src/jalview/ws/jws2/MsaWSThread.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jws2;
  22
  23 import java.util.*;
  24
  25 import compbio.data.msa.MsaWS;
  26 import compbio.metadata.Argument;
  27 import compbio.metadata.ChunkHolder;
  28 import compbio.metadata.JobStatus;
  29 import compbio.metadata.Preset;
  30
  31 import jalview.analysis.*;
  32 import jalview.bin.*;
  33 import jalview.datamodel.*;
  34 import jalview.gui.*;
  35 import jalview.ws.AWsJob;
  36 import jalview.ws.WSClientI;
  37 import jalview.ws.JobStateSummary;
  38 import jalview.ws.jws2.dm.JabaWsParamSet;
  39 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  40
  41 class MsaWSThread extends AWS2Thread implements WSClientI
  42 {
  43   boolean submitGaps = false; // pass sequences including gaps to alignment
  44
  45   // service
  46
  47   boolean preserveOrder = true; // and always store and recover sequence
  48
  49   // order
  50
  51   class MsaWSJob extends JWs2Job
  52   {
  53     long lastChunk = 0;
  54
  55     WsParamSetI preset = null;
  56
  57     List<Argument> arguments = null;
  58
  59     /**
  60      * input
  61      */
  62     ArrayList<compbio.data.sequence.FastaSequence> seqs = new ArrayList<compbio.data.sequence.FastaSequence>();
  63
  64     /**
  65      * output
  66      */
  67     compbio.data.sequence.Alignment alignment;
  68
  69     // set if the job didn't get run - then the input is simply returned to the
  70     // user
  71     private boolean returnInput = false;
  72
  73     /**
  74      * MsaWSJob
  75      *
  76      * @param jobNum
  77      *          int
  78      * @param jobId
  79      *          String
  80      */
  81     public MsaWSJob(int jobNum, SequenceI[] inSeqs)
  82     {
  83       this.jobnum = jobNum;
  84       if (!prepareInput(inSeqs, 2))
  85       {
  86         submitted = true;
  87         subjobComplete = true;
  88         returnInput = true;
  89       }
  90
  91     }
  92
  93     Hashtable<String, Map> SeqNames = new Hashtable();
  94
  95     Vector<String[]> emptySeqs = new Vector();
  96
  97     /**
  98      * prepare input sequences for MsaWS service
  99      *
 100      * @param seqs
 101      *          jalview sequences to be prepared
 102      * @param minlen
 103      *          minimum number of residues required for this MsaWS service
 104      * @return true if seqs contains sequences to be submitted to service.
 105      */
 106     // TODO: return compbio.seqs list or nothing to indicate validity.
 107     private boolean prepareInput(SequenceI[] seqs, int minlen)
 108     {
 109       int nseqs = 0;
 110       if (minlen < 0)
 111       {
 112         throw new Error(
 113                 "Implementation error: minlen must be zero or more.");
 114       }
 115       for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
 116       {
 117         if (seqs[i].getEnd() - seqs[i].getStart() > minlen - 1)
 118         {
 119           nseqs++;
 120         }
 121       }
 122       boolean valid = nseqs > 1; // need at least two seqs
 123       compbio.data.sequence.FastaSequence seq;
 124       for (int i = 0, n = 0; i < seqs.length; i++)
 125       {
 126
 127         String newname = jalview.analysis.SeqsetUtils.unique_name(i); // same
 128         // for
 129         // any
 130         // subjob
 131         SeqNames.put(newname,
 132                 jalview.analysis.SeqsetUtils.SeqCharacterHash(seqs[i]));
 133         if (valid && seqs[i].getEnd() - seqs[i].getStart() > minlen - 1)
 134         {
 135           // make new input sequence with or without gaps
 136           seq = new compbio.data.sequence.FastaSequence(newname,
 137                   (submitGaps) ? seqs[i].getSequenceAsString()
 138                           : AlignSeq.extractGaps(
 139                                   jalview.util.Comparison.GapChars,
 140                                   seqs[i].getSequenceAsString()));
 141           this.seqs.add(seq);
 142         }
 143         else
 144         {
 145           String empty = null;
 146           if (seqs[i].getEnd() >= seqs[i].getStart())
 147           {
 148             empty = (submitGaps) ? seqs[i].getSequenceAsString() : AlignSeq
 149                     .extractGaps(jalview.util.Comparison.GapChars,
 150                             seqs[i].getSequenceAsString());
 151           }
 152           emptySeqs.add(new String[]
 153           { newname, empty });
 154         }
 155       }
 156       return valid;
 157     }
 158
 159     /**
 160      *
 161      * @return true if getAlignment will return a valid alignment result.
