src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxyImpl.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)\r
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  * \r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  * \r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.ws.seqfetcher;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.Alignment;\r
  22 import jalview.datamodel.DBRefSource;\r
  23 import jalview.io.FormatAdapter;\r
  24 import jalview.io.IdentifyFile;\r
  25 \r
  26 import java.util.Hashtable;\r
  27 \r
  28 /**\r
  29  * common methods for implementations of the DbSourceProxy interface.\r
  30  * \r
  31  * @author JimP\r
  32  * \r
  33  */\r
  34 public abstract class DbSourceProxyImpl implements DbSourceProxy\r
  35 {\r
  36   public DbSourceProxyImpl()\r
  37   {\r
  38     // default constructor - do nothing probably.\r
  39   }\r
  40 \r
  41   private Hashtable props = null;\r
  42 \r
  43   /*\r
  44    * (non-Javadoc)\r
  45    * \r
  46    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbSourceProperties()\r
  47    */\r
  48   public Hashtable getDbSourceProperties()\r
  49   {\r
  50     if (props==null)\r
  51     {\r
  52       props = new Hashtable();\r
  53     }\r
  54     return props;\r
  55   }\r
  56 \r
  57   protected void addDbSourceProperty(Object propname)\r
  58   {\r
  59     addDbSourceProperty(propname, propname);\r
  60   }\r
  61 \r
  62   protected void addDbSourceProperty(Object propname, Object propvalue)\r
  63   {\r
  64     if (props == null)\r
  65     {\r
  66       props = new Hashtable();\r
  67     }\r
  68     props.put(propname, propvalue);\r
  69   }\r
  70 \r
  71   boolean queryInProgress = false;\r
  72 \r
  73   protected StringBuffer results = null;\r
  74 \r
  75   /*\r
  76    * (non-Javadoc)\r
  77    * \r
  78    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getRawRecords()\r
  79    */\r
  80   public StringBuffer getRawRecords()\r
  81   {\r
  82     return results;\r
  83   }\r
  84 \r
  85   /*\r
  86    * (non-Javadoc)\r
  87    * \r
  88    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#queryInProgress()\r
  89    */\r
  90   public boolean queryInProgress()\r
  91   {\r
  92     return queryInProgress;\r
  93   }\r
  94 \r
  95   /**\r
  96    * call to set the queryInProgress flag\r
  97    * \r
  98    */\r
  99   protected void startQuery()\r
 100   {\r
 101     queryInProgress = true;\r
 102   }\r
 103 \r
 104   /**\r
 105    * call to clear the queryInProgress flag\r
 106    * \r
 107    */\r
 108   protected void stopQuery()\r
 109   {\r
 110     queryInProgress = false;\r
 111   }\r
 112 \r
 113   /**\r
 114    * create an alignment from raw text file...\r
 115    * \r
 116    * @param result\r
 117    * @return null or a valid alignment\r
 118    * @throws Exception\r
 119    */\r
 120   protected Alignment parseResult(String result) throws Exception\r
 121   {\r
 122     Alignment sequences = null;\r
 123     String format = new IdentifyFile().Identify(result, "Paste");\r
 124     if (FormatAdapter.isValidFormat(format))\r
 125     {\r
 126       sequences = new FormatAdapter().readFile(result.toString(), "Paste",\r
 127               format);\r
 128     }\r
 129     return sequences;\r
 130   }\r
 131 \r
 132 }\r