src/jalview/ws/jws2/Jws2Discoverer.java

   1 package jalview.ws.jws2;
   2
   3 import java.awt.event.ActionEvent;
   4 import java.awt.event.ActionListener;
   5 import java.beans.PropertyChangeEvent;
   6 import java.beans.PropertyChangeListener;
   7 import java.net.ConnectException;
   8 import java.util.HashSet;
   9 import java.util.Vector;
  10
  11 import javax.swing.JMenu;
  12 import javax.swing.JMenuItem;
  13
  14 import org.apache.log4j.Level;
  15
  16 import jalview.bin.Cache;
  17 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  18 import jalview.gui.AlignFrame;
  19 import jalview.ws.WSMenuEntryProviderI;
  20 import compbio.data.msa.MsaWS;
  21 import compbio.metadata.Preset;
  22 import compbio.metadata.PresetManager;
  23 import compbio.ws.client.Jws2Base;
  24 import compbio.ws.client.Jws2Base.Services;
  25
  26 /**
  27  * discoverer for jws2 services. Follows the lightweight service discoverer
  28  * pattern (archetyped by EnfinEnvision2OneWay)
  29  *
  30  * @author JimP
  31  *
  32  */
  33 public class Jws2Discoverer implements Runnable, WSMenuEntryProviderI
  34 {
  35   private java.beans.PropertyChangeSupport changeSupport = new java.beans.PropertyChangeSupport(
  36           this);
  37
  38   /**
  39    * change listeners are notified of "services" property changes
  40    *
  41    * @param listener
  42    *          to be added that consumes new services Hashtable object.
  43    */
  44   public void addPropertyChangeListener(
  45           java.beans.PropertyChangeListener listener)
  46   {
  47     changeSupport.addPropertyChangeListener(listener);
  48   }
  49
  50   /**
  51    *
  52    *
  53    * @param listener
  54    *          to be removed
  55    */
  56   public void removePropertyChangeListener(
  57           java.beans.PropertyChangeListener listener)
  58   {
  59     changeSupport.removePropertyChangeListener(listener);
  60   }
  61
  62   boolean running = false;
  63
  64   @Override
  65   public void run()
  66   {
  67     if (running)
  68     {
  69       return;
  70     }
  71     running = true;
  72     try
  73     {
  74       Class foo = getClass().getClassLoader().loadClass(
  75               "compbio.ws.client.Jws2Base");
  76     } catch (ClassNotFoundException e)
  77     {
  78       System.err
  79               .println("Not enabling Jalview Webservices version 2: client jar is not available."
  80                       +"\nPlease check that your webstart JNLP file is up to date!");
  81       running = false;
  82       return;
  83     }
  84     // Cache.initLogger();
  85     // Cache.log.setLevel(Level.DEBUG);
  86     // TODO: Document and PACK JWS2
  87     String jwsservers = Cache.getDefault("JWS2HOSTURLS",
  88             "http://webservices.compbio.dundee.ac.uk:8084/jws2");
  89     try
  90     {
  91       if (Jws2Base.validURL(jwsservers))
  92       {
  93         // look for services
  94         for (Services srv : Jws2Base.Services.values())
  95         {
  96           MsaWS service = null;
  97           try
  98           {
  99             service = Jws2Base.connect(jwsservers, srv);
 100           } catch (Exception e)
 101           {
 102             System.err.println("Jws2 Discoverer: Problem with "
 103                     + jwsservers + " with service " + srv + ":\n"
 104                     + e.getMessage());
 105             if (!(e instanceof javax.xml.ws.WebServiceException))
 106             {
 107               e.printStackTrace();
 108             }
 109           }
 110           ;
 111           if (service != null)
 112           {
 113             addService(jwsservers, srv, service);
 114           }
 115         }
 116
 117       }
 118       else
 119       {
 120         Cache.log.info("Ignoring invalid Jws2 service url " + jwsservers);
 121       }
 122     } catch (Exception e)
 123     {
 124       e.printStackTrace();
 125       Cache.log.warn("Exception when discovering Jws2 services.", e);
 126     } catch (Error e)
 127     {
 128       Cache.log.error("Exception when discovering Jws2 services.", e);
 129     }
 130     running = false;
 131     changeSupport.firePropertyChange("services", new Vector(), services);
 132   }
 133
 134   /**
 135    * record this service endpoint so we can use it
 136    *
 137    * @param jwsservers
 138    * @param srv
 139    * @param service2
 140    */
 141   private void addService(String jwsservers, Services srv, MsaWS service2)
 142   {
 143     if (services == null)
 144     {
 145       services = new Vector<Jws2Instance>();
 146     }
 147     System.out.println("Discovered service: " + jwsservers + " "
 148             + srv.toString());
 149     services.add(new Jws2Instance(jwsservers, "Align with "
 150             + srv.toString(), service2));
 151   }
 152
 153   public class Jws2Instance
 154   {
 155     String hosturl;
 156
 157     String serviceType;
 158
 159     MsaWS service;
 160
 161     public Jws2Instance(String hosturl, String serviceType, MsaWS service)
 162     {
 163       super();
 164       this.hosturl = hosturl;
 165       this.serviceType = serviceType;
 166       this.service = service;
 167     }
 168
 169     PresetManager presets = null;
 170
 171     /**
 172      * non thread safe - gets the presets for this service (blocks whilst it
 173      * calls the service to get the preset set)
 174      *
 175      * @return service presets or null if exceptions were raised.