 162      */
 163     public boolean hasResults()
 164     {
 165       if (subjobComplete
 166               && isFinished()
 167               && (alignment != null || (emptySeqs != null && emptySeqs
 168                       .size() > 0)))
 169       {
 170         return true;
 171       }
 172       return false;
 173     }
 174
 175     /**
 176      *
 177      * get the alignment including any empty sequences in the original order
 178      * with original ids. Caller must access the alignment.getMetadata() object
 179      * to annotate the final result passsed to the user.
 180      *
 181      * @return { SequenceI[], AlignmentOrder }
 182      */
 183     public Object[] getAlignment()
 184     {
 185       // is this a generic subjob or a Jws2 specific Object[] return signature
 186       if (hasResults())
 187       {
 188         SequenceI[] alseqs = null;
 189         char alseq_gapchar = '-';
 190         int alseq_l = 0;
 191         if (alignment.getSequences().size() > 0)
 192         {
 193           alseqs = new SequenceI[alignment.getSequences().size()];
 194           for (compbio.data.sequence.FastaSequence seq : alignment
 195                   .getSequences())
 196           {
 197             alseqs[alseq_l++] = new Sequence(seq.getId(), seq.getSequence());
 198           }
 199           alseq_gapchar = alignment.getMetadata().getGapchar();
 200
 201         }
 202         // add in the empty seqs.
 203         if (emptySeqs.size() > 0)
 204         {
 205           SequenceI[] t_alseqs = new SequenceI[alseq_l + emptySeqs.size()];
 206           // get width
 207           int i, w = 0;
 208           if (alseq_l > 0)
 209           {
 210             for (i = 0, w = alseqs[0].getLength(); i < alseq_l; i++)
 211             {
 212               if (w < alseqs[i].getLength())
 213               {
 214                 w = alseqs[i].getLength();
 215               }
 216               t_alseqs[i] = alseqs[i];
 217               alseqs[i] = null;
 218             }
 219           }
 220           // check that aligned width is at least as wide as emptySeqs width.
 221           int ow = w, nw = w;
 222           for (i = 0, w = emptySeqs.size(); i < w; i++)
 223           {
 224             String[] es = (String[]) emptySeqs.get(i);
 225             if (es != null && es[1] != null)
 226             {
 227               int sw = es[1].length();
 228               if (nw < sw)
 229               {
 230                 nw = sw;
 231               }
 232             }
 233           }
 234           // make a gapped string.
 235           StringBuffer insbuff = new StringBuffer(w);
 236           for (i = 0; i < nw; i++)
 237           {
 238             insbuff.append(alseq_gapchar);
 239           }
 240           if (ow < nw)
 241           {
 242             for (i = 0; i < alseq_l; i++)
 243             {
 244               int sw = t_alseqs[i].getLength();
 245               if (nw > sw)
 246               {
 247                 // pad at end
 248                 alseqs[i].setSequence(t_alseqs[i].getSequenceAsString()
 249                         + insbuff.substring(0, sw - nw));
 250               }
 251             }
 252           }
 253           for (i = 0, w = emptySeqs.size(); i < w; i++)
 254           {
 255             String[] es = (String[]) emptySeqs.get(i);
 256             if (es[1] == null)
 257             {
 258               t_alseqs[i + alseq_l] = new jalview.datamodel.Sequence(es[0],
 259                       insbuff.toString(), 1, 0);
 260             }
 261             else
 262             {
 263               if (es[1].length() < nw)
 264               {
 265                 t_alseqs[i + alseq_l] = new jalview.datamodel.Sequence(
 266                         es[0],
 267                         es[1] + insbuff.substring(0, nw - es[1].length()),
 268                         1, 1 + es[1].length());
 269               }
 270               else
 271               {
 272                 t_alseqs[i + alseq_l] = new jalview.datamodel.Sequence(
 273                         es[0], es[1]);
 274               }
 275             }
 276           }
 277           alseqs = t_alseqs;
 278         }
 279         AlignmentOrder msaorder = new AlignmentOrder(alseqs);
 280         // always recover the order - makes parseResult()'s life easier.
