src/jalview/ws/rest/AlignmentProcessor.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.rest;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24
  25 public interface AlignmentProcessor
  26 {
  27   /**
  28    * prepare the context alignment for this input
  29    *
  30    * @param al
  31    *          - alignment to be processed
  32    * @return al or a new alignment with appropriate attributes/order for input
  33    */
  34   public AlignmentI prepareAlignment(AlignmentI al);
  35 }