size() > 0)
  72           {
  73             /**
  74              * annotation in range annotation = findOrCreate(scr.getMethod(),
  75              * true, null, null); Annotation[] elm = new Annotation[alWidth];
  76              * Iterator<Float> vals = scr.getScores().iterator(); for (Range rng
  77              * : scr.getRanges()) { float val = vals.next().floatValue(); for
  78              * (int i = rng.from; i <= rng.to; i++) { elm[i] = new
  79              * Annotation("", "", ' ', val); } } annotation.annotations = elm;
  80              * annotation.validateRangeAndDisplay();
  81              */
  82           }
  83           else
  84           {
  85             // simple annotation row
  86             annotation = alignViewport.getAlignment()
  87                     .findOrCreateAnnotation(scr.getMethod(), getCalcId(), true,
  88                             null, null);
  89
  90             Annotation[] elm = new Annotation[alWidth];
  91             if (alWidth == gapMap.length) // scr.getScores().size())
  92             {
  93               Iterator<Float> vals = scr.getScores().iterator();
  94               float m = 0f, x = 0f;
  95               for (int i = 0; vals.hasNext(); i++)
  96               {
  97                 float val = vals.next().floatValue();
  98                 if (i == 0)
  99                 {
 100                   m = val;
 101                   x = val;
 102                 }
 103                 else
 104                 {
 105                   if (m > val)
 106                   {
 107                     m = val;
 108                   }
 109                   ;
 110                   if (x < val)
 111                   {
 112                     x = val;
 113                   }
 114                 }
 115                 // if we're at a gapped column then skip to next ungapped position
 116                 if (gapMap != null && gapMap.length > 0)
 117                 {
 118                   while (!gapMap[i])
 119                   {
 120                     elm[i++]=new Annotation("", "" , ' ', Float.NaN);
 121                   }
 122                 }
 123                 elm[i] = new Annotation("", "" + val, ' ', val);
 124               }
 125
 126               annotation.annotations = elm;
 127               annotation.belowAlignment = true;
 128               if (x < 0)
 129               {
 130                 x = 0;
 131               }
 132               x += (x - m) * 0.1;
 133               annotation.graphMax = x;
 134               annotation.graphMin = m;
 135               annotation.validateRangeAndDisplay();
 136               ourAnnot.add(annotation);
 137             }
 138           }
 139         }
 140       }
 141       if (ourAnnot.size() > 0)
 142       {
 143         List<AlignmentAnnotation> our = ourAnnots;
 144         ourAnnots = ourAnnot;
 145         if (our != null)
 146         {
 147           if (our.size() > 0)
 148           {
 149             for (AlignmentAnnotation an : our)
 150             {
 151               if (!ourAnnots.contains(an))
 152               {
 153                 // remove the old annotation
 154                 alignment.deleteAnnotation(an);
 155               }
 156             }
 157           }
 158           our.clear();
 159         }
 160       }
 161       // if (ann !=
 162       // alignViewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length)
 163       {
 164         ap.adjustAnnotationHeight();
 165       }
 166       /*
 167        * else { ap.paintAlignment(true); }
 168        */
 169     }
 170   }
 171
 172   public String getCalcId()
 173   {
 174     return SequenceAnnotationWSClient.AAConsCalcId;
 175   }
 176
 177   public static void removeAAConsAnnotation(AlignmentPanel alignPanel)
 178   {
 179     for (AlignmentAnnotation aa: alignPanel.getAlignment().findAnnotation(SequenceAnnotationWSClient.AAConsCalcId))
 180     {
 181       alignPanel.getAlignment().deleteAnnotation(aa);
 182     }
 183     // List<AlignmentAnnotation>
 184     // ourannots=alignPanel.getAlignment().findAnnotation(Screen3D.)
 185     // TODO Auto-generated method stub
 186
 187   }
 188 }