src/jalview/ws/jws2/MsaWSClient.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.ws.jws2;
  19
  20 import java.awt.event.ActionEvent;
  21 import java.awt.event.ActionListener;
  22 import java.util.ArrayList;
  23 import java.util.List;
  24
  25 import javax.swing.*;
  26
  27 import jalview.datamodel.*;
  28 import jalview.gui.*;
  29 import compbio.data.msa.MsaWS;
  30 import compbio.metadata.Argument;
  31 import compbio.metadata.Option;
  32 import compbio.metadata.Preset;
  33 import compbio.metadata.PresetManager;
  34 import jalview.ws.jws2.dm.JabaWsParamSet;
  35 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  36 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  37
  38 /**
  39  * DOCUMENT ME!
  40  *
  41  * @author $author$
  42  * @version $Revision$
  43  */
  44 public class MsaWSClient extends Jws2Client
  45 {
  46   /**
  47    * server is a WSDL2Java generated stub for an archetypal MsaWSI service.
  48    */
  49   MsaWS server;
  50
  51   public MsaWSClient(Jws2Instance sh, String altitle,
  52           jalview.datamodel.AlignmentView msa, boolean submitGaps,
  53           boolean preserveOrder, Alignment seqdataset,
  54           AlignFrame _alignFrame)
  55   {
  56     this(sh, null, null, false, altitle, msa, submitGaps, preserveOrder,
  57             seqdataset, _alignFrame);
  58     // TODO Auto-generated constructor stub
  59   }
  60
  61   public MsaWSClient(Jws2Instance sh, WsParamSetI preset,
  62           String altitle, jalview.datamodel.AlignmentView msa,
  63           boolean submitGaps, boolean preserveOrder, Alignment seqdataset,
  64           AlignFrame _alignFrame)
  65   {
  66     this(sh, preset, null, false, altitle, msa, submitGaps, preserveOrder,
  67             seqdataset, _alignFrame);
  68     // TODO Auto-generated constructor stub
  69   }
  70
  71   /**
  72    * Creates a new MsaWSClient object that uses a service given by an externally
  73    * retrieved ServiceHandle
  74    *
  75    * @param sh
  76    *          service handle of type AbstractName(MsaWS)
  77    * @param altitle
  78    *          DOCUMENT ME!
  79    * @param msa
  80    *          DOCUMENT ME!
  81    * @param submitGaps
  82    *          DOCUMENT ME!
  83    * @param preserveOrder
  84    *          DOCUMENT ME!
  85    */
  86
  87   public MsaWSClient(Jws2Instance sh, WsParamSetI preset,
  88           List<Argument> arguments, boolean editParams, String altitle,
  89           jalview.datamodel.AlignmentView msa, boolean submitGaps,
  90           boolean preserveOrder, Alignment seqdataset,
  91           AlignFrame _alignFrame)
  92   {
  93     super(_alignFrame, preset, arguments);
  94     if (!processParams(sh, editParams))
  95     {
  96       return;
  97     }
  98
  99     if (!(sh.service instanceof MsaWS))
 100     {
 101       // redundant at mo - but may change
 102       JOptionPane
 103               .showMessageDialog(
 104                       Desktop.desktop,
 105                       "The Service called \n"
 106                               + sh.serviceType
 107                               + "\nis not a \nMultiple Sequence Alignment Service !",
 108                       "Internal Jalview Error", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 109
 110       return;
 111     }
 112     server = (MsaWS) sh.service;
 113     if ((wsInfo = setWebService(sh, false)) == null)
 114     {
 115       JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,
 116               "The Multiple Sequence Alignment Service named "
 117                       + sh.serviceType + " is unknown",
 118               "Internal Jalview Error", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 119
 120       return;
 121     }
 122     startMsaWSClient(altitle, msa, submitGaps, preserveOrder, seqdataset);
 123
 124   }
 125
 126   public MsaWSClient()
 127   {
 128     super();
 129     // add a class reference to the list
 130   }
 131
 132   private void startMsaWSClient(String altitle, AlignmentView msa,
 133           boolean submitGaps, boolean preserveOrder, Alignment seqdataset)
 134   {
 135     // if (!locateWebService())
 136     // {
 137     // return;
 138     // }
 139
 140     wsInfo.setProgressText(((submitGaps) ? "Re-alignment" : "Alignment")
 141             + " of " + altitle + "\nJob details\n");
 142     String jobtitle = WebServiceName.toLowerCase();
 143     if (jobtitle.endsWith("alignment"))
 144     {
 145       if (submitGaps
 146               && (!jobtitle.endsWith("realignment") || jobtitle
 147                       .indexOf("profile") == -1))
 148       {
 149         int pos = jobtitle.indexOf("alignment");
 150         jobtitle = WebServiceName.substring(0, pos) + "re-alignment of "
 151                 + altitle;
 152       }
 153       else
 154       {
 155         jobtitle = WebServiceName + " of " + altitle;
 156       }
 157     }
 158     else
 159     {
 160       jobtitle = WebServiceName + (submitGaps ? " re" : " ")
 161               + "alignment of " + altitle;
 162     }
 163
 164     MsaWSThread msathread = new MsaWSThread(server, preset, paramset,
 165             WsURL, wsInfo, alignFrame, WebServiceName, jobtitle, msa,
 166             submitGaps, preserveOrder, seqdataset);
 167     wsInfo.setthisService(msathread);
 168     msathread.start();
 169   }
 170
 171   protected String getServiceActionKey()
 172   {
 173     return "MsaWS";
 174   }
 175
 176   protected String getServiceActionDescription()
 177   {
 178     return "Multiple Sequence Alignment";
 179   }
 180
 181   /**
 182    * look at ourselves and work out if we are a service that can take a profile
 183    * and align to it
 184    *
 185    * @return true if we can send gapped sequences to the alignment service
 186    */
 187   private boolean canSubmitGaps()
 188   {
 189     // TODO: query service or extract service handle props to check if we can
 190     // realign
 191     return (WebServiceName.indexOf("lustal") > -1); // cheat!
