src/jalview/ws/jws2/SequenceAnnotationWSClient.java

   1 /**
   2  *
   3  */
   4 package jalview.ws.jws2;
   5
   6 import java.awt.event.ActionEvent;
   7 import java.awt.event.ActionListener;
   8 import java.util.List;
   9
  10 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  11 import javax.swing.JMenu;
  12 import javax.swing.JMenuItem;
  13 import javax.swing.JOptionPane;
  14 import javax.swing.event.AncestorEvent;
  15 import javax.swing.event.AncestorListener;
  16 import javax.swing.event.MenuEvent;
  17 import javax.swing.event.MenuListener;
  18
  19 import compbio.metadata.Argument;
  20
  21 import jalview.api.AlignCalcWorkerI;
  22 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  23 import jalview.gui.AlignFrame;
  24 import jalview.gui.Desktop;
  25 import jalview.gui.JalviewDialog;
  26 import jalview.gui.JvSwingUtils;
  27 import jalview.ws.jws2.dm.AAConsSettings;
  28 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  29 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  30
  31 /**
  32  * @author jimp
  33  *
  34  */
  35 public class SequenceAnnotationWSClient extends Jws2Client
  36 {
  37
  38   public static final String AAConsCalcId = "jabaws2.AACons";
  39
  40   /**
  41    * initialise a client so its attachWSMenuEntry method can be called.
  42    */
  43   public SequenceAnnotationWSClient()
  44   {
  45     // TODO Auto-generated constructor stub
  46   }
  47
  48   public SequenceAnnotationWSClient(final Jws2Instance sh,
  49           AlignFrame alignFrame, WsParamSetI preset, boolean editParams)
  50   {
  51     super(alignFrame, preset, null);
  52     initSequenceAnnotationWSClient(sh, alignFrame, preset, editParams);
  53   }
  54
  55   public void initSequenceAnnotationWSClient(final Jws2Instance sh,
  56           AlignFrame alignFrame, WsParamSetI preset, boolean editParams)
  57   {
  58     if (alignFrame.getViewport().getAlignment().isNucleotide())
  59     {
  60       JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, sh.serviceType
  61               + " can only be used\nfor amino acid alignments.",
  62               "Wrong type of sequences!", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
  63       return;
  64
  65     }
  66     if (sh.action.toLowerCase().contains("conservation"))
  67     {
  68       // Build an AACons style client - take alignment, return annotation for
  69       // columns
  70
  71       List<AlignCalcWorkerI> clnts = alignFrame.getViewport()
  72               .getCalcManager()
  73               .getRegisteredWorkersOfClass(AAConsClient.class);
  74       if (clnts == null || clnts.size() == 0)
  75       {
  76         if (!processParams(sh, editParams))
  77         {
  78           return;
  79         }
  80         AAConsClient worker;
  81         alignFrame
  82                 .getViewport()
  83                 .getCalcManager()
  84                 .registerWorker(
  85                         worker = new AAConsClient(sh, alignFrame, this.preset,
  86                                 paramset));
  87         alignFrame.getViewport().getCalcManager().startWorker(worker);
  88
  89       }
  90       else
  91       {
  92         AAConsClient worker = (AAConsClient) clnts.get(0);
  93         if (editParams)
  94         {
  95           paramset = worker.getArguments();
  96           preset = worker.getPreset();
  97         }
  98
  99         if (!processParams(sh, editParams, true))
 100         {
 101           return;
 102         }
 103         // reinstate worker if it was blacklisted (might have happened due to
 104         // invalid parameters)
 105         alignFrame.getViewport().getCalcManager().workerMayRun(worker);
 106         worker.updateParameters(this.preset, paramset);
 107
 108       }
 109     }
 110     if (sh.action.toLowerCase().contains("disorder"))
 111     {
 112       // build IUPred style client. take sequences, returns annotation per
 113       // sequence.
