src/jalview/ws/jws2/jabaws2/Jws2Instance.java

   1 package jalview.ws.jws2.jabaws2;
   2
   3 import jalview.gui.AlignFrame;
   4 import jalview.gui.Desktop;
   5 import jalview.ws.jws2.JabaParamStore;
   6 import jalview.ws.jws2.MsaWSClient;
   7 import jalview.ws.jws2.SequenceAnnotationWSClient;
   8 import jalview.ws.params.ParamDatastoreI;
   9
  10 import java.io.Closeable;
  11
  12 import javax.swing.JMenu;
  13
  14 import compbio.data.msa.JABAService;
  15 import compbio.data.msa.MsaWS;
  16 import compbio.data.msa.SequenceAnnotation;
  17 import compbio.metadata.PresetManager;
  18 import compbio.metadata.RunnerConfig;
  19
  20 public class Jws2Instance
  21 {
  22   public String hosturl;
  23
  24   public String serviceType;
  25
  26   public String action;
  27
  28   public JABAService service;
  29
  30   public String description;
  31
  32   public String docUrl;
  33
  34   public Jws2Instance(String hosturl, String serviceType, String action,
  35           String description, JABAService service)
  36   {
  37     super();
  38     this.hosturl = hosturl;
  39     this.serviceType = serviceType;
  40     this.service = service;
  41     this.action = action;
  42     this.description = description;
  43     int p = description.indexOf("MORE INFORMATION:");
  44     if (p > -1)
  45     {
  46       docUrl = description.substring(description.indexOf("http", p)).trim();
  47       if (docUrl.indexOf('\n') > -1)
  48       {
  49         docUrl = docUrl.substring(0, docUrl.indexOf("\n")).trim();
  50       }
  51
  52     }
  53   }
  54
  55   PresetManager presets = null;
  56
  57   public JabaParamStore paramStore = null;
  58
  59   /**
  60    * non thread safe - gets the presets for this service (blocks whilst it calls
  61    * the service to get the preset set)
  62    *
  63    * @return service presets or null if exceptions were raised.
  64    */
  65   public PresetManager getPresets()
  66   {
  67     if (presets == null)
  68     {
  69       try
  70       {
  71         if (service instanceof MsaWS<?>)
  72         {
  73           presets = ((MsaWS) service).getPresets();
  74
  75         }
  76         if (service instanceof SequenceAnnotation<?>)
  77         {
  78           presets = ((SequenceAnnotation) service).getPresets();
  79         }
  80       } catch (Exception ex)
  81       {
  82         System.err.println("Exception when retrieving presets for service "
  83                 + serviceType + " at " + hosturl);
  84       }
  85     }
  86     return presets;
  87   }
  88
  89   public String getHost()
  90   {
  91     return hosturl;
  92     /*
  93      * try { URL serviceurl = new URL(hosturl); if (serviceurl.getPort()!=80) {
  94      * return serviceurl.getHost()+":"+serviceurl.getPort(); } return
  95      * serviceurl.getHost(); } catch (Exception e) {
  96      * System.err.println("Failed to parse service URL '" + hosturl +
  97      * "' as a valid URL!"); } return null;
  98      */
  99   }
 100
 101   /**
 102    * @return short description of what the service will do
 103    */
 104   public String getActionText()
 105   {
 106     return action + " with " + serviceType;
 107   }
 108
 109   /**
 110    * non-thread safe - blocks whilst accessing service to get complete set of
 111    * available options and parameters
 112    *
 113    * @return
 114    */
 115   public RunnerConfig getRunnerConfig()
 116   {
 117     if (service instanceof MsaWS<?>)
 118     {
 119       return ((MsaWS) service).getRunnerOptions();
 120     }
 121     if (service instanceof SequenceAnnotation<?>)
 122     {
 123       return ((SequenceAnnotation) service).getRunnerOptions();
 124     }
 125     throw new Error(
 126             "Implementation Error: Runner Config not available for a JABAWS service of type "
 127                     + serviceType + " (" + service.getClass() + ")");
 128   }
 129
 130   @Override
 131   protected void finalize() throws Throwable
 132   {
 133     if (service != null)
 134     {
 135       try
 136       {
 137         Closeable svc = (Closeable) service;
 138         service = null;
 139         svc.close();
 140       } catch (Exception e)
 141       {
 142       }
 143       ;
 144     }
 145     super.finalize();
 146   }
 147
 148   public ParamDatastoreI getParamStore()
 149   {
 150     if (paramStore == null)
 151     {
 152       try
 153       {
 154         paramStore = new JabaParamStore(this,
 155                 (Desktop.instance != null ? Desktop.getUserParameterStore()
 156                         : null));
 157       } catch (Exception ex)
 158       {
 159       }
 160
 161     }
 162     return paramStore;
 163   }
 164
 165   public String getUri()
 166   {
 167     // this is only valid for Jaba 1.0 - this formula might have to change!
 168     return hosturl
 169             + (hosturl.lastIndexOf("/") == (hosturl.length() - 1) ? ""
 170                     : "/") + serviceType;
 171   }
 172
 173   private boolean hasParams = false, lookedForParams = false;
 174
 175   public boolean hasParameters()
 176   {
 177     if (!lookedForParams)
 178     {
 179       lookedForParams = true;
 180       try
 181       {
 182         hasParams = (getRunnerConfig().getArguments().size() > 0);
 183       } catch (Exception e)
 184       {
 185
 186       }
 187     }
 188     return hasParams;
 189   }
 190
 191   public void attachWSMenuEntry(JMenu atpoint, AlignFrame alignFrame)
 192   {
 193     if (service instanceof MsaWS<?>)
 194     {
 195       new MsaWSClient().attachWSMenuEntry(atpoint, this, alignFrame);
 196     }
 197     else if (service instanceof SequenceAnnotation<?>)
 198     {
 199       new SequenceAnnotationWSClient().attachWSMenuEntry(atpoint, this,
 200               alignFrame);
 201     }
 202   }
 203
 204   public String getServiceTypeURI()
 205   {
 206     return "java:" + serviceType;
 207   }
 208 }