JAL-3821 ported to refactored FlatFile parser
[jalview.git] / src / jalview / ws / rest / AlignmentProcessor.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.ws.rest;
22
23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
24
25 public interface AlignmentProcessor
26 {
27   /**
28    * prepare the context alignment for this input
29    * 
30    * @param al
31    *          - alignment to be processed
32    * @return al or a new alignment with appropriate attributes/order for input
33    */
34   public AlignmentI prepareAlignment(AlignmentI al);
35 }