 114       if (!processParams(sh, editParams))
 115       {
 116         return;
 117       }
 118
 119       alignFrame
 120               .getViewport()
 121               .getCalcManager()
 122               .startWorker(
 123                       new AADisorderClient(sh, alignFrame, preset, paramset));
 124     }
 125
 126   }
 127
 128   public SequenceAnnotationWSClient(AAConsSettings fave,
 129           AlignFrame alignFrame, boolean b)
 130   {
 131     super(alignFrame, fave.getPreset(), fave.getJobArgset());
 132     initSequenceAnnotationWSClient(fave.getService(), alignFrame, fave.getPreset(), b);
 133   }
 134
 135   /*
 136    * (non-Javadoc)
 137    *
 138    * @see jalview.ws.jws2.Jws2Client#attachWSMenuEntry(javax.swing.JMenu,
 139    * jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance, jalview.gui.AlignFrame)
 140    */
 141   public void attachWSMenuEntry(JMenu wsmenu, final Jws2Instance service,
 142           final AlignFrame alignFrame)
 143   {
 144     if (service.serviceType.equals(compbio.ws.client.Services.AAConWS
 145             .toString()))
 146     {
 147       registerAAConsWSInstance(wsmenu, service, alignFrame);
 148       return;
 149     }
 150     boolean hasparams = service.hasParameters();
 151     // Assume name ends in WS
 152     String calcName = service.serviceType.substring(0,
 153             service.serviceType.length() - 2);
 154
 155     JMenuItem aacons = new JMenuItem(calcName + " Defaults");
 156     aacons.addActionListener(new ActionListener()
 157     {
 158
 159       @Override
 160       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 161       {
 162         new SequenceAnnotationWSClient(service, alignFrame, null, false);
 163       }
 164     });
 165     wsmenu.add(aacons);
 166     if (hasparams)
 167     {
 168       // only add these menu options if the service has user-modifiable
 169       // arguments
 170       aacons = new JMenuItem("Edit settings and run ...");
 171       aacons.setToolTipText("View and change parameters before running calculation");
 172
 173       aacons.addActionListener(new ActionListener()
 174       {
 175         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 176         {
 177           new SequenceAnnotationWSClient(service, alignFrame, null, true);
 178         }
 179       });
 180       wsmenu.add(aacons);
 181       List<WsParamSetI> presets = service.getParamStore().getPresets();
 182       if (presets != null && presets.size() > 0)
 183       {
 184         JMenu presetlist = new JMenu("Run " + calcName + "with preset");
 185
 186         for (final WsParamSetI preset : presets)
 187         {
 188           final JMenuItem methodR = new JMenuItem(preset.getName());
 189           methodR.setToolTipText("<html><p>"
 190                   + JvSwingUtils.wrapTooltip("<strong>"
 191                           + (preset.isModifiable() ? "User Preset"
 192                                   : "Service Preset") + "</strong><br/>"
 193                           + preset.getDescription() + "</p>") + "</html>");
 194           methodR.addActionListener(new ActionListener()
 195           {
 196             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 197             {
 198               new SequenceAnnotationWSClient(service, alignFrame, preset,
 199                       false);
 200             }
 201
 202           });
 203           presetlist.add(methodR);
 204         }
 205         wsmenu.add(presetlist);
 206       }
 207
 208     }
 209   }
 210
 211   private final String AAconsToggle = "AACons Calculations",
 212           AAconsToggleTooltip = "When checked, AACons calculations are updated automatically.",
 213           AAeditSettings = "Change AACons Settings...",
 214           AAeditSettingsTooltip = "Modify settings for AACons calculations.";
 215
 216   private SequenceAnnotationWSClient preferredAAConsClient = null;
 217
 218   // private final enableAAConsCalculation(final AlignFrame alignFrame, )
 219   private void registerAAConsWSInstance(final JMenu wsmenu,
 220           final Jws2Instance service, final AlignFrame alignFrame)
 221   {
 222     // register this in the AACons settings set
 223     JCheckBoxMenuItem _aaConsEnabled = null;
 224     for (int i = 0; i < wsmenu.getItemCount(); i++)
 225     {
 226       JMenuItem item = wsmenu.getItem(i);
 227       if (item instanceof JCheckBoxMenuItem
 228               && item.getText().equals(AAconsToggle))
 229       {
 230         _aaConsEnabled = (JCheckBoxMenuItem) item;
 231       }
 232     }
 233
 234     // is there a service already registered ?
