src/jalview/ws/jws2/Jws2Discoverer.java

   1 package jalview.ws.jws2;
   2
   3 import java.awt.event.ActionEvent;
   4 import java.awt.event.ActionListener;
   5 import java.net.ConnectException;
   6 import java.util.HashSet;
   7 import java.util.Vector;
   8
   9 import javax.swing.JMenu;
  10 import javax.swing.JMenuItem;
  11
  12 import org.apache.log4j.Level;
  13
  14 import jalview.bin.Cache;
  15 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  16 import jalview.gui.AlignFrame;
  17 import jalview.ws.WSMenuEntryProviderI;
  18 import compbio.data.msa.MsaWS;
  19 import compbio.ws.client.Jws2Base;
  20 import compbio.ws.client.Jws2Base.Services;
  21
  22 /**
  23  * discoverer for jws2 services. Follows the lightweight service discoverer
  24  * pattern (archetyped by EnfinEnvision2OneWay)
  25  *
  26  * @author JimP
  27  *
  28  */
  29 public class Jws2Discoverer implements Runnable, WSMenuEntryProviderI
  30 {
  31   private java.beans.PropertyChangeSupport changeSupport = new java.beans.PropertyChangeSupport(this);
  32
  33   /**
  34    * change listeners are notified of "services" property changes
  35    *
  36    * @param listener
  37    *          to be added that consumes new services Hashtable object.
  38    */
  39   public void addPropertyChangeListener(
  40           java.beans.PropertyChangeListener listener)
  41   {
  42     changeSupport.addPropertyChangeListener(listener);
  43   }
  44
  45   /**
  46    *
  47    *
  48    * @param listener
  49    *          to be removed
  50    */
  51   public void removePropertyChangeListener(
  52           java.beans.PropertyChangeListener listener)
  53   {
  54     changeSupport.removePropertyChangeListener(listener);
  55   }
  56
  57   boolean running=false;
  58   @Override
  59   public void run()
  60   {
  61     if (running)
  62     {
  63       return;
  64     }
  65     running=true;
  66 //    Cache.initLogger();
  67 //    Cache.log.setLevel(Level.DEBUG);
  68     // TODO: Document and PACK JWS2
  69     String jwsservers = Cache.getDefault("JWS2HOSTURLS",
  70             "http://webservices.compbio.dundee.ac.uk:8084/jws2");
  71     try
  72     {
  73       if (Jws2Base.validURL(jwsservers))
  74       {
  75         // look for services
  76         for (Services srv : Jws2Base.Services.values())
  77         {
  78           MsaWS service = null;
  79           try
  80           {
  81             service = Jws2Base.connect(jwsservers, srv);
  82           }
  83           catch (Exception e)
  84           {
  85             System.err.println("Jws2 Discoverer: Problem with "+jwsservers+" with service "+srv+":\n"+e.getMessage());
  86             if (!(e instanceof javax.xml.ws.WebServiceException)) {
  87               e.printStackTrace();
  88             }
  89           }
  90           ;
  91           if (service != null)
  92           {
  93             addService(jwsservers, srv, service);
  94           }
  95         }
  96
  97       }
  98       else
  99       {
 100         Cache.log.info("Ignoring invalid Jws2 service url " + jwsservers);
 101       }
 102     } catch (Exception e)
 103     {
 104       e.printStackTrace();
 105       Cache.log.warn("Exception when discovering Jws2 services.", e);
 106     } catch (Error e)
 107     {
 108       Cache.log.error("Exception when discovering Jws2 services.", e);
 109     }
 110     running=false;
 111     changeSupport.firePropertyChange("services", new Vector(), services);
 112   }
 113
 114   /**
 115    * record this service endpoint so we can use it
 116    *
 117    * @param jwsservers
 118    * @param srv
 119    * @param service2
 120    */
 121   private void addService(String jwsservers, Services srv, MsaWS service2)
 122   {
 123     if (services==null) {
 124       services = new Vector<Jws2Instance>();
 125     }
 126     System.out.println("Discovered service: " + jwsservers + " "
 127             + srv.toString());
 128     services.add(new Jws2Instance(jwsservers, "Align with "
 129             + srv.toString(), service2));
 130   }
 131
 132   public class Jws2Instance
 133   {
 134     String hosturl;
 135
 136     String serviceType;
 137
 138     MsaWS service;
 139
 140     public Jws2Instance(String hosturl, String serviceType, MsaWS service)
 141     {
 142       super();
 143       this.hosturl = hosturl;
 144       this.serviceType = serviceType;
 145       this.service = service;
 146     }
 147
 148   };
 149
 150   /**
 151    * holds list of services.
 152    */
 153   Vector<Jws2Instance> services;
 154
 155   @Override
 156   public void attachWSMenuEntry(JMenu wsmenu, final AlignFrame alignFrame)
 157   {
 158     if (running || services==null || services.size() == 0)
 159     {
 160       return;
 161     }
 162     /**
 163      * eventually, JWS2 services will appear under the same align/etc submenus.
 164      * for moment we keep them separate.
 165      */
 166     JMenu jws2 = new JMenu("JWS2 Alignment");
 167     MsaWSClient msacl = new MsaWSClient();
 168     for (final Jws2Instance service : services)
 169     {
 170       msacl.attachWSMenuEntry(jws2, service, alignFrame);
 171       /*JMenuItem sitem = new JMenuItem(service.serviceType);
 172       sitem.setToolTipText("Hosted at " + service.hosturl);
 173       sitem.addActionListener(new ActionListener()
 174       {
 175
 176         @Override
 177         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 178         {
 179           AlignmentView msa = alignFrame.gatherSequencesForAlignment();
 180           MsaWSClient client = new MsaWSClient(service,
 181                   "JWS2 Alignment of " + alignFrame.getTitle(), msa, false,
 182                   true, alignFrame.getViewport().getAlignment().getDataset(),
 183                   alignFrame);
 184         }
 185       });*/
 186     }
 187     if (services.size()>0)
 188     {
 189       wsmenu.add(jws2);
 190     }
 191
 192   }
 193   public static void main(String[] args)
 194   {
 195     Thread runner = new Thread(getDiscoverer());
 196     runner.start();
 197     while (runner.isAlive())
 198     {
 199       try
 200       {
 201         Thread.sleep(50);
 202       } catch (InterruptedException e)
 203       {
 204       }
 205       ;
 206     }
 207   }
 208   private static Jws2Discoverer discoverer;
 209   public static Jws2Discoverer getDiscoverer()
 210   {
 211     if (discoverer==null)
 212     {
 213       discoverer = new Jws2Discoverer();
 214     }
 215     return discoverer;
 216   }
 217
 218   public boolean hasServices()
 219   {
 220     // TODO Auto-generated method stub
 221     return !running && services!=null && services.size()>0;
 222   }
 223
 224   public boolean isRunning()
 225   {
 226     return running;
 227   }
 228
 229 }