src/jalview/ws/rest/RestClient.java

   1 /**
   2  *
   3  */
   4 package jalview.ws.rest;
   5
   6 import java.awt.event.ActionEvent;
   7 import java.awt.event.ActionListener;
   8 import java.util.Hashtable;
   9 import java.util.Vector;
  10
  11 import javax.swing.JMenu;
  12 import javax.swing.JMenuItem;
  13 import javax.swing.JOptionPane;
  14 import javax.swing.event.MenuEvent;
  15 import javax.swing.event.MenuListener;
  16
  17 import com.sun.org.apache.bcel.internal.generic.ISHL;
  18
  19 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  20 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  21 import jalview.gui.AlignFrame;
  22 import jalview.gui.AlignViewport;
  23 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  24 import jalview.gui.Desktop;
  25 import jalview.gui.WebserviceInfo;
  26 import jalview.io.packed.DataProvider.JvDataType;
  27 import jalview.ws.WSClient;
  28 import jalview.ws.WSClientI;
  29 import jalview.ws.WSMenuEntryProviderI;
  30
  31 /**
  32  * @author JimP
  33  *
  34  */
  35 public class RestClient extends WSClient implements WSClientI,
  36         WSMenuEntryProviderI
  37 {
  38   RestServiceDescription service;
  39
  40   public RestClient(RestServiceDescription rsd)
  41   {
  42     service = rsd;
  43   }
  44
  45   /**
  46    * parent alignframe for this job
  47    */
  48   AlignFrame af;
  49
  50   /**
  51    * alignment view which provides data for job.
  52    */
  53   AlignViewport av;
  54
  55   /**
  56    * get the alignFrame for the associated input data if it exists.
  57    *
  58    * @return
  59    */
  60   protected AlignFrame recoverAlignFrameForView()
  61   {
  62     return jalview.gui.Desktop.getAlignFrameFor(av);
  63   }
  64
  65   public RestClient(RestServiceDescription service2, AlignFrame alignFrame)
  66   {
  67     service = service2;
  68     af = alignFrame;
  69     av = alignFrame.getViewport();
  70     constructJob();
  71   }
  72
  73   public void setWebserviceInfo(boolean headless)
  74   {
  75     WebServiceJobTitle = service.details.Action + " using "
  76             + service.details.Name;
  77     WebServiceName = service.details.Name;
  78     WebServiceReference = "No reference - go to url for more info";
  79     if (service.details.description != null)
  80     {
  81       WebServiceReference = service.details.description;
  82     }
  83     if (!headless)
  84     {
  85       wsInfo = new WebserviceInfo(WebServiceJobTitle, WebServiceName + "\n"
  86               + WebServiceReference);
  87       wsInfo.setRenderAsHtml(true);
  88     }
  89
  90   }
  91
  92   @Override
  93   public boolean isCancellable()
  94   {
  95     // TODO define process for cancelling rsbws jobs
  96     return false;
  97   }
  98
  99   @Override
 100   public boolean canMergeResults()
 101   {
 102     // TODO process service definition to identify if the results might be
 103     // mergeable
 104     // TODO: change comparison for annotation merge
 105     return false;
 106   }
 107
 108   @Override
 109   public void cancelJob()
 110   {
 111     System.err.println("Cannot cancel this job type: " + service);
 112   }
 113
 114   @Override
 115   public void attachWSMenuEntry(final JMenu wsmenu,
 116           final AlignFrame alignFrame)
 117   {
 118     JMenuItem submit = new JMenuItem(service.details.Name);
 119     submit.setToolTipText(service.details.Action+" using "+service.details.Name);
 120     submit.addActionListener(new ActionListener()
 121     {
 122
 123       @Override
 124       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 125       {
 126         new RestClient(service, alignFrame);
 127       }
 128
 129     });
 130     wsmenu.add(submit);
 131     // TODO: menu listener should enable/disable entry depending upon selection
 132     // state of the alignment
 133     wsmenu.addMenuListener(new MenuListener()
 134     {
 135
 136       @Override
 137       public void menuSelected(MenuEvent e)
 138       {
 139         // TODO Auto-generated method stub
 140
 141       }
 142
 143       @Override
 144       public void menuDeselected(MenuEvent e)
 145       {
 146         // TODO Auto-generated method stub
 147
 148       }
 149
 150       @Override
 151       public void menuCanceled(MenuEvent e)
 152       {
 153         // TODO Auto-generated method stub
 154
 155       }
 156
 157     });
 158
 159   }
 160
 161   /**
 162    * record of initial undoredo hash for the alignFrame providing data for this
 163    * job.
 164    */
 165   long[] undoredo = null;
 166
 167   /**
 168    * Compare the original input data to the data currently presented to the
 169    * user. // LOGIC: compare undo/redo - if same, merge regardless (coping with
 170    * any changes in hidden columns as normal) // if different undo/redo then
 171    * compare region that was submitted // if same, then merge as before, if
 172    * different then prompt user to open a new window.
 173    *
 174    * @return
 175    */
 176   protected boolean isAlignmentModified()
 177   {
 178     if (undoredo == null || av==null || av.getAlignment()==null)
 179     {
 180       // always return modified if we don't have access to live GUI elements anymore.
 181       return true;
 182     }
 183     if (av.isUndoRedoHashModified(undoredo))
 184     {
 185       // alignment has been modified in some way.