 281         jalview.analysis.AlignmentSorter.recoverOrder(alseqs);
 282         // account for any missing sequences
 283         jalview.analysis.SeqsetUtils.deuniquify(SeqNames, alseqs);
 284         return new Object[]
 285         { alseqs, msaorder };
 286       }
 287       return null;
 288     }
 289
 290     /**
 291      * mark subjob as cancelled and set result object appropriatly
 292      */
 293     void cancel()
 294     {
 295       cancelled = true;
 296       subjobComplete = true;
 297       alignment = null;
 298     }
 299
 300     /**
 301      *
 302      * @return boolean true if job can be submitted.
 303      */
 304     public boolean hasValidInput()
 305     {
 306       // TODO: get attributes for this MsaWS instance to check if it can do two
 307       // sequence alignment.
 308       if (seqs != null && seqs.size() >= 2) // two or more sequences is valid ?
 309       {
 310         return true;
 311       }
 312       return false;
 313     }
 314
 315     StringBuffer jobProgress = new StringBuffer();
 316
 317     public void setStatus(String string)
 318     {
 319       jobProgress.setLength(0);
 320       jobProgress.append(string);
 321     }
 322
 323     @Override
 324     public String getStatus()
 325     {
 326       return jobProgress.toString();
 327     }
 328
 329     @Override
 330     public boolean hasStatus()
 331     {
 332       return jobProgress != null;
 333     }
 334
 335     /**
 336      * @return the lastChunk
 337      */
 338     public long getLastChunk()
 339     {
 340       return lastChunk;
 341     }
 342
 343     /**
 344      * @param lastChunk
 345      *          the lastChunk to set
 346      */
 347     public void setLastChunk(long lastChunk)
 348     {
 349       this.lastChunk = lastChunk;
 350     }
 351
 352     String alignmentProgram = null;
 353
 354     public String getAlignmentProgram()
 355     {
 356       return alignmentProgram;
 357     }
 358
 359     public boolean hasArguments()
 360     {
 361       return (arguments != null && arguments.size() > 0)
 362               || (preset != null && preset instanceof JabaWsParamSet);
 363     }
 364
 365     public List<Argument> getJabaArguments()
 366     {
 367       List<Argument> newargs = new ArrayList<Argument>();
 368       if (preset != null && preset instanceof JabaWsParamSet)
 369       {
 370         newargs.addAll(((JabaWsParamSet) preset).getjabaArguments());
 371       }
 372       if (arguments != null && arguments.size() > 0)
 373       {
 374         newargs.addAll(arguments);
 375       }
 376       return newargs;
 377     }
 378
 379     /**
 380      * add a progess header to status string containing presets/args used
 381      */
 382     public void addInitialStatus()
 383     {
 384       if (preset != null)
 385       {
 386         jobProgress.append("Using "
 387                 + (preset instanceof JabaPreset ? "Server" : "User")
 388                 + "Preset: " + preset.getName());
 389         if (preset instanceof JabaWsParamSet)
 390         {
 391           for (Argument opt : ((JabaWsParamSet) preset).getjabaArguments())
 392           {
 393             jobProgress.append(opt.getName() + " " + opt.getDefaultValue()
 394                     + "\n");
 395           }
 396         }
 397       }
 398       if (arguments != null && arguments.size() > 0)
 399       {
 400         jobProgress.append("With custom parameters : \n");
 401         // merge arguments with preset's own arguments.
