src/jalview/ws/jws2/MsaWSClient.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jws2;
  22
  23 import java.awt.event.ActionEvent;
  24 import java.awt.event.ActionListener;
  25 import java.util.List;
  26
  27 import javax.swing.*;
  28
  29 import jalview.datamodel.*;
  30 import jalview.gui.*;
  31 import compbio.data.msa.MsaWS;
  32 import compbio.metadata.Argument;
  33 import jalview.util.MessageManager;
  34 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  35 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  36
  37 /**
  38  * DOCUMENT ME!
  39  *
  40  * @author $author$
  41  * @version $Revision$
  42  */
  43 public class MsaWSClient extends Jws2Client
  44 {
  45   /**
  46    * server is a WSDL2Java generated stub for an archetypal MsaWSI service.
  47    */
  48   MsaWS server;
  49
  50   public MsaWSClient(Jws2Instance sh, String altitle,
  51           jalview.datamodel.AlignmentView msa, boolean submitGaps,
  52           boolean preserveOrder, Alignment seqdataset,
  53           AlignFrame _alignFrame)
  54   {
  55     this(sh, null, null, false, altitle, msa, submitGaps, preserveOrder,
  56             seqdataset, _alignFrame);
  57     // TODO Auto-generated constructor stub
  58   }
  59
  60   public MsaWSClient(Jws2Instance sh, WsParamSetI preset, String altitle,
  61           jalview.datamodel.AlignmentView msa, boolean submitGaps,
  62           boolean preserveOrder, Alignment seqdataset,
  63           AlignFrame _alignFrame)
  64   {
  65     this(sh, preset, null, false, altitle, msa, submitGaps, preserveOrder,
  66             seqdataset, _alignFrame);
  67     // TODO Auto-generated constructor stub
  68   }
  69
  70   /**
  71    * Creates a new MsaWSClient object that uses a service given by an externally
  72    * retrieved ServiceHandle
  73    *
  74    * @param sh
  75    *          service handle of type AbstractName(MsaWS)
  76    * @param altitle
  77    *          DOCUMENT ME!
  78    * @param msa
  79    *          DOCUMENT ME!
  80    * @param submitGaps
  81    *          DOCUMENT ME!
  82    * @param preserveOrder
  83    *          DOCUMENT ME!
  84    */
  85
  86   public MsaWSClient(Jws2Instance sh, WsParamSetI preset,
  87           List<Argument> arguments, boolean editParams, String altitle,
  88           jalview.datamodel.AlignmentView msa, boolean submitGaps,
  89           boolean preserveOrder, Alignment seqdataset,
  90           AlignFrame _alignFrame)
  91   {
  92     super(_alignFrame, preset, arguments);
  93     if (!processParams(sh, editParams))
  94     {
  95       return;
  96     }
  97
  98     if (!(sh.service instanceof MsaWS))
  99     {
 100       // redundant at mo - but may change
 101       JOptionPane
 102               .showMessageDialog(
 103                       Desktop.desktop,
 104                       "The Service called \n"
 105                               + sh.serviceType
 106                               + "\nis not a \nMultiple Sequence Alignment Service !",
 107                       "Internal Jalview Error", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 108
 109       return;
 110     }
 111     server = (MsaWS) sh.service;
 112     if ((wsInfo = setWebService(sh, false)) == null)
 113     {
 114       JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,
 115               "The Multiple Sequence Alignment Service named "
 116                       + sh.serviceType + " is unknown",
 117               "Internal Jalview Error", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 118
 119       return;
 120     }
 121     startMsaWSClient(altitle, msa, submitGaps, preserveOrder, seqdataset);
 122
 123   }
 124
 125   public MsaWSClient()
 126   {
 127     super();
 128     // add a class reference to the list
 129   }
 130
 131   private void startMsaWSClient(String altitle, AlignmentView msa,
 132           boolean submitGaps, boolean preserveOrder, Alignment seqdataset)
 133   {
 134     // if (!locateWebService())
 135     // {
 136     // return;
 137     // }
 138
 139     wsInfo.setProgressText(((submitGaps) ? "Re-alignment" : "Alignment")
 140             + " of " + altitle + "\nJob details\n");
 141     String jobtitle = WebServiceName.toLowerCase();
 142     if (jobtitle.endsWith("alignment"))
 143     {
 144       if (submitGaps
 145               && (!jobtitle.endsWith("realignment") || jobtitle
 146                       .indexOf("profile") == -1))
 147       {
 148         int pos = jobtitle.indexOf("alignment");
 149         jobtitle = WebServiceName.substring(0, pos) + "re-alignment of "
 150                 + altitle;
 151       }
 152       else
 153       {
 154         jobtitle = WebServiceName + " of " + altitle;
 155       }
 156     }
 157     else
 158     {
 159       jobtitle = WebServiceName + (submitGaps ? " re" : " ")
 160               + "alignment of " + altitle;
 161     }
 162
 163     MsaWSThread msathread = new MsaWSThread(server, preset, paramset,
 164             WsURL, wsInfo, alignFrame, WebServiceName, jobtitle, msa,
 165             submitGaps, preserveOrder, seqdataset);
 166     wsInfo.setthisService(msathread);
 167     msathread.start();
 168   }
 169
 170   protected String getServiceActionKey()
 171   {
 172     return "MsaWS";
 173   }
 174
 175   protected String getServiceActionDescription()
 176   {
 177     return "Multiple Sequence Alignment";
 178   }
 179
 180   /**
 181    * look at ourselves and work out if we are a service that can take a profile
 182    * and align to it
 183    *
 184    * @return true if we can send gapped sequences to the alignment service
 185    */
 186   private boolean canSubmitGaps()
 187   {
 188     // TODO: query service or extract service handle props to check if we can
 189     // realign
 190     return (WebServiceName.indexOf("lustal") > -1); // cheat!
