src/jalview/ws/jws2/JabaWsServerQuery.java

   1 /*******************************************************************************
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
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  17  *******************************************************************************/
  18 /**
  19  *
  20  */
  21 package jalview.ws.jws2;
  22
  23 import jalview.bin.Cache;
  24 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  25
  26 import java.util.HashSet;
  27 import java.util.Set;
  28
  29 import compbio.data.msa.Category;
  30 import compbio.data.msa.JABAService;
  31 import compbio.ws.client.Jws2Client;
  32 import compbio.ws.client.Services;
  33
  34 /**
  35  * @author JimP
  36  *
  37  */
  38 public class JabaWsServerQuery implements Runnable
  39 {
  40
  41   Jws2Discoverer jws2Discoverer = null;
  42
  43   String jwsservers = null;
  44
  45   boolean quit = false, running = false;
  46
  47   /**
  48    * @return the running
  49    */
  50   public boolean isRunning()
  51   {
  52     return running;
  53   }
  54
  55   /**
  56    * @param quit
  57    *          the quit to set
  58    */
  59   public void setQuit(boolean quit)
  60   {
  61     this.quit = quit;
  62   }
  63
  64   public JabaWsServerQuery(Jws2Discoverer jws2Discoverer, String jwsservers)
  65   {
  66     this.jws2Discoverer = jws2Discoverer;
  67     this.jwsservers = jwsservers;
  68   }
  69   Services[] JABAWS1SERVERS=new Services[]
  70           { Services.ClustalWS, Services.MuscleWS, Services.MafftWS,
  71           Services.ProbconsWS, Services.TcoffeeWS };
  72   Services[] JABAWS2SERVERS=new Services[]
  73           { Services.ClustalWS, Services.MuscleWS, Services.MafftWS,
  74           Services.ProbconsWS, Services.TcoffeeWS, Services.AAConWS, Services.DisemblWS, Services.GlobPlotWS, Services.IUPredWS, Services.JronnWS };
  75
  76   /*
  77    * (non-Javadoc)
  78    *
  79    * @see java.lang.Runnable#run()
  80    */
  81   @Override
  82   public void run()
  83   {
  84     running = true;
  85     try
  86     {
  87       if (Jws2Client.validURL(jwsservers))
  88       {
  89         compbio.data.msa.RegistryWS registry = null;
  90         Set svccategories = null;
  91         boolean noservices = true;
  92         // look for services
  93         boolean jabasws2 = false;
  94         // If we are dealing with a JABAWS2 service, then just go and ask the
  95         // JABAWS 2 service registry
  96         Set<Services> srv_set = new HashSet<Services>();
  97
  98         Set<Category> categories = Category.getCategories();
  99         String svc_cat;
 100
 101         try
 102         {
 103           // JBPNote: why is RegistryWS in compbio.data.msa ?
 104           registry = Jws2Client.connectToRegistry(jwsservers);
 105           if (registry != null)
 106           {
 107             // System.err.println("Test Services Output\n"
 108             // + registry.testAllServices());
 109             // TODO: enumerate services and test those that haven't been tested
 110             // in the last n-days/hours/etc.
 111
 112             jabasws2 = true;
 113             srv_set = registry.getSupportedServices();
 114             svccategories = registry.getServiceCategories();
 115
 116           }
 117         } catch (Exception ex)
 118         {
 119           System.err.println("Exception whilst trying to get at registry:");
 120           ex.printStackTrace();
 121           // if that failed, then we are probably working with a JABAWS1 server.
 122           // in that case, look for each service endpoint
 123           System.err.println("JWS2 Discoverer: " + jwsservers
 124                   + " is a JABAWS1 server. Using hardwired list.");
 125           for (Services srv : JABAWS1SERVERS)
 126           {
 127             srv_set.add(srv);
 128           }
 129         }
 130         for (Category cat : categories)
 131         {
 132           for (Services srv : cat.getServices())
 133           {
 134             if (quit)
 135             {
 136               running = false;
 137               return;
 138             }
 139             if (!srv_set.contains(srv))
 140             {
 141               continue;
 142             }
 143             JABAService service = null;
 144             try
 145             {
 146               service = Jws2Client.connect(jwsservers, srv);
 147             } catch (Exception e)
 148             {
 149               System.err.println("Jws2 Discoverer: Problem on "
 150                       + jwsservers + " with service " + srv + ":\n"
 151                       + e.getMessage());
 152               if (!(e instanceof javax.xml.ws.WebServiceException))
 153               {
 154                 e.printStackTrace();
 155               }
 156               // For moment, report service as a problem.
 157               jws2Discoverer.addInvalidServiceUrl(jwsservers);
 158             }
 159             ;
 160             if (service != null)
 161             {
 162               noservices = false;
 163               Jws2Instance svc = null;
 164               if (registry != null)
 165               {
 166
 167                 String description = registry.getServiceDescription(srv);
 168
 169                 svc = new Jws2Instance(jwsservers, srv.toString(),
 170                         cat.name, description, service);
 171               }
 172               if (svc == null)
 173               {
 174                 svc = new Jws2Instance(jwsservers, srv.toString(), cat.name,
 175                         "JABAWS 1 Alignment Service", service);
 176               }
 177               jws2Discoverer.addService(jwsservers, svc);
 178             }
 179
 180           }
 181         }
 182
 183         if (noservices)
 184         {
 185           jws2Discoverer.addUrlwithnoservices(jwsservers);
 186         }
 187       }
 188       else
 189       {
 190         jws2Discoverer.addInvalidServiceUrl(jwsservers);
 191         Cache.log.info("Ignoring invalid Jws2 service url " + jwsservers);
 192       }
 193     } catch (Exception e)
 194     {
 195       e.printStackTrace();
 196       Cache.log.warn("Exception when discovering Jws2 services.", e);
 197       jws2Discoverer.addInvalidServiceUrl(jwsservers);
 198     } catch (Error e)
 199     {
 200       Cache.log.error("Exception when discovering Jws2 services.", e);
 201       jws2Discoverer.addInvalidServiceUrl(jwsservers);
 202     }
 203     running = false;
 204   }
 205
 206 }