src/jalview/ws/jws2/Jws2Discoverer.java

   1 package jalview.ws.jws2;
   2
   3 import java.awt.event.ActionEvent;
   4 import java.awt.event.ActionListener;
   5 import java.beans.PropertyChangeEvent;
   6 import java.beans.PropertyChangeListener;
   7 import java.net.ConnectException;
   8 import java.util.HashSet;
   9 import java.util.Vector;
  10
  11 import javax.swing.JMenu;
  12 import javax.swing.JMenuItem;
  13
  14 import org.apache.log4j.Level;
  15
  16 import jalview.bin.Cache;
  17 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  18 import jalview.gui.AlignFrame;
  19 import jalview.ws.WSMenuEntryProviderI;
  20 import compbio.data.msa.MsaWS;
  21 import compbio.metadata.Preset;
  22 import compbio.metadata.PresetManager;
  23 import compbio.ws.client.Jws2Base;
  24 import compbio.ws.client.Jws2Base.Services;
  25
  26 /**
  27  * discoverer for jws2 services. Follows the lightweight service discoverer
  28  * pattern (archetyped by EnfinEnvision2OneWay)
  29  *
  30  * @author JimP
  31  *
  32  */
  33 public class Jws2Discoverer implements Runnable, WSMenuEntryProviderI
  34 {
  35   private java.beans.PropertyChangeSupport changeSupport = new java.beans.PropertyChangeSupport(this);
  36
  37   /**
  38    * change listeners are notified of "services" property changes
  39    *
  40    * @param listener
  41    *          to be added that consumes new services Hashtable object.
  42    */
  43   public void addPropertyChangeListener(
  44           java.beans.PropertyChangeListener listener)
  45   {
  46     changeSupport.addPropertyChangeListener(listener);
  47   }
  48
  49   /**
  50    *
  51    *
  52    * @param listener
  53    *          to be removed
  54    */
  55   public void removePropertyChangeListener(
  56           java.beans.PropertyChangeListener listener)
  57   {
  58     changeSupport.removePropertyChangeListener(listener);
  59   }
  60
  61   boolean running=false;
  62   @Override
  63   public void run()
  64   {
  65     if (running)
  66     {
  67       return;
  68     }
  69     running=true;
  70 //    Cache.initLogger();
  71 //    Cache.log.setLevel(Level.DEBUG);
  72     // TODO: Document and PACK JWS2
  73     String jwsservers = Cache.getDefault("JWS2HOSTURLS",
  74             "http://webservices.compbio.dundee.ac.uk:8084/jws2");
  75     try
  76     {
  77       if (Jws2Base.validURL(jwsservers))
  78       {
  79         // look for services
  80         for (Services srv : Jws2Base.Services.values())
  81         {
  82           MsaWS service = null;
  83           try
  84           {
  85             service = Jws2Base.connect(jwsservers, srv);
  86           }
  87           catch (Exception e)
  88           {
  89             System.err.println("Jws2 Discoverer: Problem with "+jwsservers+" with service "+srv+":\n"+e.getMessage());
  90             if (!(e instanceof javax.xml.ws.WebServiceException)) {
  91               e.printStackTrace();
  92             }
  93           }
  94           ;
  95           if (service != null)
  96           {
  97             addService(jwsservers, srv, service);
  98           }
  99         }
 100
 101       }
 102       else
 103       {
 104         Cache.log.info("Ignoring invalid Jws2 service url " + jwsservers);
 105       }
 106     } catch (Exception e)
 107     {
 108       e.printStackTrace();
 109       Cache.log.warn("Exception when discovering Jws2 services.", e);
 110     } catch (Error e)
 111     {
 112       Cache.log.error("Exception when discovering Jws2 services.", e);
 113     }
 114     running=false;
 115     changeSupport.firePropertyChange("services", new Vector(), services);
 116   }
 117
 118   /**
 119    * record this service endpoint so we can use it
 120    *
 121    * @param jwsservers
 122    * @param srv
 123    * @param service2
 124    */
 125   private void addService(String jwsservers, Services srv, MsaWS service2)
 126   {
 127     if (services==null) {
 128       services = new Vector<Jws2Instance>();
 129     }
 130     System.out.println("Discovered service: " + jwsservers + " "
 131             + srv.toString());
 132     services.add(new Jws2Instance(jwsservers, "Align with "
 133             + srv.toString(), service2));
 134   }
 135
 136   public class Jws2Instance
 137   {
 138     String hosturl;
 139
 140     String serviceType;
 141
 142     MsaWS service;
 143
 144     public Jws2Instance(String hosturl, String serviceType, MsaWS service)
 145     {
 146       super();
 147       this.hosturl = hosturl;
 148       this.serviceType = serviceType;
 149       this.service = service;
 150     }
 151     PresetManager presets = null;
 152     /**
 153      * non thread safe - gets the presets for this service (blocks whilst it calls the service to get the preset set)
 154      * @return service presets or null if exceptions were raised.
