src/jalview/ws/jws2/jabaws2/Jws2Instance.java

   1 package jalview.ws.jws2.jabaws2;
   2
   3 import jalview.gui.AlignFrame;
   4 import jalview.gui.Desktop;
   5 import jalview.ws.jws2.JabaParamStore;
   6 import jalview.ws.jws2.MsaWSClient;
   7 import jalview.ws.jws2.SequenceAnnotationWSClient;
   8 import jalview.ws.params.ParamDatastoreI;
   9
  10 import java.io.Closeable;
  11
  12 import javax.swing.JMenu;
  13
  14 import compbio.data.msa.JABAService;
  15 import compbio.data.msa.MsaWS;
  16 import compbio.data.msa.SequenceAnnotation;
  17 import compbio.metadata.PresetManager;
  18 import compbio.metadata.RunnerConfig;
  19 import compbio.ws.client.Jws2Client;
  20 import compbio.ws.client.Services;
  21
  22 public class Jws2Instance
  23 {
  24   public String hosturl;
  25
  26   public String serviceType;
  27   public String action;
  28   public JABAService service;
  29   public String description;
  30
  31   public Jws2Instance(String hosturl, String serviceType, String action, String description,
  32           JABAService service)
  33   {
  34     super();
  35     this.hosturl = hosturl;
  36     this.serviceType = serviceType;
  37     this.service = service;
  38     this.action=action;
  39     this.description = description;
  40
  41   }
  42
  43   PresetManager presets = null;
  44
  45   public JabaParamStore paramStore = null;
  46
  47   /**
  48    * non thread safe - gets the presets for this service (blocks whilst it calls
  49    * the service to get the preset set)
  50    *
  51    * @return service presets or null if exceptions were raised.
  52    */
  53   public PresetManager getPresets()
  54   {
  55     if (presets == null)
  56     {
  57       try
  58       {
  59         if (service instanceof MsaWS<?>)
  60         {
  61           presets = ((MsaWS) service).getPresets();
  62
  63         }
  64         if (service instanceof SequenceAnnotation<?>)
  65         {
  66           presets = ((SequenceAnnotation) service).getPresets();
  67         }
  68       } catch (Exception ex)
  69       {
  70         System.err.println("Exception when retrieving presets for service "
  71                 + serviceType + " at " + hosturl);
  72       }
  73     }
  74     return presets;
  75   }
  76
  77   public String getHost()
  78   {
  79     return hosturl;
  80     /*
  81      * try { URL serviceurl = new URL(hosturl); if (serviceurl.getPort()!=80) {
  82      * return serviceurl.getHost()+":"+serviceurl.getPort(); } return
  83      * serviceurl.getHost(); } catch (Exception e) {
  84      * System.err.println("Failed to parse service URL '" + hosturl +
  85      * "' as a valid URL!"); } return null;
  86      */
  87   }
  88
  89   /**
  90    * @return short description of what the service will do
  91    */
  92   public String getActionText()
  93   {
  94     return action+" with " + serviceType;
  95   }
  96
  97   /**
  98    * non-thread safe - blocks whilst accessing service to get complete set of
  99    * available options and parameters
 100    *
 101    * @return
 102    */
 103   public RunnerConfig getRunnerConfig()
 104   {
 105     if (service instanceof MsaWS<?>)
 106     {
 107       return ((MsaWS) service).getRunnerOptions();
 108     }
 109     if (service instanceof SequenceAnnotation<?>)
 110     {
 111       return ((SequenceAnnotation) service).getRunnerOptions();
 112     }
 113     throw new Error("Implementation Error: Runner Config not available for a JABAWS service of type "+serviceType+" ("+service.getClass()+")");
 114   }
 115
 116   @Override
 117   protected void finalize() throws Throwable
 118   {
 119     if (service != null)
 120     {
 121       try
 122       {
 123         Closeable svc = (Closeable) service;
 124         service = null;
 125         svc.close();
 126       } catch (Exception e)
 127       {
 128       }
 129       ;
 130     }
 131     super.finalize();
 132   }
 133
 134   public ParamDatastoreI getParamStore()
 135   {
 136     if (paramStore == null)
 137     {
 138       try
 139       {
 140         paramStore = new JabaParamStore(this,
 141                 (Desktop.instance != null ? Desktop.getUserParameterStore()
 142                         : null));
 143       } catch (Exception ex)
 144       {
 145       }
 146
 147     }
 148     return paramStore;
 149   }
 150
 151   public String getUri()
 152   {
 153     // this is only valid for Jaba 1.0 - this formula might have to change!
 154     return hosturl
 155             + (hosturl.lastIndexOf("/") == (hosturl.length() - 1) ? ""
 156                     : "/") + serviceType;
 157   }
 158
 159   private boolean hasParams = false, lookedForParams = false;
 160
 161   public boolean hasParameters()
 162   {
 163     if (!lookedForParams)
 164     {
 165       lookedForParams = true;
 166       try
 167       {
 168         hasParams = (getRunnerConfig().getArguments().size() > 0);
 169       } catch (Exception e)
 170       {
 171
 172       }
 173     }
 174     return hasParams;
 175   }
 176
 177   public void attachWSMenuEntry(JMenu atpoint, AlignFrame alignFrame)
 178   {
 179     if (service instanceof MsaWS<?>)
 180     {
 181       new MsaWSClient().attachWSMenuEntry(atpoint, this, alignFrame);
 182     } else
 183     if (service instanceof SequenceAnnotation<?>){
 184       new SequenceAnnotationWSClient().attachWSMenuEntry(atpoint, this, alignFrame);
 185     }
 186   }
 187 }