 402         for (Argument opt : arguments)
 403         {
 404           jobProgress.append(opt.getName() + " " + opt.getDefaultValue()
 405                   + "\n");
 406         }
 407       }
 408       jobProgress.append("\nJob Output:\n");
 409     }
 410
 411     public boolean isPresetJob()
 412     {
 413       return preset != null && preset instanceof JabaPreset;
 414     }
 415
 416     public Preset getServerPreset()
 417     {
 418       return (isPresetJob()) ? ((JabaPreset) preset).p : null;
 419     }
 420   }
 421
 422   String alTitle; // name which will be used to form new alignment window.
 423
 424   Alignment dataset; // dataset to which the new alignment will be
 425
 426   // associated.
 427
 428   @SuppressWarnings("unchecked")
 429   MsaWS server = null;
 430
 431   /**
 432    * set basic options for this (group) of Msa jobs
 433    *
 434    * @param subgaps
 435    *          boolean
 436    * @param presorder
 437    *          boolean
 438    */
 439   MsaWSThread(MsaWS server, String wsUrl, WebserviceInfo wsinfo,
 440           jalview.gui.AlignFrame alFrame, AlignmentView alview,
 441           String wsname, boolean subgaps, boolean presorder)
 442   {
 443     super(alFrame, wsinfo, alview, wsname, wsUrl);
 444     this.server = server;
 445     this.submitGaps = subgaps;
 446     this.preserveOrder = presorder;
 447   }
 448
 449   /**
 450    * create one or more Msa jobs to align visible seuqences in _msa
 451    *
 452    * @param title
 453    *          String
 454    * @param _msa
 455    *          AlignmentView
 456    * @param subgaps
 457    *          boolean
 458    * @param presorder
 459    *          boolean
 460    * @param seqset
 461    *          Alignment
 462    */
 463   MsaWSThread(MsaWS server2, WsParamSetI preset, List<Argument> paramset,
 464           String wsUrl, WebserviceInfo wsinfo,
 465           jalview.gui.AlignFrame alFrame, String wsname, String title,
 466           AlignmentView _msa, boolean subgaps, boolean presorder,
 467           Alignment seqset)
 468   {
 469     this(server2, wsUrl, wsinfo, alFrame, _msa, wsname, subgaps, presorder);
 470     OutputHeader = wsInfo.getProgressText();
 471     alTitle = title;
 472     dataset = seqset;
 473
 474     SequenceI[][] conmsa = _msa.getVisibleContigs('-');
 475     if (conmsa != null)
 476     {
 477       int njobs = conmsa.length;
 478       jobs = new MsaWSJob[njobs];
 479       for (int j = 0; j < njobs; j++)
 480       {
 481         if (j != 0)
 482         {
 483           jobs[j] = new MsaWSJob(wsinfo.addJobPane(), conmsa[j]);
 484         }
 485         else
 486         {
 487           jobs[j] = new MsaWSJob(0, conmsa[j]);
 488         }
 489         ((MsaWSJob) jobs[j]).preset = preset;
 490         ((MsaWSJob) jobs[j]).arguments = paramset;
 491         ((MsaWSJob) jobs[j]).alignmentProgram = wsname;
 492         if (njobs > 0)
 493         {
 494           wsinfo.setProgressName("region " + jobs[j].getJobnum(),
 495                   jobs[j].getJobnum());
 496         }
 497         wsinfo.setProgressText(jobs[j].getJobnum(), OutputHeader);
 498       }
 499     }
 500   }
 501
 502   public boolean isCancellable()
 503   {
 504     return true;
 505   }
 506
 507   public void cancelJob()
 508   {
 509     if (!jobComplete && jobs != null)
 510     {
 511       boolean cancelled = true;
 512       for (int job = 0; job < jobs.length; job++)
 513       {
 514         if (jobs[job].isSubmitted() && !jobs[job].isSubjobComplete())
 515         {
 516           String cancelledMessage = "";
 517           try
 518           {
 519             boolean cancelledJob = server.cancelJob(jobs[job].getJobId());
 520             if (true) // cancelledJob || true)
 521             {
 522               // CANCELLED_JOB
 523               // if the Jaba server indicates the job can't be cancelled, its
 524               // because its running on the server's local execution engine
 525               // so we just close the window anyway.
