src/jalview/ws/jws2/jabaws2/Jws2InstanceFactory.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
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  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jws2.jabaws2;
  22
  23 import java.util.HashMap;
  24
  25 import compbio.data.msa.JABAService;
  26
  27 import jalview.ws.jws2.AAConClient;
  28 import jalview.ws.jws2.RNAalifoldClient;
  29 import jalview.ws.uimodel.AlignAnalysisUIText;
  30
  31 public class Jws2InstanceFactory
  32 {
  33   private static HashMap<String, AlignAnalysisUIText> aaConGUI;
  34   private static String category_rewrite(String cat_name)
  35   {
  36     return (cat_name != null && cat_name.equals("Prediction")) ? "Secondary Structure Prediction" : cat_name;
  37   }
  38   private static void init()
  39   {
  40     if (aaConGUI == null)
  41     {
  42       aaConGUI = new HashMap<String, AlignAnalysisUIText>();
  43       aaConGUI.put(compbio.ws.client.Services.AAConWS.toString(),
  44               AAConClient.getAlignAnalysisUITest());
  45       aaConGUI.put(compbio.ws.client.Services.RNAalifoldWS.toString(),
  46               RNAalifoldClient.getAlignAnalysisUITest());
  47     }
  48   }
  49
  50   /**
  51    * construct a service instance and configure it with any additional
  52    * properties needed so Jalview can access it correctly
  53    *
  54    * @param jwsservers
  55    * @param serviceType
  56    * @param name
  57    * @param description
  58    * @param service
  59    * @return
  60    */
  61   public static Jws2Instance newJws2Instance(String jwsservers,
  62           String serviceType, String name, String description,
  63           JABAService service)
  64   {
  65     init();
  66     Jws2Instance svc = new Jws2Instance(jwsservers, serviceType, category_rewrite(name),
  67             description, service);
  68
  69     svc.aaui = aaConGUI.get(serviceType.toString());
  70     return svc;
  71   }
  72
  73 }