 186       return true;
 187     }
 188     // TODO: look deeper into modification of selection state, etc that may affect RestJobThread.realiseResults(boolean merge);
 189     return false;
 190
 191   }
 192
 193   /**
 194    * TODO: combine to form a dataset+alignment+annotation context
 195    */
 196   AlignmentView _input;
 197
 198   /**
 199    * input data context
 200    */
 201   jalview.io.packed.JalviewDataset jds;
 202
 203   protected void constructJob()
 204   {
 205     service.setInvolvesFlags();
 206
 207     // record all aspects of alignment view so we can merge back or recreate
 208     // later
 209     undoredo = av.getUndoRedoHash();
 210     /**
 211      * delete ? Vector sgs = av.getAlignment().getGroups(); if (sgs!=null) {
 212      * _sgs = new SequenceGroup[sgs.size()]; sgs.copyInto(_sgs); } else { _sgs =
 213      * new SequenceGroup[0]; }
 214      */
 215     boolean selExists = (av.getSelectionGroup() != null)
 216             && (av.getSelectionGroup().getSize() > 1);
 217     // TODO: revise to full focus+context+dataset input data staging model
 218     if (selExists)
 219     {
 220       if (service.partitiondata)
 221       {
 222         if (av.getAlignment().getGroups()!=null && av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
 223         {
 224           // intersect groups with selected region
 225           _input = new AlignmentView(av.getAlignment(),
 226                   av.getColumnSelection(),
 227                   av.getSelectionGroup(),
 228                   av.hasHiddenColumns(),
 229                   true,
 230                   true);
 231         }
 232         else
 233         {
 234           // use selected region to partition alignment
 235           _input = new AlignmentView(av.getAlignment(),
 236                   av.getColumnSelection(),
 237                   av.getSelectionGroup(),
 238                   av.hasHiddenColumns(),
 239                   false,
 240                   true);
 241         }
 242         // TODO: verify that some kind of partition can be constructed from input
 243       }
 244       else
 245       {
 246         // just take selected region intersection
 247         _input = new AlignmentView(av.getAlignment(),
 248                 av.getColumnSelection(),
 249                 av.getSelectionGroup(),
 250                 av.hasHiddenColumns(),
 251                 true,
 252                 true);
 253       }
 254     } else {
 255       // standard alignment view without selection present
 256       _input = new AlignmentView(av.getAlignment(),
 257               av.getColumnSelection(),
 258               null,
 259               av.hasHiddenColumns(),
 260               false,
 261               true);
 262     }
 263
 264     RestJobThread jobsthread = new RestJobThread(this);
 265
 266     if (jobsthread.isValid())
 267     {
 268       setWebserviceInfo(false);
 269       wsInfo.setthisService(this);
 270       jobsthread.setWebServiceInfo(wsInfo);
 271       jobsthread.start();
 272     }
 273     else
 274     {
 275       // TODO: try to tell the user why the job couldn't be started.
 276       JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,
 277               "Unable to start web service analysis",
 278               "Internal Jalview Error", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 279     }
 280   }
 281
 282   public static RestClient makeShmmrRestClient()
 283   {
 284     String action = "Analyse", description = "Sequence Harmony and Multi-Relief (UNSTABLE!)", name = "Sequence Harmony";
 285     Hashtable<String, InputType> iparams = new Hashtable<String, InputType>();
 286     jalview.ws.rest.params.JobConstant toolp;
 287     //toolp = new jalview.ws.rest.JobConstant("tool","jalview");
 288     //iparams.put(toolp.token, toolp);
 289     toolp = new jalview.ws.rest.params.JobConstant("mbjob[method]","shmr");
 290     iparams.put(toolp.token, toolp);
 291     toolp = new jalview.ws.rest.params.JobConstant("mbjob[description]","step 1");
 292     iparams.put(toolp.token, toolp);
 293     toolp = new jalview.ws.rest.params.JobConstant("start_search","1");
 294     iparams.put(toolp.token, toolp);
 295     toolp = new jalview.ws.rest.params.JobConstant("blast","0");
 296     iparams.put(toolp.token, toolp);
 297
 298     jalview.ws.rest.params.Alignment aliinput = new jalview.ws.rest.params.Alignment();
 299     aliinput.token = "ali";//_file";
 300     aliinput.writeAsFile=false;//true;
 301     //aliinput.token = "ali_file";
 302     //aliinput.writeAsFile=true;
 303     iparams.put(aliinput.token, aliinput);
 304     jalview.ws.rest.params.SeqGroupIndexVector sgroups = new jalview.ws.rest.params.SeqGroupIndexVector();
 305     sgroups.minsize=2;
 306     iparams.put("groups", sgroups);
 307     sgroups.token = "groups";
 308     sgroups.sep = " ";
 309     RestServiceDescription shmrService = new RestServiceDescription(
 310             action,
 311             description,
 312             name,
 313             "http://www.ibi.vu.nl/programs/shmrwww/index.php?tool=jalview",// ?tool=jalview&mbjob[method]=shmr&mbjob[description]=step1",
 314             "?tool=jalview", iparams, true, false, '-');
 315     // a priori knowledge of the data returned from the service
 316     shmrService.addResultDatatype(JvDataType.ANNOTATION);
 317     return new RestClient(shmrService);
 318   }
 319
 320   public AlignmentPanel recoverAlignPanelForView()
 321   {
 322     AlignmentPanel[] aps = Desktop.getAlignmentPanels(av.getSequenceSetId());
 323     for (AlignmentPanel alp:aps)
 324     {
 325       if (alp.av == av)
 326       {
 327         return alp;
 328       }
 329     }
 330     return null;
 331   }
 332
 333   public boolean isShowResultsInNewView()
 334   {
 335     // TODO make this a property of the service
 336     return true;
 337   }
 338
 339 }