 526               cancelledMessage = "Job cancelled.";
 527               ((MsaWSJob) jobs[job]).cancel(); // TODO: refactor to avoid this
 528                                                // ugliness -
 529               wsInfo.setStatus(jobs[job].getJobnum(),
 530                       WebserviceInfo.STATE_CANCELLED_OK);
 531             }
 532             else
 533             {
 534               // VALID UNSTOPPABLE JOB
 535               cancelledMessage += "Server cannot cancel this job. just close the window.\n";
 536               cancelled = false;
 537               // wsInfo.setStatus(jobs[job].jobnum,
 538               // WebserviceInfo.STATE_RUNNING);
 539             }
 540           } catch (Exception exc)
 541           {
 542             cancelledMessage += ("\nProblems cancelling the job : Exception received...\n"
 543                     + exc + "\n");
 544             Cache.log.warn(
 545                     "Exception whilst cancelling " + jobs[job].getJobId(),
 546                     exc);
 547           }
 548           wsInfo.setProgressText(jobs[job].getJobnum(), OutputHeader
 549                   + cancelledMessage + "\n");
 550         }
 551         else
 552         {
 553           // if we hadn't submitted then just mark the job as cancelled.
 554           jobs[job].setSubjobComplete(true);
 555           wsInfo.setStatus(jobs[job].getJobnum(),
 556                   WebserviceInfo.STATE_CANCELLED_OK);
 557
 558         }
 559       }
 560       if (cancelled)
 561       {
 562         wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_CANCELLED_OK);
 563         jobComplete = true;
 564       }
 565       this.interrupt(); // kick thread to update job states.
 566     }
 567     else
 568     {
 569       if (!jobComplete)
 570       {
 571         wsInfo.setProgressText(OutputHeader
 572                 + "Server cannot cancel this job because it has not been submitted properly. just close the window.\n");
 573       }
 574     }
 575   }
 576
 577   public void pollJob(AWsJob job) throws Exception
 578   {
 579     // TODO: investigate if we still need to cast here in J1.6
 580     MsaWSJob j = ((MsaWSJob) job);
 581     // this is standard code, but since the interface doesn't comprise of a
 582     // basic one that implements (getJobStatus, pullExecStatistics) we have to
 583     // repeat the code for all jw2s services.
 584     j.setjobStatus(server.getJobStatus(job.getJobId()));
 585     updateJobProgress(j);
 586   }
 587
 588   /**
 589    *
 590    * @param j
 591    * @return true if more job progress data was available
 592    * @throws Exception
 593    */
 594   protected boolean updateJobProgress(MsaWSJob j) throws Exception
 595   {
 596     StringBuffer response = j.jobProgress;
 597     long lastchunk = j.getLastChunk();
 598     boolean changed = false;
 599     do
 600     {
 601       j.setLastChunk(lastchunk);
 602       ChunkHolder chunk = server
 603               .pullExecStatistics(j.getJobId(), lastchunk);
 604       if (chunk != null)
 605       {
 606         changed |= chunk.getChunk().length() > 0;
 607         response.append(chunk.getChunk());
 608         lastchunk = chunk.getNextPosition();
 609         try
 610         {
 611           Thread.sleep(50);
 612         } catch (InterruptedException x)
 613         {
 614         }
 615         ;
 616       }
 617       ;
 618     } while (lastchunk >= 0 && j.getLastChunk() != lastchunk);
 619     return changed;
 620   }
 621
 622   public void StartJob(AWsJob job)
 623   {
 624     Exception lex = null;
 625     // boiler plate template
 626     if (!(job instanceof MsaWSJob))
 627     {
 628       throw new Error("StartJob(MsaWSJob) called on a WSJobInstance "
 629               + job.getClass());
 630     }
 631     MsaWSJob j = (MsaWSJob) job;
 632     if (j.isSubmitted())
 633     {
 634       if (Cache.log.isDebugEnabled())
 635       {
 636         Cache.log.debug("Tried to submit an already submitted job "
 637                 + j.getJobId());
 638       }
 639       return;
 640     }
 641     // end boilerplate
 642
 643     if (j.seqs == null || j.seqs.size() == 0)
 644     {
 645       // special case - selection consisted entirely of empty sequences...