 191   }
 192
 193   public void attachWSMenuEntry(JMenu rmsawsmenu,
 194           final Jws2Instance service, final AlignFrame alignFrame)
 195   {
 196     setWebService(service, true); // headless
 197     boolean finished = true, submitGaps = false;
 198     JMenu msawsmenu = rmsawsmenu;
 199     String svcname = WebServiceName;
 200     if (svcname.endsWith("WS"))
 201     {
 202       svcname = svcname.substring(0, svcname.length() - 2);
 203     }
 204     String calcName = svcname + " ";
 205     if (canSubmitGaps())
 206     {
 207       msawsmenu = new JMenu(svcname);
 208       rmsawsmenu.add(msawsmenu);
 209       calcName = "";
 210     }
 211     boolean hasparams = service.hasParameters();
 212     do
 213     {
 214       String action = "Align ";
 215       if (submitGaps == true)
 216       {
 217         action = "Realign ";
 218         msawsmenu = new JMenu(MessageManager.formatMessage("label.realign_with_params", new String[]{svcname}));
 219         msawsmenu
 220                 .setToolTipText(MessageManager.getString("label.align_sequences_to_existing_alignment"));
 221         rmsawsmenu.add(msawsmenu);
 222       }
 223       final boolean withGaps = submitGaps;
 224
 225       JMenuItem method = new JMenuItem(MessageManager.formatMessage("label.calcname_with_default_settings", new String[]{calcName}));
 226       method.setToolTipText(MessageManager.formatMessage("label.action_with_default_settings", new String[]{action}));
 227
 228       method.addActionListener(new ActionListener()
 229       {
 230         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 231         {
 232           AlignmentView msa = alignFrame.gatherSequencesForAlignment();
 233           new MsaWSClient(service, alignFrame.getTitle(), msa, withGaps,
 234                   true, alignFrame.getViewport().getAlignment()
 235                           .getDataset(), alignFrame);
 236
 237         }
 238       });
 239       msawsmenu.add(method);
 240       if (hasparams)
 241       {
 242         // only add these menu options if the service has user-modifiable
 243         // arguments
 244         method = new JMenuItem(MessageManager.getString("label.edit_settings_and_run"));
 245         method.setToolTipText(MessageManager.getString("label.view_and_change_parameters_before_alignment"));
 246
 247         method.addActionListener(new ActionListener()
 248         {
 249           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 250           {
 251             AlignmentView msa = alignFrame.gatherSequencesForAlignment();
 252             new MsaWSClient(service, null, null, true, alignFrame
 253                     .getTitle(), msa, withGaps, true, alignFrame
 254                     .getViewport().getAlignment().getDataset(), alignFrame);
 255
 256           }
 257         });
 258         msawsmenu.add(method);
 259         List<WsParamSetI> presets = service.getParamStore().getPresets();
 260         if (presets != null && presets.size() > 0)
 261         {
 262           JMenu presetlist = new JMenu(MessageManager.formatMessage("label.run_with_preset_params", new String[]{calcName}));
 263
 264           for (final WsParamSetI preset : presets)
 265           {
 266             final JMenuItem methodR = new JMenuItem(preset.getName());
 267             methodR.setToolTipText("<html><p>"
 268                     + JvSwingUtils.wrapTooltip("<strong>"
 269                             + (preset.isModifiable() ? "User Preset"
 270                                     : "Service Preset") + "</strong><br/>"
 271                             + preset.getDescription() + "</p>") + "</html>");
 272             methodR.addActionListener(new ActionListener()
 273             {
 274               public void actionPerformed(ActionEvent e)
 275               {
 276                 AlignmentView msa = alignFrame
 277                         .gatherSequencesForAlignment();
 278                 new MsaWSClient(service, preset, alignFrame.getTitle(),
 279                         msa, false, true, alignFrame.getViewport()
 280                                 .getAlignment().getDataset(), alignFrame);
 281
 282               }
 283
 284             });
 285             presetlist.add(methodR);
 286           }
 287           msawsmenu.add(presetlist);
 288         }
 289       }
 290       if (!submitGaps && canSubmitGaps())
 291       {
 292         submitGaps = true;
 293         finished = false;
 294       }
 295       else
 296       {
 297         finished = true;
 298       }
 299     } while (!finished);
 300   }
 301 }