 155      */
 156     public PresetManager getPresets() {
 157       if (presets == null)
 158       {
 159         try {
 160           presets = service.getPresets();
 161         } catch (Exception ex)
 162         {
 163           System.err.println("Exception when retrieving presets for service "+serviceType+" at "+hosturl);
 164         }
 165       }
 166       return presets;
 167     }
 168   };
 169
 170   /**
 171    * holds list of services.
 172    */
 173   Vector<Jws2Instance> services;
 174
 175   @Override
 176   public void attachWSMenuEntry(JMenu wsmenu, final AlignFrame alignFrame)
 177   {
 178     if (running || services==null || services.size() == 0)
 179     {
 180       return;
 181     }
 182     /**
 183      * eventually, JWS2 services will appear under the same align/etc submenus.
 184      * for moment we keep them separate.
 185      */
 186     JMenu jws2 = new JMenu("JWS2 Alignment");
 187     MsaWSClient msacl = new MsaWSClient();
 188     for (final Jws2Instance service : services)
 189     {
 190       msacl.attachWSMenuEntry(jws2, service, alignFrame);
 191       /*JMenuItem sitem = new JMenuItem(service.serviceType);
 192       sitem.setToolTipText("Hosted at " + service.hosturl);
 193       sitem.addActionListener(new ActionListener()
 194       {
 195
 196         @Override
 197         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 198         {
 199           AlignmentView msa = alignFrame.gatherSequencesForAlignment();
 200           MsaWSClient client = new MsaWSClient(service,
 201                   "JWS2 Alignment of " + alignFrame.getTitle(), msa, false,
 202                   true, alignFrame.getViewport().getAlignment().getDataset(),
 203                   alignFrame);
 204         }
 205       });*/
 206     }
 207     if (services.size()>0)
 208     {
 209       wsmenu.add(jws2);
 210     }
 211
 212   }
 213   public static void main(String[] args)
 214   {
 215     Thread runner = new Thread(getDiscoverer());
 216     getDiscoverer().addPropertyChangeListener(new PropertyChangeListener() {
 217
 218       @Override
 219       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 220       {
 221         System.out.println("Changesupport: There are now "+getDiscoverer().services.size()+" services");
 222       }
 223     });
 224     runner.start();
 225     while (runner.isAlive())
 226     {
 227       try
 228       {
 229         Thread.sleep(50);
 230       } catch (InterruptedException e)
 231       {
 232       }
 233       ;
 234     }
 235   }
 236   private static Jws2Discoverer discoverer;
 237   public static Jws2Discoverer getDiscoverer()
 238   {
 239     if (discoverer==null)
 240     {
 241       discoverer = new Jws2Discoverer();
 242     }
 243     return discoverer;
 244   }
 245
 246   public boolean hasServices()
 247   {
 248     // TODO Auto-generated method stub
 249     return !running && services!=null && services.size()>0;
 250   }
 251
 252   public boolean isRunning()
 253   {
 254     return running;
 255   }
 256
 257 }