 646       j.setjobStatus(JobStatus.FINISHED);
 647       j.setStatus("Empty Alignment Job");
 648     }
 649     try
 650     {
 651       j.addInitialStatus(); // list the presets/parameters used for the job in
 652                             // status
 653       if (j.isPresetJob())
 654       {
 655         j.setJobId(server.presetAlign(j.seqs, j.getServerPreset()));
 656       }
 657       else if (j.hasArguments())
 658       {
 659         j.setJobId(server.customAlign(j.seqs, j.getJabaArguments()));
 660       }
 661       else
 662       {
 663         j.setJobId(server.align(j.seqs));
 664       }
 665
 666       if (j.getJobId() != null)
 667       {
 668         j.setSubmitted(true);
 669         j.setSubjobComplete(false);
 670         // System.out.println(WsURL + " Job Id '" + jobId + "'");
 671         return;
 672       }
 673       else
 674       {
 675         throw new Exception(
 676                 "Server at "
 677                         + WsUrl
 678                         + " returned null string for job id, it probably cannot be contacted. Try again later ?");
 679       }
 680     } catch (compbio.metadata.UnsupportedRuntimeException _lex)
 681     {
 682       lex = _lex;
 683       wsInfo.appendProgressText("Job could not be run because the server doesn't support this program.\n"
 684               + _lex.getMessage());
 685       wsInfo.warnUser(_lex.getMessage(), "Service not supported!");
 686       wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);
 687       wsInfo.setStatus(j.getJobnum(),
 688               WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);
 689     } catch (compbio.metadata.LimitExceededException _lex)
 690     {
 691       lex = _lex;
 692       wsInfo.appendProgressText("Job could not be run because it exceeded a hard limit on the server.\n"
 693               + _lex.getMessage());
 694       wsInfo.warnUser(_lex.getMessage(), "Input is too big!");
 695       wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);
 696       wsInfo.setStatus(j.getJobnum(), WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);
 697     } catch (compbio.metadata.WrongParameterException _lex)
 698     {
 699       lex = _lex;
 700       wsInfo.warnUser(_lex.getMessage(), "Invalid job parameter set!");
 701       wsInfo.appendProgressText("Job could not be run because some of the parameter settings are not supported by the server.\n"
 702               + _lex.getMessage()
 703               + "\nPlease check to make sure you have used the correct parameter set for this service!\n");
 704       wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);
 705       wsInfo.setStatus(j.getJobnum(), WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);
 706     } catch (Error e)
 707     {
 708       // For unexpected errors
 709       System.err
 710               .println(WebServiceName
 711                       + "Client: Failed to submit the sequences for alignment (probably a server side problem)\n"
 712                       + "When contacting Server:" + WsUrl + "\n");
 713       e.printStackTrace(System.err);
 714       wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);
 715       wsInfo.setStatus(j.getJobnum(),
 716               WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);
 717     } catch (Exception e)
 718     {
 719       // For unexpected errors
 720       System.err
 721               .println(WebServiceName
 722                       + "Client: Failed to submit the sequences for alignment (probably a server side problem)\n"
 723                       + "When contacting Server:" + WsUrl + "\n");
 724       e.printStackTrace(System.err);
 725       wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);
 726       wsInfo.setStatus(j.getJobnum(),
 727               WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);
 728     } finally
 729     {
 730       if (!j.isSubmitted())
 731       {
 732         // Boilerplate code here
 733         // TODO: JBPNote catch timeout or other fault types explicitly
 734
 735         j.setAllowedServerExceptions(0);
 736         wsInfo.appendProgressText(j.getJobnum(),
 737                 "Failed to submit sequences for alignment.\n"
 738                         + "Just close the window\n");
 739       }
 740     }
 741   }
 742
 743   public void parseResult()
 744   {
 745     long progbar = System.currentTimeMillis();
 746     wsInfo.setProgressBar("Collecting job results.", progbar);
 747     int results = 0; // number of result sets received
 748     JobStateSummary finalState = new JobStateSummary();
 749     try
 750     {
 751       for (int j = 0; j < jobs.length; j++)
 752       {
 753         MsaWSJob msjob = ((MsaWSJob) jobs[j]);
 754         if (jobs[j].isFinished() && msjob.alignment == null)
 755         {
 756           int nunchanged = 3, nexcept = 3;
 757           boolean jpchanged = false, jpex = false;
 758           do
 759           {
 760             try
 761             {
 762               jpchanged = updateJobProgress(msjob);
 763               jpex = false;
 764               if (jpchanged)
 765               {
 766                 nexcept = 3;
 767               }
 768             } catch (Exception e)
 769             {
 770
 771               Cache.log
 772                       .warn("Exception when retrieving remaining Job progress data for job "
 773                               + msjob.getJobId() + " on server " + WsUrl);
 774               e.printStackTrace();
 775               nexcept--;
 776               nunchanged = 3;
 777               // set flag remember that we've had an exception.