 176      */
 177     public PresetManager getPresets()
 178     {
 179       if (presets == null)
 180       {
 181         try
 182         {
 183           presets = service.getPresets();
 184         } catch (Exception ex)
 185         {
 186           System.err
 187                   .println("Exception when retrieving presets for service "
 188                           + serviceType + " at " + hosturl);
 189         }
 190       }
 191       return presets;
 192     }
 193   };
 194
 195   /**
 196    * holds list of services.
 197    */
 198   Vector<Jws2Instance> services;
 199
 200   @Override
 201   public void attachWSMenuEntry(JMenu wsmenu, final AlignFrame alignFrame)
 202   {
 203     if (running || services == null || services.size() == 0)
 204     {
 205       return;
 206     }
 207     /**
 208      * eventually, JWS2 services will appear under the same align/etc submenus.
 209      * for moment we keep them separate.
 210      */
 211     JMenu jws2 = new JMenu("JWS2 Alignment");
 212     MsaWSClient msacl = new MsaWSClient();
 213     for (final Jws2Instance service : services)
 214     {
 215       msacl.attachWSMenuEntry(jws2, service, alignFrame);
 216       /*
 217        * JMenuItem sitem = new JMenuItem(service.serviceType);
 218        * sitem.setToolTipText("Hosted at " + service.hosturl);
 219        * sitem.addActionListener(new ActionListener() {
 220        *
 221        * @Override public void actionPerformed(ActionEvent e) { AlignmentView
 222        * msa = alignFrame.gatherSequencesForAlignment(); MsaWSClient client =
 223        * new MsaWSClient(service, "JWS2 Alignment of " + alignFrame.getTitle(),
 224        * msa, false, true, alignFrame.getViewport().getAlignment().getDataset(),
 225        * alignFrame); } });
 226        */
 227     }
 228     if (services.size() > 0)
 229     {
 230       wsmenu.add(jws2);
 231     }
 232
 233   }
 234
 235   public static void main(String[] args)
 236   {
 237     Thread runner = new Thread(getDiscoverer());
 238     getDiscoverer().addPropertyChangeListener(new PropertyChangeListener()
 239     {
 240
 241       @Override
 242       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 243       {
 244         System.out.println("Changesupport: There are now "
 245                 + getDiscoverer().services.size() + " services");
 246       }
 247     });
 248     runner.start();
 249     while (runner.isAlive())
 250     {
 251       try
 252       {
 253         Thread.sleep(50);
 254       } catch (InterruptedException e)
 255       {
 256       }
 257       ;
 258     }
 259   }
 260
 261   private static Jws2Discoverer discoverer;
 262
 263   public static Jws2Discoverer getDiscoverer()
 264   {
 265     if (discoverer == null)
 266     {
 267       discoverer = new Jws2Discoverer();
 268     }
 269     return discoverer;
 270   }
 271
 272   public boolean hasServices()
 273   {
 274     // TODO Auto-generated method stub
 275     return !running && services != null && services.size() > 0;
 276   }
 277
 278   public boolean isRunning()
 279   {
 280     return running;
 281   }
 282
 283 }