src/jalview/ws/jws2/SequenceAnnotationWSClient.java

   1 /**
   2  *
   3  */
   4 package jalview.ws.jws2;
   5
   6 import java.awt.event.ActionEvent;
   7 import java.awt.event.ActionListener;
   8 import java.util.List;
   9
  10 import javax.swing.JMenu;
  11 import javax.swing.JMenuItem;
  12
  13 import compbio.metadata.Argument;
  14
  15 import jalview.api.AlignCalcWorkerI;
  16 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  17 import jalview.gui.AlignFrame;
  18 import jalview.gui.JvSwingUtils;
  19 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  20 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  21
  22 /**
  23  * @author jimp
  24  *
  25  */
  26 public class SequenceAnnotationWSClient extends Jws2Client
  27 {
  28
  29   /**
  30    * initialise a client so its attachWSMenuEntry method can be called.
  31    */
  32   public SequenceAnnotationWSClient()
  33   {
  34     // TODO Auto-generated constructor stub
  35   }
  36
  37   public SequenceAnnotationWSClient(final Jws2Instance sh,
  38           AlignFrame alignFrame, WsParamSetI preset, boolean editParams)
  39   {
  40     super(alignFrame, preset, null);
  41     List<AlignCalcWorkerI> clnts = alignFrame.getViewport()
  42             .getCalcManager()
  43             .getRegisteredWorkersOfClass(AAConsClient.class);
  44     if (clnts == null || clnts.size() == 0)
  45     {
  46       if (!processParams(sh, editParams))
  47       {
  48         return;
  49       }
  50       alignFrame
  51               .getViewport()
  52               .getCalcManager()
  53               .registerWorker(
  54                       new AAConsClient(sh, alignFrame, preset, paramset));
  55     }
  56     else
  57     {
  58       AAConsClient worker = (AAConsClient) clnts.get(0);
  59       if (editParams)
  60       {
  61         paramset = worker.getArguments();
  62         preset = worker.getPreset();
  63       }
  64
  65       if (!processParams(sh, editParams, true))
  66         return;
  67       // reinstate worker if it was blacklisted (might have happened due to invalid parameters)
  68       alignFrame.getViewport().getCalcManager().workerMayRun(worker);
  69       worker.updateParameters(preset, paramset);
  70
  71     }
  72   }
  73
  74   /*
  75    * (non-Javadoc)
  76    *
  77    * @see jalview.ws.jws2.Jws2Client#attachWSMenuEntry(javax.swing.JMenu,
  78    * jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance, jalview.gui.AlignFrame)
  79    */
  80   public void attachWSMenuEntry(JMenu wsmenu, final Jws2Instance service,
  81           final AlignFrame alignFrame)
  82   {
  83     if (service.serviceType.toLowerCase().contains("aaconws"))
  84     {
  85       boolean hasparams = service.hasParameters();
  86       String calcName = "AACons";
  87       System.out.println("Making an aacons client!");
  88       JMenuItem aacons = new JMenuItem("AACons Defaults");
  89       aacons.addActionListener(new ActionListener()
  90       {
  91
  92         @Override
  93         public void actionPerformed(ActionEvent e)
  94         {
  95           new SequenceAnnotationWSClient(service, alignFrame, null, false);
  96         }
  97       });
  98       wsmenu.add(aacons);
  99       if (hasparams)
 100       {
 101         // only add these menu options if the service has user-modifiable
 102         // arguments
 103         aacons = new JMenuItem("Edit settings and run ...");
 104         aacons.setToolTipText("View and change the parameters before alignment.");
 105
 106         aacons.addActionListener(new ActionListener()
 107         {
 108           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 109           {
 110             new SequenceAnnotationWSClient(service, alignFrame, null, true);
 111           }
 112         });
 113         wsmenu.add(aacons);
 114         List<WsParamSetI> presets = service.getParamStore().getPresets();
 115         if (presets != null && presets.size() > 0)
 116         {
 117           JMenu presetlist = new JMenu("Run " + calcName + "with preset");
 118
 119           for (final WsParamSetI preset : presets)
 120           {
 121             final JMenuItem methodR = new JMenuItem(preset.getName());
 122             methodR.setToolTipText("<html><p>"
 123                     + JvSwingUtils.wrapTooltip("<strong>"
 124                             + (preset.isModifiable() ? "User Preset"
 125                                     : "Service Preset") + "</strong><br/>"
 126                             + preset.getDescription() + "</p>") + "</html>");
 127             methodR.addActionListener(new ActionListener()
 128             {
 129               public void actionPerformed(ActionEvent e)
 130               {
 131                 new SequenceAnnotationWSClient(service, alignFrame, preset,
 132                         false);
 133               }
 134
 135             });
 136             presetlist.add(methodR);
 137           }
 138           wsmenu.add(presetlist);
 139         }
 140       }
 141
 142     }
 143   }
 144 }