 778               jpex = true;
 779               jpchanged = false;
 780             }
 781             if (!jpchanged)
 782             {
 783               try
 784               {
 785                 Thread.sleep(jpex ? 2400 : 1200); // wait a bit longer if we
 786                                                   // experienced an exception.
 787               } catch (Exception ex)
 788               {
 789               }
 790               ;
 791               nunchanged--;
 792             }
 793           } while (nunchanged > 0 && nexcept > 0);
 794
 795           if (Cache.log.isDebugEnabled())
 796           {
 797             System.out.println("Job Execution file for job: "
 798                     + msjob.getJobId() + " on server " + WsUrl);
 799             System.out.println(msjob.getStatus());
 800             System.out.println("*** End of status");
 801
 802           }
 803           try
 804           {
 805             msjob.alignment = server.getResult(msjob.getJobId());
 806           } catch (compbio.metadata.ResultNotAvailableException e)
 807           {
 808             // job has failed for some reason - probably due to invalid
 809             // parameters
 810             Cache.log
 811                     .debug("Results not available for finished job - marking as broken job.",
 812                             e);
 813             msjob.jobProgress
 814                     .append("\nResult not available. Probably due to invalid input or parameter settings. Server error message below:\n\n"
 815                             + e.getLocalizedMessage());
 816             msjob.setjobStatus(JobStatus.FAILED);
 817           } catch (Exception e)
 818           {
 819             Cache.log.error("Couldn't get Alignment for job.", e);
 820             // TODO: Increment count and retry ?
 821             msjob.setjobStatus(JobStatus.UNDEFINED);
 822           }
 823         }
 824         finalState.updateJobPanelState(wsInfo, OutputHeader, jobs[j]);
 825         if (jobs[j].isSubmitted() && jobs[j].isSubjobComplete()
 826                 && jobs[j].hasResults())
 827         {
 828           results++;
 829           compbio.data.sequence.Alignment alignment = ((MsaWSJob) jobs[j]).alignment;
 830           if (alignment != null)
 831           {
 832             // server.close(jobs[j].getJobnum());
 833             // wsInfo.appendProgressText(jobs[j].getJobnum(),
 834             // "\nAlignment Object Method Notes\n");
 835             // wsInfo.appendProgressText(jobs[j].getJobnum(),
 836             // "Calculated with "+alignment.getMetadata().getProgram().toString());
 837             // JBPNote The returned files from a webservice could be
 838             // hidden behind icons in the monitor window that,
 839             // when clicked, pop up their corresponding data
 840           }
 841         }
 842       }
 843     } catch (Exception ex)
 844     {
 845
 846       Cache.log.error("Unexpected exception when processing results for "
 847               + alTitle, ex);
 848       wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);
 849     }
 850     if (results > 0)
 851     {
 852       wsInfo.showResultsNewFrame
 853               .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 854               {
 855                 public void actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent evt)
 856                 {
 857                   displayResults(true);
 858                 }
 859               });
 860       wsInfo.mergeResults
 861               .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 862               {
 863                 public void actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent evt)
 864                 {
 865                   displayResults(false);
 866                 }
 867               });
 868       wsInfo.setResultsReady();
 869     }
 870     else
 871     {
 872       wsInfo.setFinishedNoResults();
 873     }
 874     updateGlobalStatus(finalState);
 875     wsInfo.setProgressBar(null, progbar);
 876   }
 877
 878   void displayResults(boolean newFrame)
 879   {
 880     // view input or result data for each block
