src/jalview/ws/jws2/SequenceAnnotationWSClient.java

   1 /**
   2  *
   3  */
   4 package jalview.ws.jws2;
   5
   6 import java.awt.event.ActionEvent;
   7 import java.awt.event.ActionListener;
   8 import java.util.List;
   9
  10 import javax.swing.JMenu;
  11 import javax.swing.JMenuItem;
  12 import javax.swing.JOptionPane;
  13
  14 import compbio.metadata.Argument;
  15
  16 import jalview.api.AlignCalcWorkerI;
  17 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  18 import jalview.gui.AlignFrame;
  19 import jalview.gui.Desktop;
  20 import jalview.gui.JalviewDialog;
  21 import jalview.gui.JvSwingUtils;
  22 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  23 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  24
  25 /**
  26  * @author jimp
  27  *
  28  */
  29 public class SequenceAnnotationWSClient extends Jws2Client
  30 {
  31
  32   /**
  33    * initialise a client so its attachWSMenuEntry method can be called.
  34    */
  35   public SequenceAnnotationWSClient()
  36   {
  37     // TODO Auto-generated constructor stub
  38   }
  39
  40   public SequenceAnnotationWSClient(final Jws2Instance sh,
  41           AlignFrame alignFrame, WsParamSetI preset, boolean editParams)
  42   {
  43     super(alignFrame, preset, null);
  44     if (alignFrame.getViewport().getAlignment().isNucleotide())
  45     {
  46       JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, sh.serviceType
  47               + " can only be used\nfor amino acid alignments.",
  48               "Wrong type of sequences!", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
  49       return;
  50
  51     }
  52     if (sh.action.toLowerCase().contains("conservation"))
  53     {
  54       // Build an AACons style client - take alignment, return annotation for
  55       // columns
  56
  57       List<AlignCalcWorkerI> clnts = alignFrame.getViewport()
  58               .getCalcManager()
  59               .getRegisteredWorkersOfClass(AAConsClient.class);
  60       if (clnts == null || clnts.size() == 0)
  61       {
  62         if (!processParams(sh, editParams))
  63         {
  64           return;
  65         }
  66         alignFrame
  67                 .getViewport()
  68                 .getCalcManager()
  69                 .registerWorker(
  70                         new AAConsClient(sh, alignFrame, preset, paramset));
  71       }
  72       else
  73       {
  74         AAConsClient worker = (AAConsClient) clnts.get(0);
  75         if (editParams)
  76         {
  77           paramset = worker.getArguments();
  78           preset = worker.getPreset();
  79         }
  80
  81         if (!processParams(sh, editParams, true))
  82           return;
  83         // reinstate worker if it was blacklisted (might have happened due to
  84         // invalid parameters)
  85         alignFrame.getViewport().getCalcManager().workerMayRun(worker);
  86         worker.updateParameters(preset, paramset);
  87
  88       }
  89     }
  90     if (sh.action.toLowerCase().contains("disorder"))
  91     {
  92       // build IUPred style client. take sequences, returns annotation per
  93       // sequence.
  94       if (!processParams(sh, editParams))
  95       {
  96         return;
  97       }
  98
  99       alignFrame
 100               .getViewport()
 101               .getCalcManager()
 102               .startWorker(
 103                       new AADisorderClient(sh, alignFrame, preset, paramset));
 104     }
 105
 106   }
 107
 108   /*
 109    * (non-Javadoc)
 110    *
 111    * @see jalview.ws.jws2.Jws2Client#attachWSMenuEntry(javax.swing.JMenu,
 112    * jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance, jalview.gui.AlignFrame)
 113    */
 114   public void attachWSMenuEntry(JMenu wsmenu, final Jws2Instance service,
 115           final AlignFrame alignFrame)
 116   {
 117     boolean hasparams = service.hasParameters();
 118     // Assume name ends in WS
 119     String calcName = service.serviceType.substring(0,
 120             service.serviceType.length() - 2);
 121
 122     JMenuItem aacons = new JMenuItem(calcName + " Defaults");
 123     aacons.addActionListener(new ActionListener()
 124     {
 125
 126       @Override
 127       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 128       {
 129         new SequenceAnnotationWSClient(service, alignFrame, null, false);
 130       }
 131     });
 132     wsmenu.add(aacons);
 133     if (hasparams)
 134     {
 135       // only add these menu options if the service has user-modifiable
 136       // arguments
 137       aacons = new JMenuItem("Edit settings and run ...");
 138       aacons.setToolTipText("View and change parameters before running calculation");
 139
 140       aacons.addActionListener(new ActionListener()
 141       {
 142         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 143         {
 144           new SequenceAnnotationWSClient(service, alignFrame, null, true);
 145         }
 146       });
 147       wsmenu.add(aacons);
 148       List<WsParamSetI> presets = service.getParamStore().getPresets();
 149       if (presets != null && presets.size() > 0)
 150       {
 151         JMenu presetlist = new JMenu("Run " + calcName + "with preset");
 152
 153         for (final WsParamSetI preset : presets)
 154         {
 155           final JMenuItem methodR = new JMenuItem(preset.getName());
 156           methodR.setToolTipText("<html><p>"
 157                   + JvSwingUtils.wrapTooltip("<strong>"
 158                           + (preset.isModifiable() ? "User Preset"
 159                                   : "Service Preset") + "</strong><br/>"
 160                           + preset.getDescription() + "</p>") + "</html>");
 161           methodR.addActionListener(new ActionListener()
 162           {
 163             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 164             {
 165               new SequenceAnnotationWSClient(service, alignFrame, preset,
 166                       false);
 167             }
 168
 169           });
 170           presetlist.add(methodR);
 171         }
 172         wsmenu.add(presetlist);
 173       }
 174
 175     }
 176   }
 177 }