src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxyImpl.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)\r
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  * \r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  * \r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.ws.seqfetcher;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.Alignment;\r
  22 import jalview.datamodel.DBRefSource;\r
  23 import jalview.io.FormatAdapter;\r
  24 import jalview.io.IdentifyFile;\r
  25 \r
  26 import java.util.Hashtable;\r
  27 \r
  28 /**\r
  29  * common methods for implementations of the DbSourceProxy interface.\r
  30  * \r
  31  * @author JimP\r
  32  * \r
  33  */\r
  34 public abstract class DbSourceProxyImpl implements DbSourceProxy\r
  35 {\r
  36   public DbSourceProxyImpl()\r
  37   {\r
  38     // default constructor - do nothing probably.\r
  39   }\r
  40 \r
  41   private Hashtable props = null;\r
  42 \r
  43   /*\r
  44    * (non-Javadoc)\r
  45    * \r
  46    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbSourceProperties()\r
  47    */\r
  48   public Hashtable getDbSourceProperties()\r
  49   {\r
  50     return props;\r
  51   }\r
  52 \r
  53   protected void addDbSourceProperty(Object propname)\r
  54   {\r
  55     addDbSourceProperty(propname, propname);\r
  56   }\r
  57 \r
  58   protected void addDbSourceProperty(Object propname, Object propvalue)\r
  59   {\r
  60     if (props == null)\r
  61     {\r
  62       props = new Hashtable();\r
  63     }\r
  64     props.put(propname, propvalue);\r
  65   }\r
  66 \r
  67   boolean queryInProgress = false;\r
  68 \r
  69   protected StringBuffer results = null;\r
  70 \r
  71   /*\r
  72    * (non-Javadoc)\r
  73    * \r
  74    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getRawRecords()\r
  75    */\r
  76   public StringBuffer getRawRecords()\r
  77   {\r
  78     return results;\r
  79   }\r
  80 \r
  81   /*\r
  82    * (non-Javadoc)\r
  83    * \r
  84    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#queryInProgress()\r
  85    */\r
  86   public boolean queryInProgress()\r
  87   {\r
  88     return queryInProgress;\r
  89   }\r
  90 \r
  91   /**\r
  92    * call to set the queryInProgress flag\r
  93    * \r
  94    */\r
  95   protected void startQuery()\r
  96   {\r
  97     queryInProgress = true;\r
  98   }\r
  99 \r
 100   /**\r
 101    * call to clear the queryInProgress flag\r
 102    * \r
 103    */\r
 104   protected void stopQuery()\r
 105   {\r
 106     queryInProgress = false;\r
 107   }\r
 108 \r
 109   /**\r
 110    * create an alignment from raw text file...\r
 111    * \r
 112    * @param result\r
 113    * @return null or a valid alignment\r
 114    * @throws Exception\r
 115    */\r
 116   protected Alignment parseResult(String result) throws Exception\r
 117   {\r
 118     Alignment sequences = null;\r
 119     String format = new IdentifyFile().Identify(result, "Paste");\r
 120     if (FormatAdapter.isValidFormat(format))\r
 121     {\r
 122       sequences = new FormatAdapter().readFile(result.toString(), "Paste",\r
 123               format);\r
 124     }\r
 125     return sequences;\r
 126   }\r
 127 \r
 128 }\r