src/jalview/ws/jws2/Jws2Discoverer.java

   1 package jalview.ws.jws2;
   2
   3 import java.awt.event.ActionEvent;
   4 import java.awt.event.ActionListener;
   5 import java.util.HashSet;
   6 import java.util.Vector;
   7
   8 import javax.swing.JMenu;
   9 import javax.swing.JMenuItem;
  10
  11 import org.apache.log4j.Level;
  12
  13 import jalview.bin.Cache;
  14 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  15 import jalview.gui.AlignFrame;
  16 import jalview.ws.WSMenuEntryProviderI;
  17 import compbio.data.msa.MsaWS;
  18 import compbio.ws.client.Jws2Base;
  19 import compbio.ws.client.Jws2Base.Services;
  20
  21 /**
  22  * discoverer for jws2 services. Follows the lightweight service discoverer
  23  * pattern (archetyped by EnfinEnvision2OneWay)
  24  *
  25  * @author JimP
  26  *
  27  */
  28 public class Jws2Discoverer implements Runnable, WSMenuEntryProviderI
  29 {
  30   compbio.data.msa.MsaWS service;
  31   boolean running=false;
  32   @Override
  33   public void run()
  34   {
  35     if (running)
  36     {
  37       return;
  38     }
  39     running=true;
  40 //    Cache.initLogger();
  41 //    Cache.log.setLevel(Level.DEBUG);
  42     // TODO: Document and PACK JWS2
  43     String jwsservers = Cache.getDefault("JWS2HOSTURLS",
  44             "http://webservices.compbio.dundee.ac.uk:8084/jws2");
  45     try
  46     {
  47       if (Jws2Base.validURL(jwsservers))
  48       {
  49         // look for services
  50         for (Services srv : Jws2Base.Services.values())
  51         {
  52           MsaWS service = null;
  53           try
  54           {
  55             service = Jws2Base.connect(jwsservers, srv);
  56           } catch (Exception e)
  57           {
  58           }
  59           ;
  60           if (service != null)
  61           {
  62             addService(jwsservers, srv, service);
  63           }
  64         }
  65
  66       }
  67       else
  68       {
  69         Cache.log.info("Ignoring invalid Jws2 service url " + jwsservers);
  70       }
  71     } catch (Exception e)
  72     {
  73       Cache.log.warn("Exception when discovering Jws2 services.", e);
  74     } catch (Error e)
  75     {
  76       Cache.log.error("Exception when discovering Jws2 services.", e);
  77     }
  78     running=false;
  79
  80   }
  81
  82   /**
  83    * record this service endpoint so we can use it
  84    *
  85    * @param jwsservers
  86    * @param srv
  87    * @param service2
  88    */
  89   private void addService(String jwsservers, Services srv, MsaWS service2)
  90   {
  91     Cache.log.debug("Discovered service: " + jwsservers + " "
  92             + srv.toString());
  93     if (services==null) {
  94       services = new Vector<Jws2Instance>();
  95     }
  96     services.add(new Jws2Instance(jwsservers, "Align with "
  97             + srv.toString(), service2));
  98   }
  99
 100   public class Jws2Instance
 101   {
 102     String hosturl;
 103
 104     String serviceType;
 105
 106     MsaWS service;
 107
 108     public Jws2Instance(String hosturl, String serviceType, MsaWS service)
 109     {
 110       super();
 111       this.hosturl = hosturl;
 112       this.serviceType = serviceType;
 113       this.service = service;
 114     }
 115
 116   };
 117
 118   /**
 119    * holds list of services.
 120    */
 121   Vector<Jws2Instance> services;
 122
 123   @Override
 124   public void attachWSMenuEntry(JMenu wsmenu, final AlignFrame alignFrame)
 125   {
 126     if (running || services==null || services.size() == 0)
 127     {
 128       return;
 129     }
 130     /**
 131      * eventually, JWS2 services will appear under the same align/etc submenus.
 132      * for moment we keep them separate.
 133      */
 134     JMenu jws2 = new JMenu("JWS2 Alignment");
 135     MsaWSClient msacl = new MsaWSClient();
 136     for (final Jws2Instance service : services)
 137     {
 138       msacl.attachWSMenuEntry(jws2, service, alignFrame);
 139       /*JMenuItem sitem = new JMenuItem(service.serviceType);
 140       sitem.setToolTipText("Hosted at " + service.hosturl);
 141       sitem.addActionListener(new ActionListener()
 142       {
 143
 144         @Override
 145         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 146         {
 147           AlignmentView msa = alignFrame.gatherSequencesForAlignment();
 148           MsaWSClient client = new MsaWSClient(service,
 149                   "JWS2 Alignment of " + alignFrame.getTitle(), msa, false,
 150                   true, alignFrame.getViewport().getAlignment().getDataset(),
 151                   alignFrame);
 152         }
 153       });*/
 154     }
 155     if (services.size()>0)
 156     {
 157       wsmenu.add(jws2);
 158     }
 159
 160   }
 161   public static void main(String[] args)
 162   {
 163     Thread runner = new Thread(getDiscoverer());
 164     runner.start();
 165     while (runner.isAlive())
 166     {
 167       try
 168       {
 169         Thread.sleep(50);
 170       } catch (InterruptedException e)
 171       {
 172       }
 173       ;
 174     }
 175   }
 176   private static Jws2Discoverer discoverer;
 177   public static Jws2Discoverer getDiscoverer()
 178   {
 179     if (discoverer==null)
 180     {
 181       discoverer = new Jws2Discoverer();
 182     }
 183     return discoverer;
 184   }
 185
 186   public boolean hasServices()
 187   {
 188     // TODO Auto-generated method stub
 189     return services!=null && services.size()>0;
 190   }
 191
 192 }