JAL-3829 ensure nulls are not wildcards when retrieving annotation by calcId/label...
[jalview.git] / src / jalview / ws / rest / params / Tree.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
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8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
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14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.ws.rest.params;
22
23 import jalview.util.MessageManager;
24 import jalview.ws.params.OptionI;
25 import jalview.ws.rest.InputType;
26 import jalview.ws.rest.RestJob;
27
28 import java.io.UnsupportedEncodingException;
29 import java.util.ArrayList;
30 import java.util.List;
31
32 import org.apache.http.entity.mime.content.ContentBody;
33
34 /**
35  * format a tree for input to a rest service
36  * 
37  * @author JimP
38  * 
39  */
40 public class Tree extends InputType
41 {
42   public Tree()
43   {
44     super(new Class[] { jalview.analysis.NJTree.class });
45   }
46
47   // TODO specify modifiers for tree output format
48   @Override
49   public ContentBody formatForInput(RestJob rj)
50           throws UnsupportedEncodingException
51   {
52     // TODO: implement tree inputType
53     /*
54      * rj.getTreeForInput(token); return new StringBody(new )
55      */
56     throw new Error(MessageManager
57             .getString("error.tree_inputtype_not_yet_implemented"));
58     // return null;
59   }
60
61   public String getURLtokenPrefix()
62   {
63     return "NEWICK";
64   }
65
66   @Override
67   public List<String> getURLEncodedParameter()
68   {
69     ArrayList<String> prms = new ArrayList<String>();
70     super.addBaseParams(prms);
71     return prms;
72   }
73
74   @Override
75   public boolean configureProperty(String tok, String val,
76           StringBuffer warnings)
77   {
78     return true;
79   }
80
81   @Override
82   public List<OptionI> getOptions()
83   {
84     return getBaseOptions();
85   }
86
87 }