 881     Vector alorders = new Vector();
 882     SequenceI[][] results = new SequenceI[jobs.length][];
 883     AlignmentOrder[] orders = new AlignmentOrder[jobs.length];
 884     String lastProgram = null;
 885     MsaWSJob msjob;
 886     for (int j = 0; j < jobs.length; j++)
 887     {
 888       if (jobs[j].hasResults())
 889       {
 890         msjob = (MsaWSJob) jobs[j];
 891         Object[] res = msjob.getAlignment();
 892         lastProgram = msjob.getAlignmentProgram();
 893         alorders.add(res[1]);
 894         results[j] = (SequenceI[]) res[0];
 895         orders[j] = (AlignmentOrder) res[1];
 896
 897         // SequenceI[] alignment = input.getUpdated
 898       }
 899       else
 900       {
 901         results[j] = null;
 902       }
 903     }
 904     Object[] newview = input.getUpdatedView(results, orders, getGapChar());
 905     // trash references to original result data
 906     for (int j = 0; j < jobs.length; j++)
 907     {
 908       results[j] = null;
 909       orders[j] = null;
 910     }
 911     SequenceI[] alignment = (SequenceI[]) newview[0];
 912     ColumnSelection columnselection = (ColumnSelection) newview[1];
 913     Alignment al = new Alignment(alignment);
 914     // TODO: add 'provenance' property to alignment from the method notes
 915     if (lastProgram != null)
 916     {
 917       al.setProperty("Alignment Program", lastProgram);
 918     }
 919     // accompanying each subjob
 920     if (dataset != null)
 921     {
 922       al.setDataset(dataset);
 923     }
 924
 925     propagateDatasetMappings(al);
 926     // JBNote- TODO: warn user if a block is input rather than aligned data ?
 927
 928     if (newFrame)
 929     {
 930       AlignFrame af = new AlignFrame(al, columnselection,
 931               AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 932
 933       // initialise with same renderer settings as in parent alignframe.
 934       af.getFeatureRenderer().transferSettings(this.featureSettings);
 935       // update orders
 936       if (alorders.size() > 0)
 937       {
 938         if (alorders.size() == 1)
 939         {
 940           af.addSortByOrderMenuItem(WebServiceName + " Ordering",
 941                   (AlignmentOrder) alorders.get(0));
 942         }
 943         else
 944         {
 945           // construct a non-redundant ordering set
 946           Vector names = new Vector();
 947           for (int i = 0, l = alorders.size(); i < l; i++)
 948           {
 949             String orderName = new String(" Region " + i);
 950             int j = i + 1;
 951
 952             while (j < l)
 953             {
 954               if (((AlignmentOrder) alorders.get(i))
 955                       .equals(((AlignmentOrder) alorders.get(j))))
 956               {
 957                 alorders.remove(j);
 958                 l--;
 959                 orderName += "," + j;
 960               }
 961               else
 962               {
 963                 j++;
 964               }
 965             }
 966
 967             if (i == 0 && j == 1)
 968             {
 969               names.add(new String(""));
 970             }
 971             else
 972             {
 973               names.add(orderName);
 974             }
 975           }
 976           for (int i = 0, l = alorders.size(); i < l; i++)
 977           {
 978             af.addSortByOrderMenuItem(
 979                     WebServiceName + ((String) names.get(i)) + " Ordering",
 980                     (AlignmentOrder) alorders.get(i));
 981           }
 982         }
 983       }
 984
 985       Desktop.addInternalFrame(af, alTitle, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 986               AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 987
 988     }
 989     else
 990     {
 991       System.out.println("MERGE WITH OLD FRAME");
 992       // TODO: modify alignment in original frame, replacing old for new
 993       // alignment using the commands.EditCommand model to ensure the update can
 994       // be undone
 995     }
 996   }
 997
 998   public boolean canMergeResults()
 999   {
1000     return false;
1001   }
1002 }