src/jalview/ws/jws2/dm/AAConsSettings.java

   1 package jalview.ws.jws2.dm;
   2
   3 import java.util.ArrayList;
   4 import java.util.List;
   5
   6 import compbio.metadata.Argument;
   7 import compbio.metadata.Preset;
   8
   9 import jalview.ws.jws2.JabaPreset;
  10 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  11 import jalview.ws.params.ArgumentI;
  12 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  13
  14 /**
  15  * preferences for running AACons service
  16  *
  17  * @author jprocter TODO: refactor to a generic 'last job and service run'
  18  *         container ?
  19  */
  20 public class AAConsSettings
  21 {
  22   boolean autoUpdate;
  23
  24   Jws2Instance service;
  25
  26   WsParamSetI preset;
  27
  28   List<Argument> jobArgset;
  29
  30   public AAConsSettings(boolean autoUpdate, Jws2Instance service,
  31           WsParamSetI preset, List<Argument> jobArgset)
  32   {
  33     super();
  34     this.autoUpdate = autoUpdate;
  35     this.service = service;
  36     this.preset = preset;
  37     this.jobArgset = jobArgset;
  38   }
  39
  40   public boolean isAutoUpdate()
  41   {
  42     return autoUpdate;
  43   }
  44
  45   public void setAutoUpdate(boolean autoUpdate)
  46   {
  47     this.autoUpdate = autoUpdate;
  48   }
  49
  50   public Jws2Instance getService()
  51   {
  52     return service;
  53   }
  54
  55   public void setService(Jws2Instance service)
  56   {
  57     this.service = service;
  58     if (preset != null)
  59     {
  60       // migrate preset to new service
  61       for (String url : preset.getApplicableUrls())
  62       {
  63         if (url.equals(service.getUri()))
  64         {
  65           return;
  66         }
  67       }
  68       WsParamSetI pr = service.getParamStore().getPreset(preset.getName());
  69       if (pr instanceof JabaPreset && preset instanceof JabaPreset)
  70       {
  71         // easy - Presets are identical (we assume)
  72         preset = pr;
  73         return;
  74       }
  75       List<ArgumentI> oldargs = new ArrayList<ArgumentI>(), newargs = new ArrayList<ArgumentI>();
  76       oldargs.addAll(preset.getArguments());
  77       // need to compare parameters
  78       for (ArgumentI newparg : pr.getArguments())
  79       {
  80         if (!oldargs.remove(newparg))
  81         {
  82           newargs.add(newparg);
  83         }
  84       }
  85       if (oldargs.size() == 0 && newargs.size() == 0)
  86       {
  87         // exact match.
  88         preset = pr;
  89         return;
  90       }
  91       // Try even harder to migrate arguments.
  92       throw new Error("Parameter migration not implemented yet");
  93     }
  94   }
  95
  96   public WsParamSetI getPreset()
  97   {
  98     return preset;
  99   }
 100
 101   public void setPreset(WsParamSetI preset)
 102   {
 103     // TODO: test if service URL is in presets
 104     this.preset = preset;
 105   }
 106
 107   public List<Argument> getJobArgset()
 108   {
 109     return jobArgset;
 110   }
 111
 112   public void setJobArgset(List<Argument> jobArgset)
 113   {
 114     // TODO: test if parameters valid for service
 115     this.jobArgset = jobArgset;
 116   }
 117
 118 }