 192   }
 193
 194
 195   public void attachWSMenuEntry(JMenu rmsawsmenu,
 196           final Jws2Instance service, final AlignFrame alignFrame)
 197   {
 198     setWebService(service, true); // headless
 199     boolean finished = true, submitGaps = false;
 200     JMenu msawsmenu = rmsawsmenu;
 201     String svcname = WebServiceName;
 202     if (svcname.endsWith("WS"))
 203     {
 204       svcname = svcname.substring(0, svcname.length() - 2);
 205     }
 206     String calcName = svcname + " ";
 207     if (canSubmitGaps())
 208     {
 209       msawsmenu = new JMenu(svcname);
 210       rmsawsmenu.add(msawsmenu);
 211       calcName = "";
 212     }
 213     boolean hasparams = service.hasParameters();
 214     do
 215     {
 216       String action = "Align ";
 217       if (submitGaps == true)
 218       {
 219         action = "Realign ";
 220         msawsmenu = new JMenu("Realign with " + svcname);
 221         msawsmenu
 222                 .setToolTipText("Align sequences to an existing alignment");
 223         rmsawsmenu.add(msawsmenu);
 224       }
 225       final boolean withGaps = submitGaps;
 226
 227       JMenuItem method = new JMenuItem(calcName + "with Defaults");
 228       method.setToolTipText(action + "with default settings");
 229
 230       method.addActionListener(new ActionListener()
 231       {
 232         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 233         {
 234           AlignmentView msa = alignFrame.gatherSequencesForAlignment();
 235           new MsaWSClient(service, alignFrame.getTitle(), msa, withGaps,
 236                   true, alignFrame.getViewport().getAlignment()
 237                           .getDataset(), alignFrame);
 238
 239         }
 240       });
 241       msawsmenu.add(method);
 242       if (hasparams)
 243       {
 244         // only add these menu options if the service has user-modifiable
 245         // arguments
 246         method = new JMenuItem("Edit settings and run ...");
 247         method.setToolTipText("View and change the parameters before alignment.");
 248
 249         method.addActionListener(new ActionListener()
 250         {
 251           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 252           {
 253             AlignmentView msa = alignFrame.gatherSequencesForAlignment();
 254             new MsaWSClient(service, null, null, true, alignFrame
 255                     .getTitle(), msa, withGaps, true, alignFrame
 256                     .getViewport().getAlignment().getDataset(), alignFrame);
 257
 258           }
 259         });
 260         msawsmenu.add(method);
 261         List<WsParamSetI> presets = service.getParamStore().getPresets();
 262         if (presets != null && presets.size() > 0)
 263         {
 264           JMenu presetlist = new JMenu("Run "+calcName + "with preset");
 265
 266           for (final WsParamSetI preset : presets)
 267           {
 268             final JMenuItem methodR = new JMenuItem(preset.getName());
 269             methodR.setToolTipText("<html><p>"
 270                     + JvSwingUtils.wrapTooltip("<strong>"
 271                             + (preset.isModifiable() ? "User Preset"
 272                                     : "Service Preset") + "</strong><br/>"
 273                             + preset.getDescription() + "</p>") + "</html>");
 274             methodR.addActionListener(new ActionListener()
 275             {
 276               public void actionPerformed(ActionEvent e)
 277               {
 278                 AlignmentView msa = alignFrame
 279                         .gatherSequencesForAlignment();
 280                 new MsaWSClient(service, preset, alignFrame.getTitle(),
 281                         msa, false, true, alignFrame.getViewport()
 282                                 .getAlignment().getDataset(), alignFrame);
 283
 284               }
 285
 286             });
 287             presetlist.add(methodR);
 288           }
 289           msawsmenu.add(presetlist);
 290         }
 291       }
 292       if (!submitGaps && canSubmitGaps())
 293       {
 294         submitGaps = true;
 295         finished = false;
 296       }
 297       else
 298       {
 299         finished = true;
 300       }
 301     } while (!finished);
 302   }
 303 }