src/jalview/ws/jws2/jabaws2/Jws2Instance.java

   1 package jalview.ws.jws2.jabaws2;
   2
   3 import jalview.gui.AlignFrame;
   4 import jalview.gui.Desktop;
   5 import jalview.ws.jws2.JabaParamStore;
   6 import jalview.ws.jws2.MsaWSClient;
   7 import jalview.ws.jws2.SequenceAnnotationWSClient;
   8 import jalview.ws.params.ParamDatastoreI;
   9
  10 import java.io.Closeable;
  11
  12 import javax.swing.JMenu;
  13
  14 import compbio.data.msa.JABAService;
  15 import compbio.data.msa.MsaWS;
  16 import compbio.data.msa.SequenceAnnotation;
  17 import compbio.metadata.PresetManager;
  18 import compbio.metadata.RunnerConfig;
  19
  20 public class Jws2Instance
  21 {
  22   public String hosturl;
  23
  24   public String serviceType;
  25   public String action;
  26   public JABAService service;
  27   public String description;
  28   public String docUrl;
  29   public Jws2Instance(String hosturl, String serviceType, String action, String description,
  30           JABAService service)
  31   {
  32     super();
  33     this.hosturl = hosturl;
  34     this.serviceType = serviceType;
  35     this.service = service;
  36     this.action=action;
  37     this.description = description;
  38     int p=description.indexOf("MORE INFORMATION:");
  39     if (p>-1)
  40     {
  41       docUrl = description.substring(description.indexOf("http",p)).trim();
  42       if (docUrl.indexOf('\n')>-1) { docUrl = docUrl.substring(0,docUrl.indexOf("\n")).trim(); }
  43
  44     }
  45   }
  46
  47   PresetManager presets = null;
  48
  49   public JabaParamStore paramStore = null;
  50
  51   /**
  52    * non thread safe - gets the presets for this service (blocks whilst it calls
  53    * the service to get the preset set)
  54    *
  55    * @return service presets or null if exceptions were raised.
  56    */
  57   public PresetManager getPresets()
  58   {
  59     if (presets == null)
  60     {
  61       try
  62       {
  63         if (service instanceof MsaWS<?>)
  64         {
  65           presets = ((MsaWS) service).getPresets();
  66
  67         }
  68         if (service instanceof SequenceAnnotation<?>)
  69         {
  70           presets = ((SequenceAnnotation) service).getPresets();
  71         }
  72       } catch (Exception ex)
  73       {
  74         System.err.println("Exception when retrieving presets for service "
  75                 + serviceType + " at " + hosturl);
  76       }
  77     }
  78     return presets;
  79   }
  80
  81   public String getHost()
  82   {
  83     return hosturl;
  84     /*
  85      * try { URL serviceurl = new URL(hosturl); if (serviceurl.getPort()!=80) {
  86      * return serviceurl.getHost()+":"+serviceurl.getPort(); } return
  87      * serviceurl.getHost(); } catch (Exception e) {
  88      * System.err.println("Failed to parse service URL '" + hosturl +
  89      * "' as a valid URL!"); } return null;
  90      */
  91   }
  92
  93   /**
  94    * @return short description of what the service will do
  95    */
  96   public String getActionText()
  97   {
  98     return action+" with " + serviceType;
  99   }
 100
 101   /**
 102    * non-thread safe - blocks whilst accessing service to get complete set of
 103    * available options and parameters
 104    *
 105    * @return
 106    */
 107   public RunnerConfig getRunnerConfig()
 108   {
 109     if (service instanceof MsaWS<?>)
 110     {
 111       return ((MsaWS) service).getRunnerOptions();
 112     }
 113     if (service instanceof SequenceAnnotation<?>)
 114     {
 115       return ((SequenceAnnotation) service).getRunnerOptions();
 116     }
 117     throw new Error("Implementation Error: Runner Config not available for a JABAWS service of type "+serviceType+" ("+service.getClass()+")");
 118   }
 119
 120   @Override
 121   protected void finalize() throws Throwable
 122   {
 123     if (service != null)
 124     {
 125       try
 126       {
 127         Closeable svc = (Closeable) service;
 128         service = null;
 129         svc.close();
 130       } catch (Exception e)
 131       {
 132       }
 133       ;
 134     }
 135     super.finalize();
 136   }
 137
 138   public ParamDatastoreI getParamStore()
 139   {
 140     if (paramStore == null)
 141     {
 142       try
 143       {
 144         paramStore = new JabaParamStore(this,
 145                 (Desktop.instance != null ? Desktop.getUserParameterStore()
 146                         : null));
 147       } catch (Exception ex)
 148       {
 149       }
 150
 151     }
 152     return paramStore;
 153   }
 154
 155   public String getUri()
 156   {
 157     // this is only valid for Jaba 1.0 - this formula might have to change!
 158     return hosturl
 159             + (hosturl.lastIndexOf("/") == (hosturl.length() - 1) ? ""
 160                     : "/") + serviceType;
 161   }
 162
 163   private boolean hasParams = false, lookedForParams = false;
 164
 165   public boolean hasParameters()
 166   {
 167     if (!lookedForParams)
 168     {
 169       lookedForParams = true;
 170       try
 171       {
 172         hasParams = (getRunnerConfig().getArguments().size() > 0);
 173       } catch (Exception e)
 174       {
 175
 176       }
 177     }
 178     return hasParams;
 179   }
 180
 181   public void attachWSMenuEntry(JMenu atpoint, AlignFrame alignFrame)
 182   {
 183     if (service instanceof MsaWS<?>)
 184     {
 185       new MsaWSClient().attachWSMenuEntry(atpoint, this, alignFrame);
 186     } else
 187     if (service instanceof SequenceAnnotation<?>){
 188       new SequenceAnnotationWSClient().attachWSMenuEntry(atpoint, this, alignFrame);
 189     }
 190   }
 191
 192
 193   public String getServiceTypeURI()
 194   {
 195     return "java:"+serviceType;
 196   }
 197 }