 235     if (_aaConsEnabled == null)
 236     {
 237       final JCheckBoxMenuItem aaConsEnabled = new JCheckBoxMenuItem(
 238               AAconsToggle);
 239       wsmenu.addMenuListener(new MenuListener()
 240       {
 241
 242         @Override
 243         public void menuSelected(MenuEvent arg0)
 244         {
 245           wsmenu.setEnabled(!alignFrame.getViewport().getAlignment()
 246                   .isNucleotide());
 247           List<AlignCalcWorkerI> aaconsClient = alignFrame.getViewport()
 248                   .getCalcManager()
 249                   .getRegisteredWorkersOfClass(AAConsClient.class);
 250           if (aaconsClient != null && aaconsClient.size() > 0)
 251           {
 252             aaConsEnabled.setSelected(true);
 253           }
 254           else
 255           {
 256             aaConsEnabled.setSelected(false);
 257           }
 258         }
 259
 260         @Override
 261         public void menuDeselected(MenuEvent arg0)
 262         {
 263           // TODO Auto-generated method stub
 264
 265         }
 266
 267         @Override
 268         public void menuCanceled(MenuEvent arg0)
 269         {
 270           // TODO Auto-generated method stub
 271
 272         }
 273       });
 274       aaConsEnabled.setToolTipText("<html><p>"
 275               + JvSwingUtils.wrapTooltip(AAconsToggleTooltip + "</p>")
 276               + "</html>");
 277       aaConsEnabled.addActionListener(new ActionListener()
 278       {
 279         @Override
 280         public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 281         {
 282           // aaConsEnabled.setSelected(!aaConsEnabled.isSelected());
 283           List<AlignCalcWorkerI> aaconsClient = alignFrame.getViewport()
 284                   .getCalcManager()
 285                   .getRegisteredWorkersOfClass(AAConsClient.class);
 286           if (aaconsClient != null && aaconsClient.size() > 0)
 287           {
 288             removeCurrentAAConsWorkerFor(alignFrame);
 289           }
 290           else
 291           {
 292             buildCurrentAAConsWorkerFor(alignFrame);
 293
 294           }
 295         }
 296
 297       });
 298       wsmenu.add(aaConsEnabled);
 299       JMenuItem modifyParams = new JMenuItem(AAeditSettings);
 300       modifyParams.setToolTipText("<html><p>"
 301               + JvSwingUtils.wrapTooltip(AAeditSettingsTooltip + "</p>")
 302               + "</html>");
 303       modifyParams.addActionListener(new ActionListener()
 304       {
 305
 306         @Override
 307         public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 308         {
 309           showAAConsAnnotationSettingsFor(alignFrame);
 310         }
 311       });
 312       wsmenu.add(modifyParams);
 313
 314     }
 315
 316   }
 317
 318   private static void showAAConsAnnotationSettingsFor(AlignFrame alignFrame)
 319   {
 320     /*
 321      * preferred settings
 322      * Whether AACons is automatically recalculated
 323      * Which AACons server to use
 324      * What parameters to use
 325      */
 326     // could actually do a class search for this too
 327     AAConsSettings fave= (AAConsSettings) alignFrame.getViewport().getCalcIdSettingsFor(AAConsCalcId);
 328     if (fave==null)
 329     {
 330       fave = createDefaultAAConsSettings();
 331     }
 332     new SequenceAnnotationWSClient(fave, alignFrame, true);
 333
 334   }
 335   private static void buildCurrentAAConsWorkerFor(AlignFrame alignFrame)
 336   {
 337     /*
 338      * preferred settings
 339      * Whether AACons is automatically recalculated
 340      * Which AACons server to use
 341      * What parameters to use
 342      */
 343     AAConsSettings fave= (AAConsSettings) alignFrame.getViewport().getCalcIdSettingsFor(AAConsCalcId);
 344     if (fave==null)
 345     {
 346       fave = createDefaultAAConsSettings();
 347     }
 348     new SequenceAnnotationWSClient(fave, alignFrame, false);
 349   }
 350
 351   private static AAConsSettings createDefaultAAConsSettings()
 352   {
 353     Jws2Instance service=null;
 354     // set sensible defaults
 355     for (Jws2Instance sv: Jws2Discoverer.getDiscoverer().getServices()) {
 356       if (sv.serviceType.toString().equals(compbio.ws.client.Services.AAConWS.toString()))
 357       {
 358         service = sv;
 359         break;
 360       }
 361     }
 362     if (service==null)
 363     {
 364       // TODO raise dialog box explaining error, and/or open the JABA preferences menu.
 365       throw new Error("No AACons service found.");
 366     }
 367     return new AAConsSettings(true, service, null, null);
 368   }
 369
 370   private static void removeCurrentAAConsWorkerFor(AlignFrame alignFrame)
 371   {
 372     alignFrame.getViewport().getCalcManager()
 373             .removeRegisteredWorkersOfClass(AAConsClient.class);
 374     // AAConsClient.removeAAConsAnnotation(alignFrame.alignPanel);
 375
 376   }
 377 }